祝圣寺主体建筑共有五进，分为天王殿、大雄宝殿、说法堂、方丈室、罗汉堂。该寺鼎盛时期，曾住有和尚上千人。寺中建筑金碧辉煌，环境清幽雅致，阁楼台榭随处可见，奇花异草点缀其间。罗汉堂原有五百罗汉雕像，全部用青石镌刻，嵌在左右墙壁上，活灵活现，是南岳文化宝库中的一颗明珠。可惜，十年动乱中，罗汉全部被毁，现仅存五百罗汉像的拓本，陈列在南岳大庙的书画馆里，供游人观赏。
现在全寺共由六进四横六个院落组成，第一进为三拱形大门组成的山门，山门嵌满了泥塑彩绘，既庄严，又雄伟，山门对面是一座新砌的高6米、宽18米、厚l米的花岗石五龙照壁，正面上镌直径约一米的“南无阿弥陀佛”六个大字，背面嵌有五龙戏珠浮雕。四周围以石栏，进入山门为一块长约30米的过道庭院。该处原是第二山门。1938年为日本飞机炸路，夷为平地。现在这里已是古樟蔽空石板铺路，长圃夹道，成为一个浓荫清幽的院落，走过庭院即第三进天王殿。过天王殿为第四进正殿——大雄宝殿。
现在改悬：“大法王刹”四个金字匾额。此外尚有“说法堂”“方丈室”“天王殿”三块金字匾额。均为中国佛教协会会长赵朴初所书，第五进说法堂，楼上为藏经阁，内有藏经千卷。过此为第六进，有一道砖墙与前面五进隔开，正中一道麻石大门通入内面，成为一个庄严独立的后院，是方丈室，南岳佛教协会就设在这里。
方丈室两侧东为药师殿，药师殿后新建颜观堂，西为罗汉堂，罗汉堂后是客房，罗汉堂内原有五百罗汉石刻像镶嵌壁上，为寺僧心月三年刻成。文革中被砸毁，现重新翻刻，药师殿与罗汉堂前面各有一个幽静的天井庭院，连接东西厢房。
东厢有库房香积厨、斋舍、寮房，西厢前面有观音阁，接着是神堂，接待室，招待用房，法物流通处。正中五进连在一条线上，两厢包绕，曲廊回环，庭院错落。构成一座庄严、雄伟的古寺整体。
祝圣寺建筑格局规整，从牌坊高耸的山门入寺，中轴线上依次分布着天王殿、大雄宝殿、说法堂（楼上为藏经阁）、方丈室四进大殿。东边厢房有客房、斋堂、香积厨、药师堂、库房、祖堂。西边厢房有禅堂、万古不磨（今接待室）、罗汉堂等。此外还有不少僧舍库房及招待所等建筑。
祝圣寺有特色的建筑和雕塑是罗汉堂的罗汉像。这是清朝光绪年间，这些罗汉像是寺内一个名叫心月的和尚雕刻出来的。心月和尚擅长石刻，他从江苏常州天宁寺得来了罗汉摩本，不断努力师法古人，体验现状，刻苦钻研，终于在三年时间中完成了五百罗汉的石刻。这些罗汉线条流畅，栩栩如生，它们或双膝盘坐，或袒胸欲行，或持禅杖，或挥禅帚，或目光前视，或俯首沉思，或卧或立，或哭或笑，或怒或乐，众貌各殊，神采迥异，各相毕具，无一雷同，真是忘情物外，意境天然，篆刻工巧，深得佛教界和艺术界的赞赏。可惜十年动乱中遭到严重毁损，保存下来仅100多尊。近年来，祝圣寺精心加以修复。
祝圣寺距南岳大庙很近，不足百步。此佛寺宏伟壮观，殿宇整齐。由山门、关帝殿、大雄宝殿、说法堂、方丈室等建筑组成，共五进。
首进为山门。过山门后至二进关帝殿，此殿又称天王殿，殿内祀关羽神像。三进是祝圣寺的正殿，即大雄宝殿，又称大法王刹，殿堂供奉三尊金身佛像，释迦牟尼佛位于正中，左为阿弥陀佛，右为药师琉璃光佛。四进为说法堂，用来由高僧演说佛法，说法堂左厢为药师殿，右厢为观音堂。五进是方丈室，方丈室右厢是罗汉堂。
祝圣寺坐落在南岳镇东街，距南岳庙半里许，是南岳六大佛教丛林之一。
1983年被国务院确定为汉族地区佛教全国重点寺院。
唐代高僧承远（公元712-802）在这里创建佛教寺院，名弥陀台，他的弟子法照（？-777），初居庐山，结西方道场。
大历二年（767）慕承远名来南岳，师事承远十二年。
大历末年（779）奉诏入长安，入皇宫教宫人五会念佛（五百人为一会），唐代宗奉为国师，传教天下。法照向代宗极力称赞其师承远有异德，代宗南向而礼之，度不可征，乃名其居日“般舟道场”，用尊其位。
承远另一弟子日晤，十三岁出家，随承远长期侍勤，唐肃宗乾元元年（758），诏天下名山置大德七人，长讲戒律，日晤获选首位。他在南岳登坛传戒37年，每年度僧千人，称盛一时。他在旧址上建一精室命名为“般舟台”，专修念佛三昧，世称“般舟和尚”。
唐德宗贞元年间（785-805），诏为“弥陀寺”。从而，由弥陀台、般舟道场到弥陀寺，就成了名登朝廷，声动公卿的天下名寺。
祝圣寺历史悠久。据《南岳总胜集》记载，夏朝的君王大禹在这里修建清冷宫，把奉舜帝。唐朝时，高僧承远（712—802年）在这里创建佛教寺院，名弥陀台寺。承远信奉的是佛教净土宗，净土宗又称莲宗，以称念阿弥陀佛名号，求生西方极乐净土为宗旨。
