南通蓝印花布博物馆在市委市政府的关心和支持下，由中国工艺美术大师吴元新于1996年创建，是我国第一家集收藏、展示、研究、传承、生产性保护为一体的蓝印花布专业博物馆，下设蓝印花布传承基地，蓝印花布研究所、元新蓝染坊等创意工作部门。博物馆成立二十多年来整理收藏明清以来非物质文化遗产蓝印花布实物遗存及图片资料三万多件。博物馆研究团队出版了《中国蓝印花布纹样大全》藏品卷、纹样卷等十多部专著，承担国家重点课题。博物馆现为清华大学美术学院，中央美术学院、苏州大学、南通大学等院校研究实践基地。2005年被中国民间文艺家协会授予“中国蓝印花布艺术传承基地”，2006年被命名为国家级非物质文化遗产保护研究基地，2014年南通蓝印花布被评为“国家地理标志保护产品”。
在蓝印花布作品的创意设计方面，博物馆研究团队将传统蓝印花布赋予了时代特征，融入人们的现代生活中。创新制作近千个蓝印花布纹样，先后设计了蓝印花布服装、包袋、壁挂、工艺品、鞋帽等系列蓝印花布作品。创新的作品多次荣获工艺美术界国家级金银奖，馆长吴元新先后三次荣获中国民间文艺最高奖“山花奖”并获得“山花奖·个人成就奖”。设计的蓝印花布系列作品“凤戏牡丹”台布、“年年有余”挂饰、“喜相逢”桌旗系列被国家博物馆、中国工艺美术馆收藏。作品先后应邀在美国、英国、德国、法国、意大利、俄罗斯举办蓝印花布展览。向国家博物馆、中国丝绸博物馆、北京民族文化宫博物馆、清华大学、天津大学、中央美院、韩美林艺术馆捐赠优秀作品960多件。为传播我国的非物质文化遗产，为弘扬我国民族民间艺术作出了应有的努力。
在技艺传承中，博物馆国家级蓝印花布传承基地注重培养年轻的传承人，通过染坊中带徒、家族式传承、院校教学、社会培训，立体式的传承传播蓝印花布技艺。博物馆先后在清华大学美术学院设立传统染织工作室，在中央美术学院、南开大学等开设全院的手工艺选修课程，在天津大学成立南通蓝印花布博物馆分馆，在苏州大学为研究生开设传统印染课程，在南通大学创建蓝印花布艺术研究所和非遗研究院，承担2016年国家艺术基金“蓝印花布印染技艺青年人才培养”项目，在清华美院、北京服装学院承担非遗传承人群的教学任务。馆长吴元新的女儿吴灵姝硕士毕业后放弃北京的工作回到南通传承蓝印花布工艺，女婿倪沈键从浦发银行辞职由金融男转为染布匠，加入了家族式传承的队伍。博物馆以立体式传承的形式传播蓝印花布技艺，培养了大量的青年人才。
馆长吴元新在四十多年的蓝印花布技艺研究领域中创办博物馆、恢复明清染坊、出版专著、院校教学、承接国家课题等，逐步形成了蓝印花布技艺传承的“五架马车”效应，即蓝印花布古旧收藏、蓝印花布艺术研究、蓝印花布技艺传承、蓝印花布院校教学、蓝印花布产品创新的立体式传承模式，先后被国家评为中国工艺美术大师、国家级非遗传承人、享受国务院政府特殊津贴。现任南通大学非物质文化遗产研究院院长，南通蓝印花布博物馆馆长，中国民间文艺家协会副主席。被授予“全国旅游系统劳动模范”、联合国教科文组织的“民间工艺美术大师”、山花奖个人“成就奖”，被中宣部、中国文联授予“第三届全国中青年德艺双馨文艺工作者”荣誉称号。
蓝印花布馆竭尽全力弘扬和传承民间传统蓝印花布，整理收藏明清以来实物及图片资料一万多件，保存着大量优秀的民间制品，出版了《中国蓝印花布纹样大全》藏品卷、纹样卷，该书由著名艺术大师张仃先生题写书名并序，著名作家冯骥才先生，清华大学美术学院教授李绵璐，袁运甫先生，国际艺术大师韩美林等诸多大家学者题辞写跋。该书上海人民出版社出版，书的出版填补了我国蓝印花布纹样专著的空缺。
南通蓝印花布博物馆是由中国工艺美术大师吴元新于1996年创建的，是我国第一家集收藏、展示、研究、生产、经营为一体的专业博物馆，下设蓝印花布博物馆蓝艺研究所、蓝印花布博物馆明清染坊、蓝印花布博物馆的旅游产品开发展示部。
开馆十年来，坚持以宣传民间艺术，继承传统工艺为宗旨，以抢救、保护民间非物质文化遗产为重点，以研究传承民间工艺为己任，共赴海内外展览三十多次，接待了中外宾客五十多万人次。
南通蓝印花布已成为江苏连接海内外的一张城市名片。为此，南通市委、市政府为了鼓励吴元新在民俗民间艺术方面多作贡献，支持民营博物馆建设，决定投入资金在美丽的濠河风景区为蓝印花布博物馆重建新馆，该馆现分5个展厅，第一展厅：蓝印花布的起源与发展；第二展厅：南通蓝印花布古旧精品；第三展厅：南通蓝印花布工艺流程；第四展厅：南通蓝印花布外向开拓；第五展厅：南通蓝印花布创新与发展。
2002年在全国旅游产品博览会上，馆内设计的蓝艺系列“连年有余”荣获全国首届旅游纪念品设计大赛金奖；设计的“蓝艺系列”在全国民俗艺术节上再获金奖。
蓝印花布馆在收藏、展示的同时，还走出南通在北京民族文化宫、上海博物馆、南京文化中心、苏州革命博物馆、台湾台中文化中心等地区举办《中国南通蓝印花布艺术展》，亦在美国亚利桑哪洲中国文化中心、法国67届南锡国际博览会、德国、日本等国家举办南通蓝印花布宣传活动，2006年在清华大学美术学院举办作品展，其创新的精品入选国家博物馆展览其中三件作品：“凤戏牡丹”台布、“年年有余”饰品、 “喜相蓬”桌旗被国家博物馆收藏，为弘扬民族民间艺术、继承和发展传统印染文化作出了应有的贡献。 鉴于蓝印花布馆长期以来在保护、抢救、挖掘、继承、开发蓝印花布传统艺术上的贡献，2005年中国文联、中国民间文艺家协会授予南通蓝印花布博物馆为“中国蓝印花布传承基地”，2006年，由蓝印花布博物馆申报的“南通蓝印花布印染技艺”被国务院批准、文化部列入“国家级非物质文化遗产保护名录”，在第二届文化遗产日，国务院总理温家宝观看了国家级文化遗产南通蓝印花布技艺展演，关心南通蓝印花布技艺传承与发展，并赞扬吴元新在蓝印花布传承创新中所作做的努力。 南通蓝印花布艺术已经走出了南通，南通蓝印花布印染技艺已经走在全国同行业之首，南通蓝印花布艺术正在走向世界。江海大地上的这朵民间艺术之花，必将越开越灿烂。
