口腔医学院开设的口腔医学专业系重庆市特色专业，自2000年开始招收本科生，迄今已培养13届700名本科学生；自2014年开始招收口腔医学技术专业本科生136名。培养的本科学生连续两年在华西举办的国际口腔医学本科生技能比赛中获得二等奖、个人优秀奖；连续三年获得中华口腔医学会暑期大学生社会实践特等奖、二等奖最佳影片奖等奖项；获中华口腔医学会2017年科普大赛三等奖、优秀奖；获得国家级奖项8个，获市级奖项16个，校级奖项25个，以及国家级国家实用新型专利一项。学院培养的住培生在中华口腔医学会口腔住院医师全科病例展评中获二等奖和三等奖，在中华口腔医学会住院医师专业理论培训和操作技能展示初评中进入前十强。2001年学院开始招收硕士研究生，迄今已培养全日制硕士生325人，目前在读硕士158人，全日制博士13名，外籍硕士研究生39人。
近三年来，医院共获批国家自然科学基金16项，省部级科研项目33项；发表文章311篇（SCI论著128篇，最高影响因子逾22分）；获重庆市科技进步二等奖、三等奖各1项，重庆市卫生计生委医学科技成果奖一等奖、二等奖各1项；主编、参编出版专著15部；获批专利6项。重庆医科大学附属口腔医院连续在2016年、2017年中国医学科学院发布的中国医院科技影响力排行榜中位居第12位；2017年世界顶级Nature出版集团发布的“高水平科研产出”中国医院Top100排行榜中，重庆医科大学附属口腔医院位居排行榜第92位。
现有两个院区：北部院区、上清寺院区；三个门诊部：沙南街门诊部、大学城门诊部及附三院门诊部。开设有牙体牙髓科、牙周科、口腔粘膜病科、口腔颌面外科、口腔修复科、口腔正畸科、儿童口腔科、预防口腔科、口腔种植科、口腔麻醉科、VIP中心、整形美容中心、惠民诊室13个临床科室，全口义齿诊疗室和颞下颌关节2个特色门诊，检验科、放射科等医技科室及13个行政科室。
口腔医学院拥有一支业务技术精湛、教学严谨、年龄职称结构优良的人才梯队，现有专职教师317人，其中教授23人，副教授63人，博士生导师（含兼职）5人，硕士生导师（含兼职）49人。
医院设置病床100张、牙科综合治疗椅500台，年门诊量逾百万人次，口腔医疗综合服务功能居国内先进行列。
医院实验室总面积约4000平方米（仪器设备总价值约3000万元），拥有一批先进实验仪器设备，配备SPF级动物代养室和动物手术室。
