如皋博物馆创建于1988年，2010年新馆破土动工，原馆位于国保单位水绘园内，与如皋市文管会合署办公。新馆坐落于如皋市文化广场，建筑面积为9973平方米，是一座集教育、收藏、展示、研究功能为一体的地方综合性博物馆。2011年，新馆全面对外开放。
该馆设有“秀水流韵——历史文化展”、“秀水群英——名人展”、“常绿家园——自然展”、“物华天宝——藏品展”四大基本陈列，另设有临时展厅，分别展现了如皋近6000年的历史文化底蕴、历代名人的光辉风采、如皋得天独厚的动植物资源、如皋独具特色的藏品魅力。展览以先进的设计概念、鲜明的陈列主题、丰满的展示内容、新颖的表现手法为依托，成为展示如皋城市魅力、体现城市精神的重要载体，是了解如皋历史的窗口、激励如皋儿女的阵地。
自新馆落成并全面免费开放以来，如皋市博物馆每年接待参观人次达13万人次，并在展览、教育以及志愿服务等领域开展了多样的活动，颇有成效，其中文博志愿者队伍的建立对博物馆工作的开展起到了推动作用。经过精心筹备，在如皋市文广新局的正确指导下，如皋市博物馆终在各方面都达到中国博物馆协会的入会要求，正式申请后成为博物馆协会的团体会员。
功能布局上，如皋博物馆新馆区包括展览区、库房区、办公区及附属区。展览区共设3个固定展厅，分别是：秀水流韵—历史文化陈列、秀水群英—名人陈列、古邑仙居—自然陈列。三个基本陈列厅、一个临时展厅及大厅，占全馆面积的一半以上。办公区在功能齐全的前提下则尽可能精简。另设的茶座、文博商店等附属区。
如皋市博物馆共收藏文物1842件（套）、2981件，其中字画类789件（套）、瓷器类475件（套）、铜器类161件（套）、陶器类35件（套）、杂件334件（套）、刺绣类48件套，列入等级的文物67件（套）。所藏文物中以考古发掘的宋墓出土陶瓷器为珍藏，以根据南宋马远临本由明宪副公冒起宗跋、冒襄书丹的关公像石刻和文征明、董其昌、冒襄、何绍基、王文治、林则徐、翁同和等名家书画较为重要，以杂器制作工艺精巧且具地方特色。
该馆曾出版《水绘园简介》。
1960年6月14日成立如皋县博物馆，1961年4月1日撤销。
1961年，如皋县建立文物管理委员会，收集文物10,000件余件。“文革”冲击后藏品蒙受巨大损失，1997年进行清理登记，计存文物923件，其中古字画312件。
1980年，如皋县文将名胜古迹水绘园中遗存清代水明楼修葺整理、陈列冒辟疆(名襄)、董小宛画像、书法、用品和史料，另辟数室展示本县所藏历代名人书画、铜器、陶器、玉器、漆器及铁器等文物向公众展出，已具博物馆雏形。
1989年3月15日，如皋县人民政府批准正式建立如皋县博物馆，隶属如皋市文化局。
1991年6月1日，如皋县撤县建市，遂定为如皋市博物馆。
1992年6月1日，于如皋水绘园恢复建立，与市文管会合署办公。如皋市博物馆各种用房均为利用古旧建筑改建而成，占地面积为4858平方米，其中建筑面积1058平方米，展区面积475平方米。
2005年4月30日始，纳入水绘园景区管理，与水绘园实行“一票通”，对社会开放，供游人参观。
2008年5月1日始，对社会免费开放。是年，市政府于市行政中心西侧兴建市文化广场，含市博物馆新馆工程。
至2010年末，新博物馆土建工程全面竣工。
如皋市博物馆新馆区座落于如皋市行政中心西侧文化广场核心位置，2011年10月建成并全面对外开放，建筑面积9973平方米，布展总面积3893平方米。总投入7500万元，布展经费1390万元，文物征集及办公经费120万。
功能布局上，如皋博物馆新馆区包括展览区、库房区、办公区及附属区。展览区共设4个固定展厅和1个临时展厅，分别是：秀水流韵—历史文化陈列、秀水群英—名人陈列、古邑仙居—自然陈列、物华天宝—藏品陈列和如皋长寿文化巡礼—临展陈列。四个基本陈列厅、一个临时展厅及大厅，占全馆面积的一半以上。办公区在功能齐全的前提下则尽可能精简。另设的茶座、文博商店等附属区。
秀水流韵——历史文化展
该展览位于主体建筑一层，大厅东侧，面积998.98平方米，融如皋深厚的历史积淀与独特的文化优势于一体，生动形象、掠影直观地再现如皋的历史进程，突出如皋的亮点与特点，彰显了生于斯、长于斯的如皋儿女生生不息、奋发图强、勇往直前的进取精神。整个展览分为“岁月留痕古如皋”、“物阜人稠金如皋”、“集贤郡望文如皋”、“异彩纷呈奇如皋”四个部分，分别从悠久的历史、发达的经济、人文荟萃、风情独特等多个层面对如皋进行展示。
秀水群英——名人展
该展览位于主体建筑二层，东侧北半部分，面积约554.86平方米。千百年以来，在如皋这方热土上，历代群英荟萃、俊采星驰。如皋的水土、文化和风俗滋养过他们，而他们也以不同的方式回馈如皋，给如皋带来声誉和荣耀，他们的非凡业绩与日月同辉，彪炳千秋，永载史册。展览通过古代名人、近代名人、当代名人三大部分展示如皋古今中外60位名人的风采，无论在政界、军界、文教界，还是在医界，莫不留有他们的卓著功勋、高风亮节。
常绿家园——自然展
该展览位于主体建筑二层，东侧南半部分，面积为675.78平方米。展览贴近如皋本土特色，通过“温润的水乡明珠”、“缤纷美丽的生命”、“自然与人的和谐”三个部分对如皋的地理生态、丰富的物种及长寿现象进行展示，彰显如皋生态优越，是著名的“长寿养生福地”的区域特色，使此厅成为外地人读如皋、本市人爱如皋的鲜活教材。
物华天宝——藏品展
该展览位于主体建筑三层东侧，面积为554.86平方米。馆藏文物是一个地方文化积淀最直观的体现，如皋博物馆现有馆藏主要为字画、瓷器和印章，其中印章中有大量是“东皋印派”的作品，东皋印派又称如皋印派或雉皋印派，独具特色且影响深远。此厅主要展示字画、瓷器、杂件、印章。
其主题和展出方式比较自由和广泛，既可是纪念性的主题，也可是专题性的主题；既可自办，也可引进或联合办展；是满足观众需求、增强博物馆活力、发挥博物馆职能、促进对外交流与合作的重要途径。是对基本陈列强有力的补充。
陈列主要内容:
一、冒辟疆与董小宛生平和他们的水绘园简介。
二、展示本县所藏历代名人书画、铜器、陶瓷器、玉器、漆器等文物。
展厅设置:分为雨香庵、水明楼、影梅庵、隐玉斋、书画室、文物厅等6个部分，展出文物121件。以“生活复原”陈列为主要特色。