至今，净土宗认为该宗有十三位师祖，他们依次：慧远、善导、承远、法照、少康、延寿、省常、智旭、实贤、行微、实贤、际醒和印光。承远被尊为净土第三代祖师，他赢得这千秋圣名的功绩主要是在南岳弘传净土法门。
唐会昌五年（845）武宗李炎，不嘉佛教，师事道士赵归真，崇信道教，是时赵归真受武宗宠信，时在武宗面前排毁佛教，于是一时毁佛之事大兴，将四万四千六百所佛寺毁坏，勒令二十六万五百僧尼还俗。世称之为会昌之法难，又称为第三武之厄。弥陀寺就一劫难中被毁废。
五代十国时（930-960），马殷据湖南称楚王。适逢有掌诰夫人杨子莹施钱，在弥陀寺旧基上重建寺院，马殷名曰：“报国寺”。
至宋朝，赵氏朝庭再崇信佛教，法远兴启。太平兴国间（968-976），太宗赵光义下诏，更寺名为“胜业寺”。
宣和元年（1119），宋徽宗崇信道教，诏天下建“神霄宫”，地方官多以巨刹充替，胜业寺被改为神霄宫，设官提举。后复为寺。
宣和间，天台宗僧人法忠，遍访名宿至衡湘，衡州给事官冯楫请住持祝圣寺，并支持法忠维修寺宇，塑制佛像，清理庙产。景象焕然一新。历仕高宗、孝宗、光宗、宁宗四朝的学家、教育家朱熹和哲学家、教育家张式畅游南岳时，曾游憩胜业寺。
元朝（1206-1368）的一百六十余年中，胜业寺进行过多次维修，并在寺周培植树木，法运依然兴旺。
到了明代，胜业寺又进行过多次修缮。崇祯八年（1635）年，住持佛顶，对寺宇、佛像又进行了一次大的修缮。
清朝初，祝圣寺再经修缮、重建，成为盛极一时的大寺院。康熙四十四年（1705），湖南巡抚赵申乔，拟请康熙帝南巡，便大兴土木，把这里改建成一座宏大而华丽的行宫，后来康熙帝南巡未果，行宫封闭近十年。
至康熙五十一年（1713），三月逢康熙帝六旬晋一大寿，大湖南北的诸宪台，齐聚南岳建“万寿国醮”，湖广总督额伦特，湖南巡抚王之枢奏改行宫为祝圣寺，请颁《龙藏》，康熙帝颁赐《龙藏》全部，共735函，1669部，7838卷。
十六年后，雍正五年（1727），王国栋任湖南巡抚，又一次将行宫改祝圣寺的情况向朝庭呈送了奏摺。雍正帝胤祯作了“知道了”朱批，并允肯“祝圣寺”名，祝圣寺名从此始。是时胜业寺归并祝圣寺。
清康熙四十四年（1705年），湖南巡抚赵申乔听说康熙皇帝要到南方巡视，便大兴土木，把这里扩建成一座规模宏大的行宫，因康熙未来，逐改名为祝圣寺。雍正以后，祝圣寺的住持先后有淡远、前参、佛格，将寺庙修缮得更加雄伟壮观，前来烧香拜佛的人络绎不绝。时人总结出“祝圣十景”：中亭测日、双阁凌霄、松涛泛月、翠柏撩云、猿知入定、鹅惯听经、炉霭天香、山钟自动、岳云光榴、瀑布流厨，可见其景色之美。
民国时期，僧人空也法师在视圣寺举办了“天台宗学校”。
1929年，湖南名僧灵涛（1898一1950年）法师又在这里开办了“南岳佛教讲习所”，培养了一批僧伽人才。
1937年5月7日，南岳佛道教徒，出于对祖国前途的关心，献身反对外来侵略的斗争，在当时任国共合办的南岳游击干部训练班副教育长叶剑英同志的启发下，全山僧道在祝圣寺成立了“南岳佛道救难协会”爱国组织。叶剑英同志在会上作了“普度众生，要向艰难的现实敲门”的讲演，使佛道教人士倍受鼓舞。
该组织不仅选派了3名僧人参加游击干部训练班，又组织僧道训练班，学习军事常识和抢救护理伤员等技术。后组织了“佛教青年服务团”和“佛教流动工作团”两个宣传队性质的组织，奔赴长沙、湘潭等地开展抗日救亡宣传活动，唤起民众反对侵略，保卫祖国。郭沫若、邹稻奋、田汉等同志对南岳佛道教界人士的爱国行动给予热情的支持。邹稻奋把南岳佛道救难协会成立宣言和组织大纲，发表在他主编的《全民抗战》杂志上。田汉同志在诗中赞道：锦衣不着着绍衣，敢向人间惹是非，独惜潇湘春又暮，花前跌坐竟忘归。
1949年中华人民共和国后，祝圣寺是南岳佛教的活动中心。1956年成立的“南岳佛教协会”设在祝圣寺。僧人发扬“农禅并重”的优良传统，动员组织佛教徒从事劳动生产活动，实现了自给自养。“文化大革命”中，佛教活动被迫停止、佛像、经书、法器荡然无存，幸运的是殿堂保存完整。1979年起，随着宗教信仰自由政策的落实，僧人陆续返寺。1980年，祝圣寺移交给南岳佛教协会管理，国家拨款对寺庙进行了修复，1985年5月隆重举行了佛像开光典礼，成为南岳一大盛事。
