厦门医学院附属第二医院（厦门市第二医院）前身为创办于1898年的鼓浪屿教会医院，2003年底根据市委市政府统一部署迁至集美区，承担着辖区及周边100余万群众的医疗、预防、保健、康复服务以及急重危难患者的诊治、区域内各种突发事件的紧急医学救治以及落实医改分级诊疗任务等。2015年成功晋级三级甲等综合性医院，2017年成为厦门医学院的直属附属医院，现已成为是厦门岛外的一所集医疗、教学、科研、急救为一体的三级甲等综合性公立医院。
医院占地面积6.6万平方米，总建筑面积为12.1万平方米；编制床位1300张，目前实际开放1150张。2018年，医院门急诊107万人次，出院病人3.8万人次，手术例次1.8万人次（含各类无痛技术操作），血液透析3.3万人次，支气管镜介入诊疗业务6500人次，消化内镜介入诊疗业务1.8万人次。
医院设有36个临床科室和11个医技辅助科室。医院以“大专科，小综合”为发展思路，以呼吸内科、肾内科、心血管内科、心胸外科、妇科腔镜、肿瘤放射诊断为重点。其中呼吸介入诊疗是呼吸内科的优势，拥有国内一流的技术及设备，在全省首先行硬质支气管镜下硅酮支架植入，并广泛开展硬质气管镜下的诊断与治疗，在经软质支气管镜及硬质气管镜下置入支架等治疗技术方面达国际先进水平，年呼吸内镜检查/治疗6500千余例；肾内科血透室是厦门市设备最先进、规模最大、技术力量最雄厚的血液净化室(面积近3千平方米，血透机位103个)。
医院拥有市级医学中心1个（厦门市呼吸疾病诊治中心），6个市级规划重点专科（妇科腔镜专科、慢性肾病诊疗专科、泌尿结石诊疗专科、职业病中毒救治专科、脑卒中预警综合诊治专科、肿瘤放射诊断专科），2个市级优势亚专科（支气管镜和介入治疗专业，血液透析专业），1个厦门市名医工作室（陈荣昌名医工作室）。
全院职工1411人，其中医生402人，护士599，博士研究生17人、硕士研究生235人，硕士研究生导师6人，高级专业技术职称192人，中级专业技术职称305人。
医院设备设施齐全，拥有3.0T医用核磁共振成像设备（MRI)、128排螺旋CT、医用电子直线加速器（LA）、光子发射型电子计算机断层扫描仪（SPECT）、大孔径CT模拟定位机、800毫安以上数字减影血管造影X线机（DSA）、全数字化乳腺X线机、数字DR拍片机、钬激光、体外冲击波碎石机、全自动生化分析仪、高档超声彩色多普勒诊断仪、各种腔镜、支气管镜、进口血透机等先进医疗设备，总价值超4亿元。
