云门禅寺座落于绍兴城南十五公里的平水镇寺里头村秦望山麓脚下的一个狭长山谷里，这是一座历史悠久的千年古刹。云门寺可以说是一处集宗教、历史、文化、旅游观光于一体的佛教胜地，它历来一向很受我国学术界、政府部门的重视，不断有学者写信或亲自来探访，并发表研究文章。绍兴市、县文保部门以及云门寺所在的平水镇镇政府也都十分重视和关心。
云门寺始建于东晋义熙三年（公元407）。隋、唐、五代十国、宋、元、明、清、民国,迄今已有1700多年历史了,可谓华夏悠久的古刹之一。据史书记载：晋代大书法家王献之曾于此隐居，云门寺本为中书令王献之（王羲之的第七个儿子）的旧宅，传说王献之曾舍宅为寺。安帝义熙三年（407）某夜王献之在秦望山麓之宅处其屋顶忽然出现五彩祥云，王献之将此事上表奏帝，晋安帝得知下诏赐号将王献之的旧宅改建为“云门寺”，门前石桥改名“五云桥”,高僧帛道猷居之，竺法旷、竺道壹先后招之。《嘉泰会稽志》中记载“王献之云门山旧居，诏建云门寺。”又明万历《会稽志》卷十六元虞集撰《云门寺记》云：“寺本中书令王献之旧宅”。
云门寺还是绍兴除兰亭之外较为著名的一处书法胜地，中国书法史上的许多名人和逸事都与此有关。云门寺的前身本为王献之的旧宅，传为王献之隐居练字之所。“天下第一行书”王羲之《兰亭帖》真迹也曾长期保存在云门寺。 王羲之的第七代孙南朝智永禅师驻寺临书30年，留有铁门槛、笔冢及其侄子惠欣曾在这里出家为僧，叔侄二人都是书法大家，备受梁武帝的推崇，因启重寺僧智永、惠欣（两人皆以书名），因此云门寺曾一度敕改为“永欣寺”。相传王羲之墓便在附近，昔日智永，慧欣和尚迁居云门也为扫墓就近。智永有两个徒弟，一名智果、一名辨才，都是他的书法传人。智果青胜于蓝，隋炀帝就曾对智永说过：“和尚（——指智永）得右军肉，智果得右军骨。”时人求书者甚多，户限为之穿。智永身后，王氏传家之宝《兰亭帖》真迹由辨才收藏，结果就在这云门寺中被唐太宗派来的御史萧翼设计赚去。唐高宗上元二年（675）三月上巳，初唐四杰之首的王勃曾在云门寺主持了一次模仿王羲之兰亭雅集的修禊活动，并也仿《兰亭集序》写了一篇《修禊序》，其中叙景部分写道：“暮春三月，修禊事于献之山亭也。迟迟风景出没，媚于郊原。片片仙云远近，生于林薄。杂草将发，非止桃溪。迟鸟乱飞，有余莺谷。王孙春草，处处皆青。仲统芳园，家家并翠。”在云门寺中，原有不少与以上人事相关的建筑和设施，如献之山亭、献之笔仓、智永铁门槛、智永退笔冢、辨才塔以及陆游年轻时在此读书的云门草堂等等，可惜它们都早就随着整座古刹的倾圮一起化作历史陈迹。
唐代，云门寺高僧荟萃。建中间（780-783），高僧灵澈禅师在云门寺撰著《律宗引源》二十七卷，佛教禅宗六祖惠能在曹溪说法，云门寺高僧善现住持事之。唐会昌年间（841～846）云门寺遭到会昌之难而毁废，当时只剩下面南一小殿未毁，因附益以为寺，即广孝寺。至唐宣宗大中六年（公元852年）观察使李褒奏重建。然非复旧址，赐号大中拯迷寺。后于寺西建忏堂，号净名庵。宋太祖乾德六年（公元968年）将其中一部份（显圣院）复名为云门寺。宋雍熙三年(986)赐名雍熙院。宋太宗淳化五年（公元994年）改“拯迷寺”为“淳化寺”。后周显德二年(955)于拯迷寺石壁峰前建看经院。宋至道二年(996)改名显圣院。