被毁重建
另据考证，石空寺于清同治年间(1862年一1874年)毁于兵燹，又于光绪三十二年(1906年)重建。重建后的石空寺更合佛教胜地建筑之规范，其主建筑物有山门、千手佛殿、地藏殿、文昌宫等，均有其联为证。石空寺门联为：“净土法门普被三根，实如来成始成终之妙道；弥陀誓愿全收九界，示众生心作心是之洪猷。”千手佛殿联为：“不舍洪慈遍尘刹而寻声救苦；常游苦海度群迷而赴感应机”。地藏殿楹联为：“地狱不空，大圣之心岂倦；众生未尽，慈尊之量常如。”文昌宫楹联仍为清邑人佚名所作：“文风一境，耸起来此阁，真然天造就；笔气两端，呈显出远峰，本是地生成”。此联妙笔生花，写尽石空古寺天造地合之胜景。民国时期，石空寺佛教兴盛，正信皈依三宝的佛门弟子始觉贵寺称石空寺有些不妥，有遁入空门之嫌，不合佛教积极进取的教义，故于民国27年(1938年)将石空寺更名为石洞寺，以彰显在天然石洞上建寺的独特佛教奇观。
可惜的是，1970年，在修建西岔电力提灌工程时，将石洞寺原有寺庙拆毁殆尽。1982年，对佛教发起正信的皋兰县石洞乡涧沟村人魏贤霖、景泰县中泉乡红岘台村人魏君邦，为慧觉佛法，自赴安徽省九华山祈园寺学法，受戒于该寺明进法师门下，赐魏贤霖法号为砂门释照慧，魏君邦法号为砂门释照智。1987年3月，释照慧学法归来，在石洞寺致力于佛教活动。1988年9月，释照智应释照慧邀请前来石洞寺协助其从事佛教活动。
佛教活动
1989年，随着民族宗教政策的落实，石洞寺佛教活动恢复。释照慧主持申请在阳坡原上寺旧址修建佛教寺院。石洞乡人民政府下文批复同意重建石洞寺。是年，先在寺北以南北向建成僧人寝舍6间。4月，释照慧、释照智开始率其子及信徒在原上寺东山石壁上凿岩打洞，并自筹资金3万余元，投入石洞寺重建，先后用两年时间建成寺院房舍9间。1994年农历三月初五，全国政协常委、中国佛教协会副会长、甘肃省佛教协会会长、省人大常委会副主任嘉木样·洛桑久美·图丹却吉尼玛大师，在兰州五泉山浚源寺主持融开法师等陪同下，来到皋兰进行佛事活动，石洞寺举行了隆重的欢迎仪式，大师向释迦牟尼佛及陪侍佛像诸一敬献哈达，高度评价了石洞寺的历史文化和佛学价值，称赞石洞寺在石洞中建寺的佛寺奇观，并与县委、县政府领导一起座谈用斋，对石洞寺的恢复重建寄予厚望和支持，嘱咐一定要把石洞寺建设好，给世人留下宝贵的文化遗产。
现代重修
同年，融开法师又布施人民币4万元，支持和帮助石洞寺平地工，塑佛像，先后在正殿、北殿、南殿分别塑造佛像14尊。其中正殿塑佛像8尊，即释迦牟尼佛1尊，消灾延寿尊世佛1尊，西方极乐世界阿弥陀佛1尊，陪同菩萨2尊，缅甸玉石佛1尊,陪同菩萨2尊。北殿塑佛像3尊，即地藏王菩萨1尊，陪同菩萨2尊。南殿塑佛像3尊，即二十四辈观音菩萨1尊，大皈天菩萨1尊，地世天菩萨1尊。14尊佛像全部进行了贴金装饰并开光。1996年，又新建寺舍6间，寺内面貌焕然一新。
