寺院占地68亩。净慧寺相传原是三国时期周瑜水军行辕，南朝义将储福路经此处，因观其地濒万倾太湖，地势轩敞，包孕吴越，遂改建成寺，距今已有一千四百多年历史。
最先引人注意的是树在前面的两块高高的长方形石条，仔细看原来是用来树旗杆的，上面隐约刻着文字和图案，但已模糊看不清了。在南面有一水潭，因为西面一座小桥，所以不知原来是河还是庙前的水池。在潭边有几块很大的石头，从残留的石刻知道这是寺庙从前建筑的遗迹，想当年它们会是多么气势雄伟，如今只能静静地躺着与倒在这里的香灰相伴，前面还有两座石塔，是后人新刻的，不知从它们身上能否看到那残石的影子。边上还有一块石头，从不同的角度看像猪、像鱼、像兽……也许称得上是寺庙的一个宝贝了。
据史载：大宋绍定年间，香火盛期，有僧侣三百余众，寺田五百余亩。明朝朱元璋军师刘伯温到净慧寺，有香花桥上度六步，河水倒转向西流之传说。如今寺内还保留有老营桥、六步桥、兵工桥，寺内有将军墓、双塔莲花石幢、和尚坟、旗杆石、古桂花树等古迹村名。
清乾隆皇帝到常州指定要游净慧寺，因一时无法修通道路，无锡官员将净慧寺匾额移到无锡崇安寺，乾隆御赐赦重建净慧寺匾额，并留诗一首曰：南海莲花九品香，西方绿竹千年翠。
