净因寺，《嘉定镇江志》《至顺镇江志》《丹徒县志摭余》等史志都有记载。《至顺镇江志》：因胜寺，在府治之南三里。唐大中六年建，曰“妙喜”；南唐曰“慈云”。宋元祐中，尚书左丞苏颂请为功德院，遂名因胜报亲禅院。苏颂拜尚书左丞相，请为功德院，乞以因胜报亲禅院为额，壁间有集贤学士黄庭坚《开堂疏》石刻。咸淳间重修。通判陈应新为之记，石刻在佛殿侧。寺门外有石羊，今不知所在。
净因寺宋熙宁年间重修时，更名显慈寺，明万历年间整建时，复旧名。唐宋时净因寺香火很兴旺，有房屋建筑99间半，后屡经兴废，最后焚于太平天国及抗日战争期间的战火，惟刻有“净因寺”及“翠崖禅室”碑石旧物留存至今。
《润州区志》记载：净因寺原名因胜寺，清初又称翠崖禅室，直至乾隆十六年才改为现名。据史料记载，净因寺建于西晋永熙元年，其规模庞大，除大殿外，尚有天衣堂、偃月庐、弥勒阁、翠崖室、涌泉庵、普同塔院和观日亭、卧云亭、卓锡泉、鹿跑泉、夕听泉、千尺井、紫竹林等。公元520年左右，南朝梁武帝曾游幸山寺。1700年清康熙皇帝赐“五州山因胜寺”碑。
1751年乾隆皇帝赐净因寺匾额。历史上许多达官显贵、文人墨客与净因寺也都有着不解之缘。宋代大文豪苏东坡就曾游览过五州山，于卧云亭题下“卧看沧江”四个大字，还题了“夕听泉”泉名。黄庭坚和米芾为五州山书写过因胜寺开堂疏。清初进士笪重光辞官后因爱五州山风水，曾隐居翠崖禅室读书，并题写了“翠崖室”石匾额。