1997年，在甘肃省、兰州市佛教界知名人士的帮助下，县宗教局对石洞寺的恢复与建设作出了具体规划，并积极争取社会各界人士的资助和支持。1998年，按规划设计的石洞寺大殿主体工程开工修建，融开法师布施5万元，释照慧主持自筹资金4．7万元，皈依弟子供养1．5万元，加上本寺供养资金5．6万元，共筹资18．3万元投入大殿建设。雇用能工巧匠15人，历时9个月，耗资18．6万元，于是年底建成了大殿主体工程。翌年大殿开始油画装修。不幸的是释照智于1998年农历六月初五信愿往生。释照慧主持不顾年事已高，体弱多病，毅然坚持大殿修容工作，于1999年底完成了大殿修建工程，并在大殿内塑造了十八罗汉像。新建的石洞寺大殿累计耗资达30多万元。大殿紧贴主洞，倚山而立，气势巍峨，红柱飞檐，雕梁画栋，独具匠心。其建筑风格与绘画雕刻艺术都胜过旧寺风貌。
地理位置
甘肃省皋兰县石洞乡寺庙在皋兰县石洞乡魏家庄村阳坡社，距县城约2公里的东山之麓，有一佛教寺庙，因依山腰间一天然石洞建寺而于世闻名，故称之为石洞寺。古往今来，凡亲临石洞寺的游人及慕名前来求神拜佛的善男信女，无不为这洞中的佛教奇观叹为观止。
建筑历史
据金城杨氏家谱载，石洞寺始建于元代，时称石空唬喇(蒙语，意为山中之城)。明武宗正德四年(1509年)，石空古地失守前，为金城杨氏家祠，明万历四十三年(1615年)闰八月所立《金城杨氏先茔记》墓碑至今尚存。清康熙四十四年(1705年)拓为佛庙寺观，称石空寺，亦称石拱寺。是年，依东山腰间一天然石洞建寺两座，分为上寺、下寺，两寺相距约500米，遥相呼应，甚是壮观。上寺居北，依绵延山脉而立，寺院正中建有大殿，殿内塑有释迦牟尼佛像；南北厢房对应座陪，呈寺院特有景观。下寺居南，建于东山腰间一天然
岩洞石龛前，寺前山脚下立有砖木结构牌坊，进牌坊登80余级石阶至寺，可见山门正面檐前悬挂“石空寺”三字醒目匾额。整体寺院坐东向西，分殿、厢、客、门，呈四合院。东设巍峨正殿，砖木结构，双层楼阁。下楼宽约15米，进深6米，明柱飞檐，檐深3米，内置百子宫塑像，壁塑历史神话人物像近百尊，墙面两侧壁画缀合，浑然一体。顺百子宫两侧登梯而至上楼，辄见一天然石洞，依洞建有悬阁木楼3间，中间楼阁紧连石佛龛，龛深3．2米，内塑观音菩萨像。南北两厢对应，厢宽均为12米，进深4米。南厢内塑有九天圣母及诸菩萨像，北厢仍为杨氏家祠，供其列祖列宗牌位。两边山门宽3米，高4米，门楼为双步梁结构，两侧建有对称客房。整体建筑雕梁画栋，绯檐彩壁，精巧夺妙，蔚为壮观。
寺之麓下，河滩形圆，泉头河(亦称蔡家河)由北向南呈S形绕过，流水潺潺，宛若青龙绘就太极。寺之背靠红砂岩山体，故称：“背靠赤壁，怀抱太极”。又因寺依绵延东山而建，三面村落烟树簇拥，田园毗连，麦绿菜翠，瓜果瓢香，生机昂然。清邑人佚名诗赞：“石空古寺建崖畔，中有佛洞乃天然。前列太极图一面，旁开阴阳泉两边。文峰远眺南郊外，绿水发源北山巅。数百农舍对河岸，一丛碧树锁青烟。”
文化氛围
2002年农历十月初一，石洞寺主持砂门释照慧信愿往生，兰州市佛教协会选派五泉山浚源寺正僧理严(法号，俗名张国祥，皋兰县西岔镇阳窑村人)接替石洞寺主持工作。石洞寺佛教活动自1989年恢复以来，每逢农历每月初一、十五日，都有皈依佛门的弟子前来上供奉香，跪拜诵经，另逢佛菩生诞日、出道日、成道日都要开经诵拜。上供诵经的弟子多则数千人，少则数百人。至2000年底，共有皈依弟子2800余人，其中多为在家奉香诵拜弟子。
