蓬莱，古登州治所所在地。自古以来，蓬莱就是古代中国北方对外交往的重要港口，是连接东方海上丝绸之路的重要枢纽。随着蓬莱军事地位的日渐突出，明朝政府在原来刀鱼寨的基础上建造了备倭城，后来扩建成为水城，水城成为我国现存唯一完整的古代海防要塞建筑。作为蓬莱水城的重要组成部分，小海在1984年和2005年进行了两次大规模清淤，共发掘出了4条古船，既有战船，又有货船，既有中国船，又有韩国船，另外还有铁锚、缆绳、炮弹、残铁剑、货币、陶瓷器等大量文物，这对研究中国古代航海史、造船史、军事史以及登州古港在中国古代海上丝绸之路和海防中的地位和作用都具有重大和深远的意义。为了对古船和其他出土文物进行展示、保护和研究，根据2005年10月“蓬莱水城小海古船保护讨论会”专家的意见，决定在发掘古船遗址上建设蓬莱古船博物馆。
蓬莱古船博物馆总投资1亿元，2008年7月破土动工。古船馆整体建筑是由中国建筑设计研究院的总设计师崔恺设计，总建筑面积7276平方米。古船馆的设计结合古船展示和保护的特点，将博物馆主体基本埋与地下，地面仅保留绿坡和古船台展示场，并根据历史文献和考古发掘复建城墙和部分古建筑，从而保持了水城风貌的历史真实性和完整性。屋面复原的三艘古船展示台为游客提供一个真实体验和了解古船的场所。根据考古研究复原的三艘古船，营造出战船停泊在海湾的景象。整体建筑2009年4月30日竣工，2012年5月18日正式对外开放。
蓬莱古船博物馆在建设中注重与蓬莱水城环境相结合，着重发掘蓬莱港口文化的深厚底蕴，建筑外部形式与水城明代古军港风貌相协调，建筑外环境紧扣古港、古船主题，使古船博物馆真正融入蓬莱水城的大环境，有助于观众充分了解古船与登州的关系，登州在中国古代海上丝绸之路的作用，以及出土古船在中国造船及航海史上的地位和作用。古船馆展示区分昔日回眸、瑰宝再现、船业史话、互动体验和室外展示区等四个部分。
“出土古船”是古船馆的核心展示内容，为了让观众更好地了解出土古船的背景、意义以及与古登州港的关系，“古登州港”和“船业史话”是出土古船的两个重要的背景展示。其中，“古登州港”帮助观众了解出土古船与登州的关系，特别是登州在中国古代海上丝绸之路和海防中的地位和作用。“船业史话”帮助观众了解中国古代造船技术的发展、主要船型等。
古船馆展陈运用了雕塑、壁画、模型、沙盘、大型幻影成像、场景复原、古船线条勾勒、发掘遗址展示等多种艺术手段及声、光、电、多媒体互动等现代化手段，用动态的影像营造活的历史，主要突出“登州古港”和“蓬莱古船”两大主题。
步入馆内，一架栈桥穿越古船遗迹展示区。从桥上俯瞰，古船的整体形象尽收眼底。类似于甲板的栈道上，三块青铜卧地浮雕点明了古船馆所要表现的三大主题“船、港、城”。栈道尽头的大型影片展示了登州古港各个历史时期的重大事件，带领观众经历一段古港变迁的历史旅程。
第一部分昔日回眸以展示登州港历史文化为主题，以朝代顺序为主线，宋代以前主要从海上丝绸之路的角度展示登州港在中、日、朝之间的贸易文化交流；明代以后主要从海防角度展示登州港在我国海防中的地位和作用，兼及海上漕运。以大型幻影成像手段，通过虚实结合的形式鲜活生动的表现唐代登州古港“日出千杆旗，日落万盏灯”、舟船飞梭、商贾云集的繁荣景象。唐代登州街景实景复原，通过建筑复原、形形色色的人物塑像、艺术画面延伸现结合，将唐代登州著名的人物典故、事件融入其中，辅以场景道具、音效等手段，使观众仿若穿越时空，真正置身其中去感受和聆听古港的繁荣与昌盛。
