“碧云净院原名三王庙”位于浦东张江镇环东村三灶镇的万安桥东首，是浦东地区迄今所存的最古老佛教道场。此地域在唐天宝十年起属“松江府”华亭县，元代至元年设上海县，归上海县，清雍正四年（1726年）设南汇县，该地域行政区划为“南汇县长人乡十七保十二图”。据清代南汇县志记载：“该庙为元代至正年间（1341-1367年）推官（元、明时典狱官名）‘临淄郡侯’陈明之妻奚氏所建之家庙，别有一王庙、二王庙在西南汇县境，均未详所祀何神”。在元代“至正年”时与附近的“普净禅院”（即大圣寺）共有僧尼近二十人，终日香火不断，乡里信佛民众甚广，每逢农历节日，四乡八里前往进香的善男信女络绎不绝，成为一方名刹。
延至二百多年后的明代嘉靖33年（1554年），倭寇侵扰江浙沿海，“碧云净院”毁于兵火。幸有善人蔡士安的努力，保存了佛像、修缮佛殿、又筑一楹以供“观音大士”像。碧云净院虽得以饬整，但难与昔日相比。明万历二十七年（1599年），道人康性敏渡海朝觐普陀山观音大士后，感慨不忍碧云净院之萧索冷落，遂与士人张元珣、张延宪、奚君、蔡士安之孙等集议重修碧云净院。在众信徒的资助下，在“性敏”的一手操持下，费尽心机、历尽万难，经二年辛苦努力，于万历二十九年（1601年）终于落成。重修后的碧云净院共有三殿，“金碧辉煌、玄关肇启、梵音朗朗、达于丙夜。”可见当庙宇的壮观、佛事勤从、信众至诚、香火旺盛。
又经二百多年后的清代同治年间，太平天国“东征军”进军浦东，由于太平军宗教信仰上的敌视，“碧云净院”复遭劫难，毁坏夷遗。清光绪二十五年（1899年），里人顾荣蕊与“住持”重修庙之东半埭，顾泰山与郭文彪合资建造西厢。信众们又捐助耕田二十四亩作“庙田”，以供僧尼之“耕食”。碧云净院得以延续。
解放后的1951年，政府为发展教育事业，借庙兴学，在碧云净院内办起了“三灶小学”。1958年“大跃进”年代，尼姑还俗，宗教活动基本停止。1966年在文化大革命“破四旧”的热潮中，佛像全数被捣毁，庙产归学校所有，“碧云净院”不复存。到了粉碎“四人帮”以后的年代，可叹“碧云净院”，这六百多年的佛教文化古迹，只存下一栋破旧的后殿，还有那四只“石础”与一块残碑，淹没在荒草之中。
1999年，浦东新区宗教办落实宗教政策，开放碧云净院作为宗教活动场所，并委派原上海慈修庵知客克莲法师主持碧云净院的修复和日常工作。虽然旅美侨胞顾雪英女士捐助建造了“雪英小学”后，“三灶小学”得以迁出，但面对如此残存破陋不堪的庙舍，一无资金，二是人生地不熟，加上执迷之人的作难与毁谤，重修碧云净院困难重重。克莲法师不畏艰难，本着“庄严国土、利乐有情、法轮常转、正法久住”的宗旨，白手起家，为“修殿安僧”四处奔波。她尊承“佛教法仪”进行宗教活动，深得八方“正信佛教”信众的拥护支持。当地的实业家瞿建国先生为抢救这六百多年的佛教文化古迹，不但他与他的“建国慈善基金会”乐助二十余万元人民币，还“劝募”其好友仰融先生乐助人民币二百万元。顾雪英女士也乐助五万元人民币。在“八方信众”的乐助下，开始了修复碧云净院古寺的工程。2001年12月23日，碧云净院主体建筑“大雄宝殿”落成，两侧二层厢房也相继完工了一层。（西厢是原新康村“仁寿庵”俗称“徐家庙”的动迁款建造，内供“仁寿庵”移来的佛像）。2004年底，山门及天王殿在周金存先生垫资建造下落成，2005年两侧厢房的第二层建筑也告完工。所有佛像，从2001年起至2005年陆续请装完善。并于同年12月26日庄严而隆重的举行了殿堂落成暨全堂佛像开光大典。
重修的碧云净院，香烟缭绕，香客往来不绝，晨钟暮鼓，巍巍壮观，彰显佛法庄严，每当周末还有大批的居士来院共修。这浦东地区最古老的佛教文化遗迹，如“凤凰涅盘”，重现新的活力。此乃是克莲法师与广大信众的无量功德。碧云净院虽然建在郊区出家人的生活很清贫，但是克莲法师常常教诲弟子：“虽度日有难兮，然修道之心不可息也，修道因财乎？为苍生也！”。
