厦门市博物馆于1983年筹建，1988年正式对外开放，旧馆原址位于鼓浪屿的八卦楼。
2006年6月，经中共厦门市委机构编制委员会批准，将厦门市郑成功纪念馆、厦门市文化遗产保护中心并入厦门市博物馆，如今的厦门市博物馆由厦门博物馆主馆、郑成功纪念馆、厦门经济特区纪念馆、厦门市文化遗产保护中心、思明破狱斗争陈列馆、陈化成纪念馆、陈胜元故居七个部分组成，为全民所有制事业单位，隶属厦门市文化局管理，是一座地方综合性博物馆。
2007年新馆迁至位于厦门市思明区体育路95号的厦门文化艺术中心，新馆建筑面积25300平方米，展厅面积9597平方米，库房面积2800平方米，新馆较之旧馆建筑面积扩大6倍。
厦门市博物馆还致力于闽台两岸及传世珍贵文物的收藏、保护、研究、陈列，利用博物馆直观的展品，宣传文物政策，普及文物知识，弘扬中华民族的传统文化，进行爱国主义教育。
2018年9月，经中国博物馆协会决定同意厦门市博物馆为国家二级博物馆。
1983年，厦门市博物馆于开始筹建。
1988年月5月5日，厦门市博物馆正式开馆，展出《厦门历史》、《特区建设》、《友好往来》、《馆藏玉器》四个陈列，其中《厦门历史》为基本陈列。
2006年6月27日，郑成功纪念馆、厦门市文化遗产保护中心正式并入厦门市博物馆。
2007年，厦门市博物馆迁至厦门文化艺术中心。 =
厦门市博物馆主场馆：展厅面积9597平方米，已有“厦门历史陈列”、“闽台古石雕大观”、“闽台民俗陈列”和“馆藏文物精品展”正式对外开放。（厦门市思明区体育路95号）
厦门郑成功纪念馆：建于1962年，是为纪念民族英雄郑成功收复台湾300周年而建立的。该馆位于鼓浪屿日光岩北麓，陈列主楼为鼓浪屿历史风貌建筑，是一个融展厅、历史遗址、郑成功史料收藏研究中心为一体的爱国主义教育场所。（厦门市鼓浪屿永春路73号）
厦门经济特区纪念馆：为纪念改革开放30周年和厦门经济特区建设27周年而设立的历史专题纪念馆。它位于厦门经济特区发祥地湖里，由原厦门经济特区管委会综合办公楼（后为湖里区政府办公楼）改建而成，总占地面积5000平方米，建筑面积6000平方米，于2008年12月正式对外开放。（厦门市湖里区兴隆路23号）
厦门破狱斗争旧址：又称厦门5.25破狱斗争旧址，原为清代厦防同知署监狱。监狱始建于清乾隆三十年（1765年），2004年旧址由厦门市博物馆负责管理，2006年6月，旧址被国务院公布为全国文物保护单位。（厦门市思明区思明南路453号）
陈胜元故居：原位于厦门市思明区溪岸街，2001年发现并列入厦门市第一批涉台文物古迹。同年，因经旧城改造需要，经市政府决定，在湖里殿前村按历史原貌重建，占地面积1298平方米，建筑面积342平方米。（厦门市湖里区殿前六路）
陈公祠：1850年陈公祠落成，占地面积188平方米。1962年1月被列入厦门市第一批市级文保单位。1989年及1999年两次重修。陈公祠现成为爱国主义教育基地。（厦门市思明区公园西路15号）
厦门文化遗产保护中心：该中心成立于2004年11月。前身是厦门文物鉴定组，其主要任务是：承担全市文物调查、考古勘探工作；承担馆藏文物、民间收藏文物和涉案文物的鉴定；承担厦门古建筑及近现代优秀建筑的保护和研究；承担馆藏文物的科学保护与研究。（厦门市思明区公园南路2号）
厦门历史陈列：采用以时间为主线，以专题为主要内容的陈列方式，通过文物、图片、场景、绘画、模型等形象，结合电脑触摸屏、电视以及其他声、光、电现代科技手段对厦门的历史进行展示。本陈列分七大部分，即序厅、历史人物长廊、史前文化与文明初现，汉人南拓与社会发展、海防重镇与复台基地、贸易港口与城市发展、志士仁人与英勇篇章。2009年获福建省十大精品陈列奖品。
闽台民俗陈列：以年复一年、周而复始的岁时节俗为干线，贯串闽南的人生礼仪（婚、丧、生、冠、祭）、衣食住行、耕作渔获、商旅经贸、艺阵、信仰等习俗，展示闽南文化。展览共分五大部分：序厅、春、夏、秋、冬。
闽台古石雕大观：分为石雕长廊和石雕广场两个展区。石雕长廊（即室内展区）按展品功能划分为建筑石雕、宗教信仰、祖先崇拜三个部分；石雕广场（即室外展区）则根据展品的内涵，以园林造景的方式将展品进行组合，以石雕大观园的形式将其展示。