第二部分瑰宝再现。出土古船是蓬莱古船博物馆的灵魂，它们的发现为我国古船研究增添了新的重要资料，具有重大史料价值，本展厅主要展示蓬莱出土的四条元明时期的古船及出土文物，通过剖析式古船展示，让观众在观看古船时，除了有感于它们的沧桑和壮观外，进而了解它们的技术特点和历史故事。一号古船被微微托起，辅以金属线框勾勒出古船残骸之外的轮廓，通过木质与金属材质的反差，营造强烈的视觉效果，给观众震撼的感觉。二、三号古船放置在出土发掘的地方，以还原发掘现场的展示手法让观众切身体会到二、三号古船出土时的沧桑模样，激发观众去探索古船原有的形态、技术以及它们身后的迷人身世。各种构件模型、视频投影、微缩造船场景向观众展示介绍古代传统造船的工艺流程及技术特点。
多媒体互动区主要结合中国古代传统航海技术设计了多人抢答、竞技划桨、海底抓宝、登桅观星、海上搏击、打水手结等互动项目，让观众参与动手操作，从而体验与学习古代航海技术和知识。
古船馆展出文物900多件，出土的四艘古船是展示的核心内容。1984年出土的1号古船，属明代战船，船总长32.2米，宽6米，船身修长，是我国已出土古船中最长的一艘；蓬莱1号、2号古船所采用的水密舱技术、舱壁周边肋骨、构件连接方式、龙骨补强材、桅座等，反映了中国古代先进的造船技术；蓬莱3号古船船底板用长槊穿连、外板用皮槊钉接、上角型搭接的鱼鳞式外板、平底和平面船首船尾、向后倾倒的船尾，具有韩国古船的典型特征；而其舱壁结构、龙骨补强材、铁钉与木钉并用、设置桅座等又具有中国造船技术，这反映中韩古代造船技术的交流。馆内陈列的紫檀木舵杆、黄花梨造船木、木锚、云龙纹白釉罐、宋耀州窑刻牡丹纹执壶、碗口炮、千佛缸等都是国家珍贵文物，这对研究我国古代军港、古代造船技术和对外贸易具有十分重要的价值。
蓬莱古船的出土，也为更好的研究中国古代造船史、古登州港史提供了史证和资料。以蓬莱古船、登州港为主题的国际学术研讨会屡次召开，与此相关的学术论文、专著不断发表和出版。1987年10月“蓬莱古船与登古港学术讨论会”在蓬莱召开，来自全国各地的造船、航海、中外交通史等方面的专家学者，对1号船的用途、年代及复原进行了深入的研究和探索，与会论文集结并出版《蓬莱古船与登州古港》。2005年蓬莱二号、三号、四号古船出土后，2006年8月来自荷兰代尔夫特科技大学、日本神户商船大学、韩国海洋大学、韩国全南木浦市国立海事遗物展示馆、澳门海事博物馆、葡萄牙考古研究所、香港海事博物馆、台湾成功大学及国内上海交通大学、中国博物馆水下考古研究中心、武汉理工大学等50多家国内外权威古船科研机构的100多名专家学者，齐聚蓬莱围绕军事、港口、海防、海运、古船保护等多学科、多领域进行了研讨，这是国内参加人数最多、档次最高、范围最广的一次古船学术研讨会，会上44篇精品论文被收录入《蓬莱古船国际学术研讨会论文集》并出版。此外，《蓬莱古船》、《登州港与海上丝绸之路》、《登州港与中韩交流国际学术研讨会论文集》、《山东半岛与海上丝绸之路》、《朝鲜使节咏山东集录》等都是蓬莱古船、登州港与海上丝绸之路研究的重要成果。
2012年5月18日，蓬莱古船博物馆建成开放之际，举行海上丝绸之路与蓬莱古船·登州港国际学术研讨会，来自国内、韩国、日本研究海丝、海洋文化、海交史、古港史、古船史的三十余名顶尖学者，围绕海上丝绸之路、蓬莱古船、登州港以及中外航海文化交流等进行深入研讨，会议共提交论文五十余篇，其中35篇精品论文集结后出版了《海上丝绸之路与蓬莱古船·登州港国际学术研讨会论文集》。
蓬莱古船博物馆是一座以古登州港及其出土古船为主题，集收藏、研究、展示、旅游、教育为一体的多功能的专业性博物馆，强调科普性、知识性、教育性、休闲娱乐性。另外，在四艘古船的发掘遗址上新建古船馆，营造出古船出土的真实场景，又是国内遗址博物馆的代表。蓬莱古船博物馆将会更好的发挥科普和教育功能，普及文物考古知识、讲解古航运文化，宣传文化遗产保护理念，为我国的文物保护和利用做出更大的贡献。
