杭州马寅初故居建于清末民国初，系三层砖木结构楼房，总占地面积为461平方米，原属马星竹所有，1936年马寅初购买并居住。1951年5月，马寅初被任命为北京大学校长，离杭赴京。之后，此楼房使用者屡有更换，1993年始由浙江省文史研究馆使用。2000年7月省委办公厅在浙委办发[2000]34号文件中向中共中央办公厅、国务院办公厅提请由浙江省马寅初人口福利基金会在马寅初故居建马寅初纪念馆。同年10月中共中央办公厅秘书局、国务院办公厅秘书局复函同意建立马寅初纪念馆。
2003年，浙江省马寅初人口福利基金会开始修缮整理原故居，并筹建马寅初纪念馆，2004年9月，马寅初纪念馆正式向社会公众免费开放。修缮后的杭州故居基本保持了原貌，现一楼和二楼辟为展厅，并恢复了马寅初的书房和卧室。馆内展出马寅初各个时期的照片、史料、著作及手迹，分“负笈西洋”“民族卫士”“共商国是”“一代宗师”“人口宏论”“坚持真理”“光耀人间”等10个专题，展示马寅初百年绚丽人生。展厅陈列的书桌、书柜、台灯、高凳和躺椅、轮椅及陈列的衣帽等等，均为马寅初生前使用的原物。
马寅初杭州故居于2000年7月列为杭州市文物保护单位，2005年3月列为浙江省文物保护单位。2006年5月，被国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。
在筹建和管理过程中均得到省委省政府及有关部门的支持和帮助，有一个健全负责的领导班子，聘任首届中华人口奖获得者徐爱光为馆长，并配备专职副馆长，建有理事会，领导班子健全。纪念馆有一套完整的管理制度，做到常年免费开放，无馆休日，并招聘数名素质较高的讲解员。马寅初纪念馆已成为具有鲜明时代特征、丰富人文内涵的爱国主义教育基地、科学精神的传播基地和青少年社会实践基地。
竹屋杭州共三层，是一幢不规则中西式砖木结构花园别墅，造型独特，结构精致。三楼阳台正南墙上方镌刻着“竹屋”二字，故此幢小楼亦称“竹屋”。竹屋是马寅初于1936年购买的住宅，1937年因战争离开，1946年、1947年、1949至1951年在此居住。任浙江大学校长期间也在竹屋居住。马寅初的部分经济学论著和演讲稿在竹屋撰写。其间，马寅初撰写了《资本主义与社会主义相互影响》《向王若飞诸同志学习》等20余篇文章。还在浙大、上海沪江大学等发表了《关于目前之经济危机》《经济与民主》等20余场演讲。1946年6月13日，马寅初在杭州20多所学校联合召开的“反对内战，反对卖国”的集会上发表演讲，并与学生一起冒雨游行。1949年8月26日，他被任命为解放后浙江大学第一任校长，9月赴北京出席全国第一届政协会议，会上被推选为中央人民政府常务委员和财政委员会副主任，还兼任华东军政委员会副主席。1951年，接任北京大学校长，至此离开。
马寅初纪念馆一二楼均为展厅，展出大量图片资料和实物，观众普遍反映史料翔实，内容丰富。展厅内还配有2套多媒体，可连续播放200分钟，成为展版的补充和扩展。在2楼展厅中还配置了42吋等离子电视，可以为参观团队播放马寅初电视剧及专题片。该馆还印刷了中、英、日3种文字的小折页，编印《马寅初纪念馆专刊》，免费发放。除了接待来纪念馆参观的观众，该馆创立流动纪念馆，制作活动展板，视频短片，到社区学校去播放。2008年，纪念馆被列为杭州市青少年第二课堂活动基地。
