山东省胸科医院隶属于山东省卫生健康委员会，始建于1949年，历经变迁，逐渐发展为一所集医疗、教学、科研、预防、保健功能为一体的新型专科医院。医院同时也是山东大学附属山东省胸科医院、山东省结核病与呼吸病防治研究中心、山东省公共卫生医疗救治中心，还获批成为山东省肺结节诊疗中心、山东省省直保健定点医院、国家呼吸临床研究中心中日医院呼吸专科医联体单位、中国防痨协会结核病转化医学创新基地、中国医师协会呼吸内镜医师培训基地、山东省红十字应急救护培训基地等。
山东省胸科医院·山东大学附属山东胸科医院·山东省呼吸病与结核病防治研究中心是重大呼吸系统传染性疾病医疗救治的省级定点医院，在历次重大呼吸系统传染病防控和公共卫生应急方面，医院出色地完成了省委、省政府和省卫生健康委交办的防控救治任务，为全省医疗卫生事业做出了积极的贡献。在2003年抗击SARS、2005年防治禽流感、2009年防治甲型H1N1流感，直至近几年的防治H7N9禽流感重症患者抢救，医院都临危受命，冲锋在前，积极组建省级医疗救治团队，派出医疗救治指导专家，投身到艰苦危险的临床诊治、院外会诊、医疗指导与救治工作中去，取得显著成绩，受到了省委、省政府和省卫生健康委的高度赞扬。
山东省胸科医院·山东大学附属山东胸科医院·山东省呼吸病与结核病防治研究中心将坚持质量立院、人才兴院、科研强院、创新活院、依法治院、文化和院的办院方针，怀天使仁心以执业，持坚定信念而前瞻，不忘初心，牢记使命，策马扬鞭，不负前贤，开启胸医发展新篇，努力创建专综结合、防治结合、医养结合的科研型现代化医院，实现“重医德、强人才、建一流”的胸医梦。
多年来，山东省胸科医院·山东大学附属山东胸科医院·山东省呼吸病与结核病防治研究中心涌现出“人民的好医生”王德理、结核病防治战线上的楷模高兴云等一大批爱岗敬业、无私奉献的优秀医务工作者，医院先后获得中共中央组织部“先进基层党组织”、中华全国总工会“全国五一劳动奖状”、全国医药卫生系统先进单位、全国医院文化建设先进单位、全国厂务公开先进单位、中共山东省委“先进基层党组织”、山东省文明单位、山东省职业道德建设“十佳单位”等荣誉称号。
山东省胸科医院·山东大学附属山东胸科医院·山东省呼吸病与结核病防治研究中心“一院三区”共占地140余亩，建筑面积40000余平方米，开放床位近千张，现有职工1200余人。医院围绕“大呼吸”专业体系的建立，重点打造结核病、呼吸与危重症医学科、胸外科、心脏病等重点专业，其中，结核病、呼吸与危重症医学科和胸外科专业为省级重点学科、专科。汉光国际感染性疾病微生物实验室由省胸科医院、美国贝勒医学院共同组建，设有泰山学者海外特聘专家岗位，2009年通过ISO15189认可，是中国卫生部-比尔盖茨基金会合作项目新检测技术验证评估实验室。
山东省胸科医院·山东大学附属山东胸科医院·山东省呼吸病与结核病防治研究中心设备精良，具有多层螺旋CT、数字减影血管造影X线机（DSA）、C型臂、磁共振成像、Vivid E9彩超等大型临床诊疗设备以及全自动生化分析仪、基因扩增仪等几十台比较齐全的检验设备，还拥有体外膜肺氧合（ECMO）、主动脉内球囊反搏泵（IABP）、气道反应性测定系统、电子支气管镜、内外科胸腔镜以及十余台世界知名品牌的高端呼吸机。
1949年建国初期成立了华东军事委员会山东卫生处直属医院。院址设在现济南市卫生防疫站。
1950年更名为山东省立医院济南分院,有职工180人，床位200 张。
1955年2月迁至现山东大学第一医科大学第一附属医院（省千佛山医院），更名为山东省结核病防治院，床位扩大到250张。
1956年山东省人民政府卫生厅结核病防治所（结防所于1950年底开始筹备，1951年4月2日正式工作, 主要任务是防疫）合并于省结防院。
1960年3月，根据省委省政府指示，院址移交山东省干部保健医院－－山东大学第一医科大学第一附属医院（省千佛山医院）。至此，省结核病防治院分散多处工作，门诊部设在现历下区医院，住院部设在孤山疗养院，小儿科设在济南市工人医院，急危重病房设在济南医院，外科远在滕县王开结核病防治院。
1967年迁至现住址（历山路46号），住院部仍在孤山疗养院（1982 年3月撤消）。
1985年7月更名为山东省花园庄医院，开放床位 250 张。
1991年4月又更名为山东省胸科医院，编制 496 人，开放 322 张床。
2011年，按照相关文件批复，我院增挂“山东省公共卫生医疗救治中心”牌子，增加了公共卫生临床应急医疗救治服务职能。设置了内科（呼吸内科、综合内科、结核内科）、外科（普胸外科、骨外科、普通外科、综合外科、结核外科）、心血管中心（心血管内科、心血管外科、心血管重症）、肿瘤中心（肿瘤内科、肿瘤外科及综合治疗）、重症医学科（呼吸重症、公卫应急重症）、职业病（拟设）等二十多个病区；设置了医学影像科、介入中心、临床检验科、胸腔镜室、功能科、病理科、汉光国际感染性疾病研究中心等医技科室。山东省呼吸病与结核病防治研究中心与山东省胸科医院一个机构、两块牌子，防治结合、合署办公。
2018年9月，医院正式纳入山东大学附属医院系统，成为山东大学附属山东省胸科医院。
