华藏寺始建于东汉，当时称普光殿，后改名为元相寺。明代在殿后最高处营建普贤佛殿，俗称铜殿。殿顶鎏金，又称金顶。铜殿及华藏寺皆毁于火。现在的金顶华藏寺，是1986年-1989年按原貌重建的。
恢复重建的华藏寺总投资3000元。为四层两重殿，包括金殿、大雄宝殿，总建筑面积为1614平方米，其中：金殿274平方米，是目前全国最大的金殿，大雄宝殿1340平方米。金殿采用金瓦，大雄宝殿采用铜瓦，梁栓、门窗、斗拱等均为铜铸，称为铜殿。传统寺院的主殿为大雄宝殿，而在金顶上，高达48米的十方普贤更能吸引人的视觉，所以十方普贤的正面像对着大雄宝殿，这是峨眉山作为普贤菩萨道场的特征。华藏寺内文物荟萃，金殿与铜殿交相辉映，凸显出金顶厚重的佛教历史文化地位。
华藏寺有三殿。第一殿是弥勒殿。殿门上悬挂着赵朴初先生题写的“华藏寺”金匾。寺内供奉铜铸弥勒佛像，背后是韦驮铜像。殿内还有三足铜鼎和明万历年间铜碑等文物。
第二殿是大雄宝殿。殿中供奉着铜质金身的三身佛，坐高3米。殿内还有铜磐、铜钟等法器以及铜铸像、铜普贤像等佛教文物。
第三殿是普贤殿，即金殿、金顶，是峨眉山最高的殿堂。殿门的匾额有“金顶”、“行愿无尽”、“普贤愿，峨眉山金顶海”、“华藏庄严”等，为赵朴初、本换、明肠等题写。殿内供奉普贤骑象铜像，普贤端坐在莲花台上，手执如意，莲台置象背上，白象脚踏四朵莲花。整个造像通体铜铸，通高4.5米。殿内还有铜鼎等物。
十方普贤菩萨圣像为铜质，通高48米，占地1256平方米，总体重约600吨。须弥座上立六牙吉象，大象背上第一层为普贤菩萨的四头像和两面身；第二层为普贤菩萨四头像；最高层为前后普贤菩萨头像。圣像内为484平方米的佛中殿，供奉阿弥陀佛铜像，四周绕汉白玉雕佛像。十方普贤菩萨圣像的含义以及造型结构：通高48米，表征阿弥陀佛四十八大愿。“普贤”，即“普”之平等无碍，“贤”为无处不到。座像造型结构从下至上分为8个部分：
1、基座部分为四方六层，表征佛教的“四摄”，即布施、爱语、利行、同事；“六度”即布施、持戒、忍辱、精进、禅定、智慧（般若）。
2、圆环部分：表征“一真法界”。
3、莲花部分：表征“众生之心，心生万物”。
4、祥云部分：表征“空性”。
5、四尊吉象：表征“四弘誓愿”：众生无边誓愿度；烦恼无尽誓愿断；法门无量誓愿学，佛道无上誓愿成。暨“普渡众生、大行无止”。
6、两面身部分：表征“华藏世界一佛二菩萨”。
7、十尊菩萨头像：表征“普贤菩萨十大行愿”。
8、菩萨顶上的圆满宝柱：表征“华藏世界重重无尽，普放光明”和“法门尽虚空，遍法界”。
明洪武初（约公元1377年）国师宝昙奉旨来山重修寺院，时见板屋一椽，因山高风大，云南总兵祁三升捐资，遂将之覆为铁瓦，俗称铁瓦殿（今703电视台处），按察赵良壁增修，后被火焚。
明代万历辛丑29年（公元1601年），妙峰（山西五台山僧）、惟密禅师来峨礼行普贤，发愿铸三大士渗金像以铜殿覆之名山，即募西蜀藩王潞安沈王朱模携得黄金数千两，送往湖北荆州监制，铸于明万历壬寅（公元1602年），历经数载，先后铸造铜殿三处：一在峨眉山，二在五台山，三在普陀山。
明万历乙卯（公元1615年）秋天运至峨眉组装，在大峨山铁瓦殿后的最高处，做成了普贤愿王铜殿，铜殿通高二丈五尺，宽一丈四尺四，深一丈三尺五。铜殿上部为重檐雕甍，环以绣棂琐窗，殿中祀大士铜像，傍绕万佛，门枋空处雕画，云栈剑阁之险，顶部通体敷金，巍峨浩漾，迢耀天地，故称“金殿”或曰“金顶”，明神宗朱翊钧御题横额称“永明华藏寺”。
清光绪16年（公元1890年）该殿毁于一炬，光绪18年（公元1892年）寺僧心启、月照和尚新建约180平方米的砖木构造的殿堂，铜碑、铜门等法器置其中，殿脊之上置以渗金宝顶，仍不失“金顶”之庄严。
民国12年和20年（公元1923、1931年）又两次失火后重建。
1953年人民政府拔专款对华藏寺进行维修，“文革”（1970年）中被“703电视台”占用，作为微波发射机房，1972年4月8日上午9时30分，因该台工作人员在发电中操作不慎，引起火灾，迅速燎原，大火肆虐二日，使庞大的华藏寺木结构寺院荡然无存，大量珍贵佛教文物损失殆尽，成片冷杉及草甸被毁。清光绪16年（公元1890年）至1972年，华藏寺历经几次大火，目前仅幸存明代“铜碑”、“铜门”和清代“铜象”，是峨眉山难得的佛教珍贵文物。
2002年，为了响应四川省人民政府提出，把峨眉山建设成“中国第一山”的号召，重新规划制定了“恢复华藏寺改造工程”的方案。本着宏扬峨眉山佛教，挖掘历史文化遗存，振兴旅游的原则，做好科学规划，创建以人为本的和谐社会。搬迁“703电视台”，拆除原华藏寺前部，整治环境，由峨眉山佛教协会具体承担，拟建高约48米(含法台须弥座)的“十方普贤”铜像，以恢复华藏寺（金顶）昔日之庄严。建设工程已于2004年八月动工，2005年底竣工，配套设施数年完成。