馆藏文物精品陈列：聚集了厦门市博物馆艺术观赏价值、富有闽南文化特色、体现中华民族历史文化风格的艺术精品。根据文物的质地与类别，展览分为“抟泥幻化”、“玉润华光”、“翰墨飘香”、“金辉银韵”四个单元，展出珍贵文物216件（套），包括厦博历年收藏的德化白瓷珍品、清宫旧藏玉器、闽籍书画家的艺术作品等。
郑成功史迹陈列：厦门郑成功纪念馆的基本陈列，陈列面积1500平方米，除序言厅和尾厅外，设置了海上世家、抗清与海上贸易、收复台湾、开发台湾4个展区，通过各种文物、文献、照片、图表、绘画、雕塑、场景组合，介绍了民族英雄郑成功抗清和驱逐荷兰殖民者收复台湾的历史。
辉煌岁月——厦门经济特区建设历史陈列：厦门经济特区纪念馆的基本陈列，它以大量珍贵的历史图片和史料实物，结合场景、模型制作和多媒体声光技术，向人们展示了厦门经济特区建设以来的变化和取得的成就。该陈列以特区初创和邓小平、江泽民和胡锦涛三代党的领导人先后视察厦门经济特区为标志，共分为四大部分。
鸦片战争与厦门历史陈列：陈胜元故居的基本陈列，每逢周三至周日，对外免费开放。该陈列根据时间的顺序，展示了鸦片战争中厦门地区史实的史料和实物，共展出图片120张左右，实物20余件，旧式家具5件。
陈化成史迹陈列：陈公祠的基本陈列，以图片资料和文字说明向人们讲述了民族英雄陈化成一生的英勇事迹，再现了当年中国百姓倍受鸦片毒害的情景、陈化成亲率水师驱逐和清剿鸦片的战绩以及鸦片战争的场景和陈化成殉国前后的场面。
厦门破狱斗争旧址陈列：厦门破狱斗争旧址的基本陈列。它分为三个部分，第一部分陈列了反映真人、真事、真地点的图片和文字资料，展厅内还有一台电视机，用于播放电影《小城春秋》中与破狱斗争事件相关的剪辑片断；第二部分陈列了复原的刑具，在一间间“审讯室”内有用玻璃钢制成的警察和烈士形象及老虎凳、木马椅等“刑具”；第三部分是监狱实景区，基本恢复了当时的牢房，牢房正对面的墙上还有图文结合的浮雕《小城故事》。
厦门市博物馆有馆藏文物近两万件。有历代陶瓷器、书画、典籍与契约文书、玉器、铜器、木雕、石雕、民俗文物、国际友谊礼品等，已经鉴定的三级文以上文物约2000件（截止2014年3月）。
办公室：负责协助馆领导处理日常工作和组织协调业务工作及机构设置和编制等。
陈列展览交流部：负责规划博物馆陈列展览，做好年度陈列展览计划及负责全馆的陈列布展工作等。
宣教部：负责观众接待、讲解和陈列展览的宣传推介工作及观众组织联络工作，分析观众动态，搜集并反馈意见和建议等。
保管与保护部：负责科学的管理、保护、整理、研究和对外提供服务。
文物鉴定与征集部：负责协助和配合海关、公安、工商等行政执法部门对出入关拟定文物、涉案文物进行鉴定，出具文物鉴定证书等。
考古与研究部：从事考古的调查、发掘和研究工作，摸清厦门历史文化遗产的家底，特别是要积极开展配合建设的考古抢救发掘和文物保护工作等。
厦门市博物馆单独或与外单位出版了《厦门博物馆建馆十周年成果文集》、《闽南古陶瓷研究》、《厦门市博物馆藏品集粹》、《书·香·茶·花——两岸文物精品展》、《闽南民俗过台湾——文物述说两岸风情》、《暮色余辉——故宫博物院藏慈禧时期瓷器精品》等著作。
郑成功纪念馆出版了《厦门郑成功纪念馆》、《郑成功文物史迹》、《郑成功族谱三种》、《郑成功收复台湾》、《海上见闻录定本》、《郑成功纪念馆馆藏书画作品选》等。
厦门经济特区纪念馆和湖里区政协文史资料委员会合编《厦门经济特区图文史料》（内部资料）。
厦门文化遗产保护中心出版了《厦门历史建筑》等。该馆专家单独或合作出版了《鼓浪屿建筑艺术丛谈》、《到鼓浪屿去看老别墅》、《厦门风物》、《厦门碑铭》、《厦门方志》、《青铜器鉴定概论》，《中国厦门》（英文版）、《厦门典藏契约文书》、《漳州窑素三彩瓷》、《厦门窑》、《莆田窑》、《厦门城》、《厦门古代建筑》、《厦门城寨沧桑》、《思明监狱的红色记忆》、《中国东南民间信仰的土著性》、《凝固的乐章——集美特色侨房集萃》、《珠光青瓷、德化白瓷、克拉克瓷》、《台海遗珍》等著作。
厦门市博物馆推出闽台墨宝交流展，已先后在吐鲁番、昌吉、宁波、石家庄、廊坊、东莞、南昌等地展出。
2012年厦门市博物馆开展了每月一讲的学术讲座。
每周二至周日9:00—16:30（16:00停止入馆）。每周一（逢国家法定节假日除外）及除夕全天闭馆。该馆遇重大活动或重要设备设施维修保养时，可根据需要关闭个别展馆或临时闭馆。
乘坐24路、25路、101路、116路、780路、845路、846路、954路至“文化艺术中心站”下。
