院本部常年承担疑难危急重症救治、应急救援、干部保健及涉外医疗任务，是重庆市SARS、甲型H1N1流感等重大传染病重症病例救治首要单位和专家组长单位，以及重庆市唯一一家同时获肝、肾移植技术准入的地方医院。形成了器官移植、微创、介入、无痛诊疗等优势技术，推行以疾病为链条的多学科诊疗模式。拥有国家卫计委“国家临床重点专科建设项目”17个（产科、检验科、重症医学、专科护理、内分泌科、心血管内科、胸外科、神经外科、麻醉科、神经内科、普通外科、眼科、呼吸内科、耳鼻咽喉科、肿瘤科、医学影像科、老年病科），数量居全国第12名。拥有国家中医药管理局“中医老年病重点专科”1个。获批卫生部培训基地14个，重庆市临床诊疗中心27个，重庆市医疗质量控制中心20个，重庆市专科护士培训基地11个。各学科均形成了自身的特色优势，综合诊断治疗水平居国内先进行列。
院本部先后获得“全国百佳医院”“全国卫生系统先进集体”“全国医院文化建设先进单位”“全国卫生系统思想政治工作先进单位”、中华全国总工会“工人先锋号”、卫生部“2005-2007年度全国医院管理年活动先进单位”和“全国卫生系统护士岗位技能竞赛”金奖等一系列荣誉称号。
院本部拥有973首席科学家、国家杰出青年基金获得者、国务院学位委员会学科评议组成员、长江学者、卫生部突出贡献专家、第45届南丁格尔奖章获得者等在内的一大批学术造诣高、临床经验丰富的知名专家。拥有教授276人，副教授354人，博士生导师64人，硕士生导师392人，享受政府津贴专家39人，现任国家级学会、协会学术职务626人次，重庆市学术技术带头人及后备人选38人，重庆市医学会正副主任委员60人次，重庆市医师协会正副会长46人次。
院本部拥有PET-CT、医用电子直线加速器、高剂量率三维后装治疗系统、炫速双源CT、宝石能谱CT、128层螺旋CT、3.0T MRI、1.5T MRI、平板DSA、SPECT、高强度超声聚焦肿瘤治疗系统、影像引导放射治疗系统（IGRT）等一批大型医疗设备。
