黄旗观音古寺位于旗峰公园内，原名黄旗古庙，建于北宋政和年间，1994年重修，庙内常年香火鼎盛。尤其是每年除夕辞旧迎新的时刻，古庙会吸引数万名市民来上“头炷香”，祈福迎接新年的到来。
观音庙、寺、遍及全国各地，但从宋代创建、重修、保存至今的却不多，黄旗观音古庙实属凤毛粼角值得东莞人民珍惜、保护。
黄旗观音古寺与原黄岭道院规划整合为一体，拓展了古寺总体格局，为寺院建设奠定了新的基础。后陆续修建了富贵宫、城隍庙、财神殿、功德堂、斋堂、千手观音殿、方丈室等配套建筑，与原有的黄旗古庙、黄岭道院两大古建筑群有机整合在一起，形成占地面积约50亩、建筑面积近1万平方米的佛教丛林，功能设施逐渐完善，寺院格局焕然一新。
黄旗观音古寺的兴建，缘起于一个在民间广为流传的美丽传说。在北宋徽宗政和年间，东莞地区遭遇罕见旱灾，并流行一种瘟疫，病死饿死者无数。远来一方士（风水先生）追寻龙脉至此地，一天清晨，在今黄旗观音古寺观音殿处，遇见一位白衣妇人蛰伏在地，忙上前问候。忽然，那白衣妇人化白烟而去，瞬时天现紫色祥云（现在黄旗观音古寺建筑屋瓦为紫色琉璃即缘起与此）。方士感悟此乃南海观音化身，慈悲众生，显灵点化。方士发愿在此地修建道场供奉观音，居民踊跃响应，很快建好。大殿落成暨观音宝像开光之日，天降甘露，旱灾立缓，不久瘟疫止息。
此后千百年来，“东莞无大难，有难观音菩萨来化解”遂成为一句常话在民间广为传唱，“到黄旗拜观音”成了传统习俗。古人云：“山是地之胜，寺是山之胜。”正是源远流长的法脉源流，黄旗山成了东莞人民的福地圣山，黄旗观音古寺成了广大信众寄托信仰的佛门圣地，黄旗观音文化成了最有东莞本土特色的文化元素。
2008年汶川大地震、2010年青海玉树地震、2013年四川雅安地震、2015年尼泊尔和中国西藏地震等灾害发生后，黄旗观音古寺踊跃捐款救灾，多次组织善信开展捐款助学活动，慰问孤寡、扶贫济困等慈善之举不胜枚举，在弘法利生事业上取得了有目共睹的成就。
该寺还多次被授予“全国创建和谐寺观教堂达标场所”、“全省佛教活动场所先进集体”、“全省模范佛教丛林”、“全省文明宗教活动场所”等称号。
