始建于梁天监二年(503)，距今已1400多年。唐代兴盛佛教，德宗时翰林学士陆贽舍宅筑基，名福业院，后改称报国院。宋代大中祥符元年(1008)改称承天院，政和七年(1117)改称能仁院。元顺帝至正十六年(1356)毁于兵燹，明洪武二十四年(1391)改称为能仁教寺，正统二年(1437)重修，清乾隆二年(1737)称能仁禅寺。
能仁寺殿宇宏伟，气势雄浑，四周环水，占地70余亩。寺院座北朝南，略显长方形，主要建筑物分布于一条南北轴线及其东西两侧，山门直对天仙桥。山门往北为金则殿、大雄宝殿、华严阁。金刚殿前有参天银杏两株及砖塔一对。大殿东偏为纪念陆贽建有宣公祠，西偏为鲁班殿、功德林。大殿前为钟楼和鼓楼。寺院周围僧房棋布，禅室罗列。共有十二禅房，僧众百余人，为远近闻名的大寺院。
能仁寺阅历千载，几经兴衰，也有许多感人故事。清朝末年，一场无情大火，能仁寺又不幸被毁。当时中医沈季良妻邱氏身披袈裟，背负韦驮佛像，手持木鱼沿街三步一跪叩至外埠南当镇化缘集资，历经49天，终于感动富室获得资助，重建大雄宝殿。1938年日军入侵，能仁寺又被大火焚毁。幸存的遗址只有华严阁台基与蚕皇殿，近年有关单位进行重建。不久我们可重见能仁寺昔日的雄姿。
桂林能仁禅寺的前身是原广西省佛教会所在地。1939年初，年富国强、才华横溢的道安法师应桂林僧俗礼请，从南岳祝圣寺来到桂林主持法会，追荐抗战以来死难同胞，祈祷世界和平。法会圆满后，道安法师应请留在桂林主持中国佛教会广西省分会的工作。其时，身居要职的广西靖西专员黄昆山夫妇崇道安法师为师皈依三宝后，发大心于1938年8月在原残丰不堪的地藏庵附近购地十数亩，交道安法师主持募款建大雄宝殿，作为广西省佛教会永久办公地址，至1944年11月桂林沦陷，人员大疏散前夕，经道安法师5年多的艰苦努力，广西省佛教已建成大雄宝殿、观音殿、弥勒殿、方丈室、山门等建筑，成为桂林市一个新的弘法道场。
1940年秋，巨赞法师从南岳衡山辗转来到桂林，任广西省佛教会秘书长，并于当年12月15日同道安法师一道创办、主编、出版《狮子吼月刊》 ，以桂林为实验基地开展“新佛教运动”，历时一年多。抗战胜利前夕，桂林惨遭日军飞机狂轰滥炸，全城98%以上的房屋被毁，而广西省佛教会幸赖佛力加被得免于难。抗战胜利后，道安法师从外地返回桂林，继续艰难主持省佛教会。后来，由于战云密布、时局动荡，道安法师辗转赴台发展，驻锡于台北松山寺。
1949年后，广西省佛教会自行解体。1950年桂林市进行社团登记时，广西省佛教会所在地以桂林市佛教会的名义进行登记，负责人先后有释自禅 、释海圆、释自如、释明德等。“文革”期间，佛教会所在地被多家单位瓜分、占用，佛教荡然无存，大雄宝殿和观音殿内不闻梵呗清音。1986年9月，在市政府协助下，桂林市第一届佛教徒代表大会召开，正式成立桂林市佛教协会，确定原广西省佛教会所在地定名为“桂林市能仁禅寺”，能仁禅寺院住持慧玉当选为市佛教协会会长；在市政府负责迁走占用寺院的工广后，由比丘尼慧玉法师主持募缘维修能仁禅寺，寺院作为比丘尼道场管理。1992年10月慧玉法师圆寂后，由从法法师接任能仁禅寺住持至今。
