福建中医药大学附属厦门第三医院是岛外一所集医疗、教学、科研、预防保健为一体的大型三级乙等综合性医院、国家级爱婴医院、“省级文明医院”、福建医科大学、福建中医药大学临床教学医院、福建省临床住院医师规范化培训基地、于金明院士平台协助医院。
医院编制床位1000张，占地面积140亩，建筑面积12.8万平方米，内设13个党政后勤管理机构，38个业务科室。医院的妇产科、神经外科、骨科、普外科、神经内科、呼吸内科等优势学科快速发展，开展无痛胃镜、无痛分娩，创建无痛医院，减轻患者病痛。医院紧跟医学前沿技术，在高新技术治疗方面达到较高水平，微创治疗已常规开展。
医院现有职工1527人，其中高级职称226人，中级职称450人，博士、硕士研究生102人。
医院拥有德国西门子3.0T超导核磁共振机、64排螺旋CT 、西门子数字血管造影机（DSA）、1000毫安数字胃肠机、数字DR拍片机、体外循环机、直线加速器等一批先进设备，以及百级净化手术室和国内一流抢救技术水平的ICU重症监护室。
