云居寺两侧有配殿和帝王行宫、僧房，并有南北两塔对峙；寺院坐西朝东，环山面水，形制宏伟，享有“北方巨刹”的盛誉。1942年云居寺被日军炮火夷为废墟。1985年成立云居寺修复绿化委员会，进行了一期修复工程和周边绿化。1998年后，进行了石经回藏及二期修复工程。目前，云居寺已恢复了昔日的庄严。
云居寺是佛教经籍荟萃之地，寺内珍藏着石经、纸经、木版经号称“三绝”。“石刻佛教大藏经”始刻于隋大业年间（605年），僧人静琬等为维护正法刻经于石。刻经事业历经隋、唐、辽、金、元、明、六个朝代，绵延1039年，镌刻佛经1122部、3572卷、14278块。象这样大规模刊刻，历史这样长久，确是世界文化史上罕见的壮举，堪与文明寰宇的万里长城、京杭大运河相媲美，是世上稀有而珍贵的文化遗产。被誉为“北京的敦煌”、“世界之最”。
房山石经是中国现存规模较大的“石刻佛教大藏经”。这部石经始刻于公元605年，创始人为隋末高僧静琬。刻经事业历经隋、唐、辽、金、元、明六个朝代，绵延1039年。现发现完整的大小经版共14278块，计佛经1122部、3572卷，镌字总量达3500多万字。房山石经分两地保存，有4196块存放在石经山九个藏经洞内，有10082块存放在石经地宫中。房山石经是中华民族的文化瑰宝，是极其珍贵的世界文化遗产，具有极高的学术价值、文化价值和历史价值。享有“国之重宝”、“石经长城”的美誉。
云居寺的佛祖舍利于1981年11月27日出土，在石经山雷音洞的拜石下，发现长、宽、深各二尺左右的石穴和一套汉白玉雕成的石函。大石函内是一个青石函，青石函函盖有静琬题刻，青色函内是第三层精细的汉白玉函。其内是第四套小银函，后是第五套极小的玉函，精美的原料，精细的雕刻，在小玉函内发现了释迦牟尼佛舍利两颗，当时引起了很大的轰动。这两颗佛舍利与陕西法门寺的佛指舍利，八大处二处的佛骨舍利并称为“海内三宝”。
《嘉庆御碑》是清代嘉庆皇帝两次来云居寺所题的瞻礼词，所以又称《御笔龙碑》这块碑刻为卧龙碑，碑底为须弥座，束腰上下，雕刻有精美的云卷纹攀枝花，正面四周雕刻有六对对称的蟠龙，栩栩如生，做工考究，顶上刻有海水江牙，碑阴、碑阳两面均刻有嘉庆皇帝的御制诗。碑阳的诗为嘉庆皇帝在嘉庆十四年第一次来云居寺时写下的《瞻礼二十韵》。碑阴的诗瞻礼词为嘉庆皇帝在嘉庆十八年留下的《再游云居寺》。诗文描述了云居寺的圣境美景，赞云居寺为佛教圣地。1983年胡耀邦总书记来云居寺视察，他站在嘉庆御碑前，看《云居寺瞻礼二十韵》，当读到“信马陟坡陀，回首林烟漠”诗句时，不禁回头观望，映入眼帘的是断垣残壁和光秃秃的远山，于是提出了要再现云居寺“回首林烟漠”的号召。总书记一声令下，1985年云居寺修复绿化委员会成立，首都北京举全市之力，掀起了云居寺修复绿化和植树造林的高潮。这才有了今天云居寺的庄严景象。嘉庆皇帝留下的这句诗对云居寺修复绿化发挥了独特的历史作用。
云居寺标志建筑物北塔，34.2米，砖瓦结构，建于辽代，塔刹及塔身由相轮、覆钵、楼阁式构成钟、鼓、楼形外观，塔基是八角形须弥座，在束腰周围雕有表现辽代乐舞人等，反映出了辽代文化遗风，为研究辽代音乐，舞蹈等文化艺术提供了实物资料。在北塔下部的八面基座 上一共镶嵌了176块佛像砖，佛像砖上，每一块都有“诸法因缘生，我说是因缘，因缘尽故灭，我作如是说”的偈语。
北塔北侧的三座古塔，自北向南分别是圆通、了尘、云光师徒两代，三位云居寺清代主持的墓塔，所以又称三公塔。三座墓塔的建筑风格属于喇嘛塔，每座塔身上均有塔铭，塔铭记载了，三位主持在清代对云居寺的修复工作做出的卓越贡献，后人为了纪念他们的功德，建了三座墓塔。
《龙藏》木板经刻于清朝雍正十一年（1733）至乾隆三年（1738）。共有718函，1662部，7160卷，79000余块，全部经板总重量达到 400吨，是中国木版经书之最。木版经的材质都是选用上好的梨木雕刻而成，刻工精细、字体工整劲秀，佛像和版面达到精美结合，即生动又美观。这套经版，集佛教传入中国1700年译著之大成，对研究佛学、哲学、历史、科学、艺术等具有很高的价值。它不仅是中国珍贵的文物而且在世界佛教史上也占有重要的地位。在木经中，有一块以佛祖释迦牟尼为弟子们讲经说法的宏大场面为内容的佛画雕板，名为“海绘图”。佛画雕工细腻，线条飘逸，细如发丝，佛、菩萨、罗汉、飞天等共76个形象，各个栩栩如生，极其难能可贵，堪称艺术绝品。
天桥乘917路公共汽车十渡支线云居寺站下车
北京西站乘6437次列车云居寺站下车
1、由京石高速琉璃河出口-琉璃河-岳李路-房易庄-云居寺路-云居寺
2、京石高速房山出口至房山-京周路-周口店-房易路-云居寺路-云居寺
1974年，房山区政府建立云居寺文管所。
1987年10月，云居寺作为社会历史类专题遗址博物馆对国内外游人开放。
1988年，扩编成云居寺文物管理处，为全民所有制事业单位。
1995年，正式注册登记为云居寺石经陈列馆。
2019年，“中华文化奇迹——北京房山云居寺历史文化展”在故宫太和门东侧崇楼开幕。
