医院总建筑面积近17万平方米，开放床位1254张。现设有12个儿内科病区、8个儿外科病区及重症医学、耳鼻喉、中医、康复等病区，专业设置齐全，涵盖了大型综合儿童医院全部业务科室。目前年门、急诊量230.4万人次，年住院量7.68万人次，年手术量3.09万例。
近五年，医院共获各级各类科研立项200余项，包括国家科技部“863”课题，国家自然科学基金重点项目，国家自然科学基金面上、青年项目，国家卫生部卫生行业科研专项重大课题，广东省自然科学基金项目，深圳市科创委重点项目等，纵向科研经费1亿余元。近3年发表SCI论文108篇，包括在《新英格兰杂志》等权威期刊上发表论文，最高影响因子79.258。
医院设有10个儿内科病区、8个儿外科病区及重症医学、五官科、中医、特需等病区。
现有职工2022人，高级职称专业人才350人。其中，博士生导师6人，硕士生导师68人；博士后4人；享受国务院特殊津贴者1人，深圳市政府津贴者2人，归国高级人才14名；博士后4人，医学博士82人，硕士452人。
医院拥有价值逾5.4亿的先进诊疗设备，包括3.0T磁共振、64排螺旋CT、DSA、24小时动态脑电图、128H和64H数字化视频脑电图仪、血滤／血透器、气质联用仪、串联质谱仪、流式细胞仪等，配有先进的无菌层流手术间19间，其中一体化手术间2间，DSA手术间1间，杂交手术室1间。
