该馆设于马尾港昭忠祠内，傍依中法马江海战烈士陵园。祠建于光绪十一年(1885年)，有门廊、戏台、享堂，内祀中法马江海战烈士灵位牌。祠建筑面积1000平方米，池沼、墓园1500平方米。1949年福建省军区教导队接管祠堂。1962年部队迁出，福州市文物管理委员会接管并修复昭忠祠，对外开放。“文化大革命”中，祠被作为制鞋工厂。陵园被用作水泥预制件工场。1973年建设马尾港后，昭忠祠及墓均被淹没一米左右。1984年由福州文物管理委员会再次收回昭忠祠及马江海战烈士墓园，集中力量修复，公布为福建省级文物保护单位，并辟为马江海战纪念馆。举办中法马江海战专题陈列，展出海战有关文物130件，挂图、图表、照片197幅。观众在参观完陈列后可瞻仰烈士陵园。
马江海战纪念馆又名昭忠祠，1996年列为全国重点文物保护单位。位于福州城东17公里处马尾区马限山东 南麓，建筑面积 3000多平方米。为纪念
1884年中法马江海战阵亡官兵，1886年12月建成昭忠祠。1984年重修，辟为此馆。陈列分两大部分：以文物、照片 、模型等反映福建船政局的兴衰史；以烈士遗物、碑石 、图片 等再现中法马江海战的悲壮情景。馆西为烈士冢，馆与冢之间的鱼塘旁新建追思亭，山上有古炮台。1991年被列为青少年德育基地。
晚清时期，洋务运动在中国兴起，闽浙总督左宗棠奏准在马尾兴办船政，原江西总督沈葆桢为首任船政大臣。中国第一艘千吨级轮船（万年清号）、中国第一艘钢质军舰（平远号），中国第一架水上飞机，中国近代第一支军舰队均出于此。船政学堂是中国近代较早的军事学校。船政学堂培育了严复 、邓世昌 、詹天佑等一大批英才，中国近代海军五分之三的军官出自马尾。
1884年8月23日，法国侵华舰队突袭福建水师，挑起中法马江海战。由于清政府妥协求和，不敢抵抗，使福建水师仓促应战，796名官兵阵亡，福建水师全军覆没。牺牲的福建水师官兵被安葬于马限山麓，1920年，由海军界和船政学校校友从京、沪、榕等地募捐经费，建立马江昭忠祠，1983年成立马江海战纪念馆。在马尾有关福建船政的古迹遗址众多，保存较完整的有船政轮机厂、绘事院、钟楼、一号船坞、昭忠祠等。马江海战纪念馆和船政轮建筑群均被列为全国重点文物保护单位。
由于清政府软弱，使得福建水师仓促应战，官兵 796人牺牲，打捞烈士 400多具遗体 ，分 9冢安葬于马限山麓。同年12月，奉旨在墓畔建造昭忠祠。民国9年，海军总长刘冠雄认为祠墓过于简陋，委托福州船政局陈兆锵向京、沪等地募款2.3万多元进行扩建，并将原葬在马尾造船厂石船坞旁的一批烈士遗骨也迁入，与原有的9坟合为1冢，墓前置“光绪十年七月初三日马江诸战士埋骨处”碑石。马江昭忠祠广27.6米、深24.6米，五楹并列，红墙绿瓦。祠正中置796位烈士神主牌，梁上高挂一方“碧血千秋”金字匾额，为萨镇冰题、沈觐寿书。两侧壁上各镶嵌3块铭刻烈士姓名、职务的碑石，两边回廓分立昭忠祠碑和记叙烈士业绩的碑刻。厅中陈列有马尾港地形沙盘，西厢及廓庑陈列大炮、炮弹及烈士遗物、遗嘱等。从边门出祠西，有口池塘，池畔建有一座双层楼阁，沿池畔石径行约100米，即到达墓台。台高约1米，环台三面各设一座5层台阶，台正中有一座圆顶雕花四柱的石碑亭。墓宽约34米，深7.5米，墓前置华表副，骏马一对。昭忠祠后山岩悬壁上有三处摩崖题刻：一是“蒋山青处”，取于萨都刺的诗句，意寓烈士与青山长存；一是“仰止”，取自“高山仰止”，表示对殉身的将士的崇敬；一是“铁石同心”，歌颂烈士忠贞品节。墓西有一登山古道，拾级而上，便是马限山炮台遗址。 两年后，墓东建“昭忠神祠”，1920年重建墓园，合9冢为一丘，并成立了马江海战纪念馆。