旧云门寺老宿所栖庵亦于熙宁二年(1069)赐名寿圣寺。其时云门寺已一裂为四。南宋绍兴十四年（1144），高宗为云门广孝寺题“传忠广孝之寺”，中间又题小字云：“赐传忠广孝寺”。广孝寺前，有宋高宗书“传忠广孝之寺”碑额，碑高丈余。寺有弥陀道场，杭僧元照书额。（另有“南宋度宗咸淳年间（1266-1274）曾改名为“传忠广孝寺”之说。）寺后废。至明熹宗天启三年（公元1623年）僧福坤偕献之裔孙于旧址募资重修，僧雪峤任住持。又恢复云门寺的旧名，并一直沿用至今。崇祯十一年（1638），会稽籍高僧弘礼住云门寺，“刀耕火种，有古德风”，着语录30卷。云门寺在明末称曹洞中兴道场。云门一系，自湛然（圆澄）以后，其势力颇足，与临济宗的天童一系相颉顽。时云门广孝寺、显圣寺法席大振，威震江南。清初，平水佛教进入高层次的理论研究，高僧、名僧层出不穷，湛然门下出石雨（明方）、三宜（明盂）、瑞白（明雪）。当时，继席云门显圣寺的均为有名宗匠，明方门下的远门净柱，位中净符，明盂门下的狼亭净挺、西遁净超，明雪门下的百愚净断等，都是很有名的禅宿、有语录行世。1586-1676年，临济宗禅宿高僧道忞，奉诏敕建平阳寺，建阁七楹，其血书法华经全部，堪称佛门珍品。清顺治十七年（1661），赐帑银五百两，重修云门寺塔。后毁。建国初，寺内尚存佛像，有宗教活动。辛亥革命后，平水佛教寺院每况愈下。抗日战争时，平水寺院遭日寇蹂躏，寺毁僧散。解放以后，又一些寺院被毁，云门寺年久失修，湮于榛莽之中。佛像被毁，寺屋改作他用。今尚存广孝寺部分殿宇 及碑文。1986年后，当地信教群众募款重建，重塑佛像，恢复宗教活动。寺内尚存明代“募修云门寺疏碑. ，平水还保留云门寺的部分。
云门寺在历史上之规模是非常之宏大。云门寺鼎盛时期曾热闹非凡，陆游在《云门寿圣院记》中写到：“云门寺自晋唐以来名天下。父老言昔盛时，缭山并溪，楼塔重覆、依岩跨壑（hè）,金碧飞踊，居之者忘老，寓之者忘归。游观者累日乃遍，往往迷不得出。虽寺中人或旬月不得觌（dí ）也。”从此可以看出当年之盛况。另据《康熙会稽县志》中的记载和云门寺图上可以看出，进入峡谷之后首先看见的是一个写着“云门古刹”的石牌坊，然后是辩才塔、“卓立云门”石牌坊、雪峤塔、五云山亭、火者塔然后走过五云桥到达云门寺的山门前面，寺前面还有一片枫林，从图中我们可以看出云门寺当时的云门寺有五进之多，有山门、天王殿、大雄宝殿、法堂、禅堂等主要殿堂。寺院的两边各建有两排长长的厢房。寺院的周围还有铁门限、溪风阁墓、王子敬笔琢、王子敬山亭(书上说:唐高宗上元二年(675)三月上已日,名例“初唐四杰”之首的文学家王勃,在云门寺王子敬山亭主持过一次“克隆”晋代王羲之等人在兰亭曲水流觞的修禊盛事。)、洗砚池、白乳亭、五云山等。另外云门寺除主寺之外还设置有“看经院”（另有“刊经院”、之说）、“芍师院（忏堂）”、“显圣院”(云门显圣寺 寺址在今绍兴城区东南玉笥山前。后周显德二年（955），僧重曜于拯迷寺石壁峰前募缘建造。初名显圣院（云门看经院）。宋至道二年（996）九月，敕改显圣寺。院后有王子敬笔仓，实一眢井。元时，寺毁。明万历二十二年（1594），大学士张浚元等延请圆澄（湛然）禅师重建寺于玉笥山前，开法云门显圣寺，法席大盛。
