琅琊寺在建筑风格上兼具南北两种建筑风格，庙门、院墙及寺外各建筑采用红墙、拱门，有北方皇家陵园建筑风格。但寺内有明月观、山门、藏经楼等建筑则采用粉墙、细木柱、鹅颈椅、漏窗、小青瓦屋等江南古典园林建筑处理手法，十分独特。琅琊寺僧众除进行日常佛事活动外，还开办了素餐、经书、香烛、工艺品、摄影、导游等服务项目，认真进行文物保护工作，受到社会各界好评。
琅琊寺建于唐大历年间（766-770年），由滁州刺史李幼卿与僧人法琛创建，唐代宗李豫赐名“宝应寺”，崔祐甫为它撰《宝应寺碑》。后周显得年间（954-960年），寺毁，刺史王著予以重修。宋朝时几次重修扩建，太平兴国三年（978年），宋太宗赐额“开化禅寺”，亦称琅琊寺，《募修滁州琅琊山开化律寺大雄宝殿缘起》记载：“自唐大历中李幼卿为刺史，搜奇探胜，于深山处建开化禅院，是为有寺之始；又于山罅中疏泉凿石池曰：庶子泉。李阳冰篆铭。又有吴道子画观音及须菩提像。寺前后复有明月池、观音泉、琅琊溪；山巅有日观亭，寺后有雪鸿洞、归元洞诸胜迹，皆于此者相辉映。宋仁宗时，且在山中建御书阁，藏四朝御书，以艺祖立功发迹之所故也。……环寺多摩崖书，皆名人游者所题，自宋皇祐、淳熙、乾道以来有之。”
元朝末年，开化寺毁于兵燹。明朝洪武六年(1373年)僧人绍宁、无为予以重修。规模宏大，殿堂巍峨。据《琅琊山开化禅寺》记载：“洪武元年。宋学士濂，扈从东朝来游，尚有所谓华严池、明日溪、归云洞、千佛塔、大历井、琅琊洞，又有禅室、琴台、茶仙亭、会峰亭……无心亭、轩、秀岩堂、瑞竹堂、童行堂、了了堂、招稳堂一十余所。”
清嘉庆年间(1796~1820年)，皓清法师予以重建，改为“开化律寺”。咸丰年间(185l-1861年)毁于战火。清光绪三十年(1904年)，达修法师住持开化寺，重建寺院，又称琅琊寺。
中华人民共和国成立前夕，琅琊寺有僧人12名，殿堂房屋60余间，田产2700亩。
中华人民共和国成立后，僧人也分得了土地、山林，从事力所能及的生产劳动，生活自养。
1990年6月，缅甸华人和仰光极乐寺赠给琅琊寺一尊释迦牟尼玉佛坐像，高约1．2米，供奉在藏经楼中，故藏经楼又称玉佛楼。
1952年，政府拨专款，对琅琊寺进行了维修。1956年，安徽省政府将琅琊寺列为省级文物保护单位。当时，寺内常住僧人有4名，根如法师任住持。1961年，根如法师圆寂后，超然法师任住持。
1983年，琅琊寺被国务院列为汉族地区佛教全国重点寺院，并于19以年底交给僧人管理使用，作为佛教活动场所对外开放，果圆法师任住持。1985年农历八月十五举行了佛像开光仪式。
近些年来，在政府的支持下，琅琊寺对殿堂亭阁进行了维修，大雄宝殿、韦驮殿、玉皇殿、藏经楼等修葺一新，殿内佛像、菩萨、罗汉像等次第重塑。寺内还添置了各类法器，有五千多斤的铸铁钟，3.5米高的万年宝鼎，直径1米的法鼓和大香炉，还有幡、经书等，把寺庙装点得幽静肃穆，使琅琊寺成为滁州市佛教活动的中心。
山中茂林修竹遍布，林壑幽深，景色宜人。山中还隐映着唐代古刹琅琊寺和宋代建筑醉亭，集宗教、文物古迹和风景名胜于一体，成为滁州市的旅游胜地。琅琊寺掩映在绿树浓荫之中，潺潺泉水绕寺而过，亭台楼阁错落有致，正如宋人诗云：“踏石披云一径通，翠微环合见禅宫。峰峦密郁泉声上，楼殿参差树色中。”琅琊山层峦叠嶂，曲径幽泉，四季皆有好景。尤以夕阳晚照，雨后听泉，别有情趣。
大雄宝殿为寺内主要建筑，雄伟壮观，殿前院落中央有明月池，池上一拱桥曰明月桥，池北有一精舍为明月观。大雄宝殿后有藏经楼，相传唐高僧玄奘“西天”取经回来，有一部经书藏在这里。从楼右侧下，可达抵园，园中翠微亭尤为别致。明月观后有三友亭，因亭旁有松、梅、竹岁寒三友，得名。
琅琊寺东南偏门出便见南天门与无梁殿。无梁殿建在山腰，背靠大山，而对南天门，它无一木梁，全系砖石结构，故以其独特的建筑样式著称。登上山顶南天门，这里可远眺长江和江南诸峰的雄姿，近瞰绿荫如盖，云雾缭绕，溪水潺潺，清幽俊秀的琅琊山自然风光，令人陶醉。
从此下山向北，是一片巨石林立的山坡，这里有归云洞和石上松等景点。琅琊寺依山而建，殿堂隐映在绿树碧水之中。琅琊寺的第一道山门上有“琅琊胜境”四个大字。通过石板路进入韦驮殿，也称弥勒殿，殿中供奉着弥勒佛、韦驮像。出韦驮殿前行，进入长方形庭院，院中有放生池、明月观。明月观之北由三友亭、濯缨泉、积馨斋组成一院落。三友亭，是因院内有松、竹、梅岁寒三友而得名。濯缨泉，又称庶子泉，为唐时滁州刺史李幼卿开发，泉面约9平方米，深约3米，泉流出石罅中，清冽见底，味甘可口。原泉旁有唐代书法家李阳冰撰写的泉铭石刻，今已不存。明嘉靖三十二年(1553年)，莆田人郑大同因此泉清纯可洗帽缨子，题“濯缨”两字于崖壁之上，后人称濯缨泉。积馨斋为1987年琅琊寺创建的素餐馆。由明月桥向西为大雄宝殿，始建于唐大历六年(771年)，殿高约12米，进深14米，正殿5间，殿前的“大雄宝由”匾额为中国佛教协会会长赵朴初先生所题。1990年，在香港、九华山佛教界的资助下，琅琊山将大雄宝殿内佛、菩萨、罗汉像全部装金，金碧辉煌。
