新疆医科大学第二附属医院始建于1954年10月，前身为新疆军区生产建设兵团第一医院，1975年6月更名为新疆维吾尔自治区第二人民医院，1978年11月更名为新疆医学院第二附属医院，1998年9月更名为新疆医科大学第二附属医院，2002年9月挂牌第二临床医学院，是一所集医疗、教学、科研、康复、预防为一体的省级综合型医院，是国家卫生部首批评审认定的“三级甲等医院”。
新疆医科大学第二附属医院现一院两址统一运行，南湖新院定位为“大综合，精专科”，七道湾老院定位为“大专科，强综合”。南湖新院一栋7万平方米，24层的综合病房楼将拔地而起，届时新疆医科大学第二附属医院将成为一所集医疗、教学、科研、康复与预防保健于一体的省级综合型三级甲等医院。七道湾老院将逐步建设成为自治区规模大、设施设备先进、高水平的公立老年病医院和新疆残疾人康复中心。
多年来，新疆医科大学第二附属医院积极完成政府赋予的各项公共任务，在民政部“残疾孤儿手术康复明天计划”、“西部贫困家庭疝气儿童手术康复计划”项目、新疆贫困儿童住院大病救治合作项目、省级干部保健、“万名医师支援农村卫生工程”、传染病疫情防治、公共突发事件应急急救等方面做出了突出贡献。
新疆医科大学第二附属医院将借助新疆大建设、大开放、大发展的良好时机，深化“以病人为中心”的服务理念，以真诚的态度、精湛的技术、零距离的服务、最经济的方式竭诚为各族人民服务。
新疆医科大学第二附属医院分为七道湾医院（老院）和南湖医院（新院）两个部分，设置病床1041张，现有临床医技科室55个，临床教研室10个。医院专业技术力量雄厚，拥有国务院特贴专家，自治区突出贡献专家、主任医师、教授数百名。医院按照三甲医院标准合理设置学科，其中神经外科、心胸外科、骨科、耳鼻喉科、口腔、内科、影像等专业在疆内乃至西北五省具有领先优势。
新疆医科大学第二附属医院专业齐全，人才梯队合理，拥有主任医师和教授等高级专业技术人员102人，博士研究生导师2人，硕士研究生导师21人，博士、硕士70余人，中级专业技术人员250余人。医院设有自治区“新疆骨关节及周围神经疾病诊治中心”和“新疆耳聋防治及听力重建中心”。
新疆医科大学第二附属医院拥有西门子新双源CT、菲利蒲1.5T双梯度核磁共振诊断仪、16层螺旋CT、双板数字化拍片系统、西门子1000毫安数字减影血管造影系统；GE数字胃肠X光机、高档腹部、心脏专用彩色多普勒超声诊断仪、OLYMAUS2700全自动生化分析仪、美国强生VP50干式生化仪，医院拥有各种微创外科专用腔镜和手术显微镜及先进心脏手术设备及一流的净化手术室。等一流检查设备。
