医院对医疗质量精益求精，国家、省级临床重点专科，省级质量控制中心，省级临床医学研究中心等，星罗棋布在南昌大学二附院56个临床医技科室，56朵医学之花竞相开放，代表了江西临床医学的最高水平。2018年，南昌大学二附院又以江西第一的成绩入选国家疑难病症诊治能力提升工程（心脑血管领域），心脑血管领域诊疗水平位居全国前沿。
目前，心血管内科是二附院最具代表特色的科室，是医院首个国家临床重点专科，是卫生部首批认定的心律失常、冠心病、先天性心脏病介入诊疗培训基地，心脏猝死－Burugada 综合征世界著名研究组织接受的首家中国研究注册单位，在心脏病基础研究方面已跻身世界前列。心血管介入技术在全省一路领跑，其中心律失常介入治疗、结构性心脏病的介入治疗、冠心病介入治疗技术达到国内领先水平。
江西省唯一荣获“全国五一劳动奖状”的医疗单位，唯一的“最佳医疗雇主”，“全国文明单位”、“全国百姓放心百佳示范医院”、“全国城乡医院对口支援工作先进集体”、“ 全国第一批节约型公共机构示范单位”、“全国城市医院有突出贡献先进集体”、“全国城市医院文化建设先进集体”。
南昌大学第二附属医院领先及建设学科13个，江西省市共建学科7个。
目前已拥有国家“万人计划”百千万工程领军人才、卫生部有突出贡献中青年专家、享受国务院特殊津贴专家、国家级百千万人才、中国医师奖获得者、井冈学者特聘教授、赣鄱英才领军人才、江西卫生系统高层次人才等一大批国内外知名专家学者和学科领军人物。
