建筑格局
兴教寺现由殿房、藏经楼和塔院三部分组成。
正院中轴线，将山门、钟鼓楼、大雄宝殿、法堂和卧佛殿一线贯通，构成了寺院的主体建筑。
山门为楼阁型砖砌，正上方镶嵌着“护国兴教寺”五个大字。
山门内钟鼓二楼东西相对。现存钟楼为1931所建。
五楹大雄宝殿，红柱碧椽，飞檐凌空，门额上有原中国政协副主席、中国佛教协会会长赵朴初居士手书“大雄宝殿”牌匾。殿内供奉着元代铸造的释迦牟尼镀金坐像，高约3米，重1.36吨。还供有明朝铜铸阿弥陀佛像和缅甸赠送的白玉石刻弥勒佛像各一尊，西侧有唐朝铜铸观音像，东侧有明朝木雕地藏菩萨像。大雄宝殿绘有彩色壁画，殿后为讲经堂。
藏经楼位于东跨院偏门内，五楹架构，建筑宏伟，雕梁画栋，飞檐斗角，屹立于参天古柏浓荫掩映之中，周围花竹密茂，雅致幽静，别有天地。藏经楼为二层：一层陈列有关玄奘法师的画像和书画，以及周恩来、尼赫鲁等领导人瞻仰玄奘法师墓地的照片；二层珍藏有《碛砂藏经》、《大正藏经》、《频伽藏经》、《续藏经》、《大中华藏经》等五藏大藏经，达万卷之多。还珍藏有巴利文《贝叶经》数片。
西跨院又称慈恩塔院，是为玄奘法师及其弟子园测和窥基遗骨安葬之地。建有并列的三座舍利塔，“三塔”已距今已经有一千三百多年，在苍柏翠竹之中，三塔作“品”字形参差耸立。
三座塔之北的慈恩殿内陈列玄奘法师及其弟子的石刻像等。
三座塔之后是三藏院，大殿内有精美浮雕，描述西天取经的经历。
大遍觉堂建于1931年，供奉着玄奘大师法像。
法堂建于1929年，内供奉元代铜铸毗卢佛像，堂内四壁镶有《金刚经》刻石及明代佛像画轴卷。
法堂后有卧佛殿，此殿内供奉长约9米的香樟木雕刻卧佛，金箔贴身，右肋而卧，金光闪闪，满殿生辉。
文物遗存
兴教寺为中国重点文物保护单位，寺内藏有明代铜佛像、缅甸玉佛像各一尊，明永乐年间壁画数十幅，还有历代经卷数千册。而最有价值的文物遗存就是著名的兴教寺塔。
兴教寺塔是玄奘舍利塔、窥基舍利塔、圆测舍利塔三塔的合称。三塔位于兴教寺慈恩塔院内，中间最高的一座是建于唐高宗总章二年（669年）的玄奘舍利塔，左右各有较矮小的砖塔一座，西侧为造于唐高宗永淳元年（682年）的玄奘弟子窥基舍利塔，东侧为造于宋徽宗政和五年（1115年）的新罗王之孙圆测舍利塔，形式均与玄奘塔略同。
玄奘舍利塔
玄奘塔立于兴教寺塔院正中，塔背嵌有唐文宗开成四年（830）篆刻的《大遍觉法师塔铭》。
玄奘塔为砖造，总高21米，五层，平面方形，仿楼阁式。底层边长5.2米，每层檐下皆用砖做成简单的斗拱。斗拱上面，用斜角砌成“牙子”，其上再加叠层出檐。第一层塔身经过后代修缮，已是平素的砖墙，没有倚柱；而以上四层则用砖砌成八角柱的一半的倚柱，再在倚柱上隐起额枋、头拱。塔内有小方室供奉玄奘塑像。底层较高，以上各层依次收减。因是墓塔，所以除层外，其上四层概不能登临。玄奘法师舍利塔高七丈，共五层，底层拱洞内有 玄奘法师塑像。塔背嵌有《大唐三藏大遍觉法师塔铭》的碑刻，因亦称大遍觉塔。中国砖塔之砌作木构形者，当以此为最古。
窥基舍利塔
灵塔始建于永淳元年（682年），大和三年（829年）重建。坐北朝南，为方形三层楼阁式砖塔，高6.76米，底层边长2.4米。层间叠涩檐下施一排菱角牙子，塔顶平砖攒尖，置宝瓶式塔刹。底层龛室内有窥基泥塑像，北壁嵌有“大慈恩寺大法师基公塔铭并序”碣。二层南壁镶有“基师塔”砖铭。
窥基是玄奘的大弟子，或称灵基，俗姓尉迟，字洪道，京兆长安（今陕西西安）人。因其著述常题名“基”或“大乘基”，所以《开元释教录》始作窥基。窥基生长于以武功受封的贵族家庭中，祖父尉迟懿是隋朝宁国公，父亲尉迟敬宗是唐朝开国公，伯父尉迟恭是唐朝名将，受封鄂国公，名列凌烟阁二十四功臣。
唐贞观十九年（645年），玄奘东归长安，专注传译事业，并着意物色、培养传法的人才。偶然在路上遇窥基，见其眉目秀朗，举止大方，便有意度他为弟子。贞观二十二年（648年）十七岁时，窥基正式舍家受度为玄奘弟子。先住弘福寺，同年十二月随玄奘迁入大慈恩寺。高宗永徽五年（654年），复有朝命度窥基为大僧，并应选学习五印语文。两年以后，应诏参与译经。从此，他一直跟着玄奘参加慈恩、西明、玉华等的译场，随从受业。麟德元年（664年），玄奘在玉华宫译场逝世，译经事业中止。窥基重新回到大慈恩寺，专事撰述。
永淳元年（682年）十一月十三日，窥基在慈恩寺翻经院圆寂，年五十一岁。十二月四日葬于樊村北渠，靠近玄奘茔陇。后于唐文宗大和三年（829年）七月启塔荼毗，迁入平原新塔，位于玄奘舍利塔的西侧。
圆测舍利塔
圆测塔通高7.10米。底层龛室置圆测泥塑像，北壁嵌“大周西明寺故大德圆测法师舍利塔铭并序”碣。二层有“测师塔”砖铭。
圆测是新罗（朝鲜）王的孙子。随遣唐使来到长安，他精通梵语，熟悉汉文，后拜玄奘为师，是唯识宗的继承人之一。武则天当政时期，圆测颇受优待，每遇中外名僧论道，必邀圆测首位开讲。垂拱年间（685年—688年），圆测受诏助中印度僧地婆诃罗译出经论十八部、三十四卷，武则天写序于各经之首。此时，新罗王数次上表，请圆测师回国，弘扬佛法。但因武则天垂情惜才，婉言拒之，是以未能回国而留居大唐。
证圣元年（695年），圆测再一次应诏助于阗僧实叉难陀译经。然译事未终，即卒于佛授记寺，时为万岁通天元年（696年）七月二十二日，临终前，圆测嘱咐弟子将自己陪葬在师父的舍利塔旁。火化后弟子慈善分其遗骨，带回长安，葬于终南山丰德寺东岭上。北宋政和五年（1115年），同州龙兴寺僧广越，又取丰德寺东岭上测师遗骨一份，葬于兴教寺玄奘塔之东侧。
