建筑布局
负一层
负一层的展览分为城市篇和生活篇两个部分：城市篇主要展现六朝建康城的建筑规模、宫殿、城市道路和排水系统等；生活篇则使用了大量文物，还原六朝时期人们的衣食住行。这批生活类文物有当时流行的“复古拖鞋”——六朝木屐，居家使用的席镇、陶榻，“环保交通工具”陶牛车，以及史料文献中记载的“六朝食谱”。
在博物馆负一层，有一段长25米、宽10米的六朝夯土墙遗址，
这是整个博物馆的根，2008年，考古工作者对博物馆所在地块进行发掘时，在地下2米深处发现了这处夯土墙，经考证为1700年前六朝建康宫城的建筑遗址，正是因为这处千年遗址的出土，才有了今天的六朝博物馆。
除了这处千年遗址，2007年南京邓府巷挖出的台城城壕排水道也被搬进了展厅。
一层
走进博物馆一层大厅，除了彰显结构美和材料美的钢构玻璃天棚，
南北平直墙面的贝氏“月亮门”，令人惊艳的还有地面上镶嵌在米黄石灰石板之间的78个玻璃窗，被设计和建设团队戏称为“满天星”。这里有六朝的历代疆域图、历代皇帝的年号及在位时间等图文展板，10米长的大屏幕上还会循环播放一部时长15分钟的“微电影”《东方大都会》，带观众“梦回六朝”。
此外，一层还设置了“千古风流——三国人物故事文物特展”，聚集了来自南京博物院、苏州博物馆、镇江博物馆等6个博物馆共60多件套三国人物故事题材文物，种类包括书画、瓷器、泥塑、皮影、木雕等，再现了明代至近现代数百年来三国故事流行于民间生活的景象。
二层
位于博物馆二层的“六朝风采”展厅内，展出了六朝时期的陶俑、青瓷、墓志、瓦当、石刻等大批珍贵文物，从美学视角为观众解读六朝艺术珍品。白宁介绍，此次策展在多媒体的运用上有很大的创新和突破，比如根据六朝陶俑的形象创作了动画微电影，让三国时期的男陶俑与东晋时期的女陶俑，在影片中上演了一段“穿越时空的爱恋”，赋予了静态的文物以生命力。
而六朝博物馆的镇馆之宝“釉下彩羽人纹盘口壶”和“青瓷莲花尊”
也在该层展出。据介绍，东吴时期的“釉下彩羽人纹盘口壶”描绘了羽人、仙草、比翼鸟、佛像等多种神异奇特的艺术形象，釉下彩画和贴塑浑然一体。白宁表示，这件文物的釉下彩绘工艺改变了人们对釉下彩工艺始于唐代的认识，把中国釉下彩绘工艺出现的时间提前了近五百年，是研究汉末魏晋之际宗教发展历史的珍贵资料。
1972年在南京东郊麒麟门外灵山南朝墓出土的“青瓷莲花尊”，以莲花为主要装饰图案，集中了浮雕、模印、刻划等手法。白宁介绍，南朝时期佛教盛行，莲瓣或莲花纹被广泛运用于器物装饰。在佛教艺术中，莲花代表净土，象征“自性清净”。她说，莲瓣纹是南北朝瓷器最具时代特征的标志，“青瓷莲花尊”就渗透着浓厚的佛教色彩，是罕见的佛教艺术珍品。
馆藏文物
南京六朝博物馆8月11日正式向公众开放，馆内展出距今近千年的六朝时期瓷器和陶俑等珍贵文物，其中，镇馆之宝“釉下彩羽人纹盘口壶”和“青瓷莲花尊”也首次撩开神秘的面纱。
整个展览围绕六朝都城的面貌、历史文化的成就为主线，总共展出文物约1200件，其中大部分来自于南京市博物馆的考古出土文物。
空间设计
为了打造出具有生命力、对观众具有吸引力的六朝博物馆，馆内的空间设计也煞费苦心。展厅设计凸显园林风貌，移步换景。展厅内几乎没有实墙，而是用竹子、荷叶等植物置景进行隔断，再运用光影效果，使得馆内视觉通透、移步换景，而摆放文物的展柜也使用了不反光的玻璃，文物说明则使用铁艺雕花的铭牌。
在博物馆二层的观众休憩区，根据“兰亭雅集”的意境，特别设计了一处曲水流觞的小品，四周挂着书法作品《兰亭序》，摆放的长方形矮座椅则是根据东晋墓葬内出土的陶榻设计制作。座椅上设有两个耳机插孔，观众只要自带耳机就可以欣赏到《高山流水》、《广陵散》等六朝琴乐。置身其中，整个人的身心也在清雅静谧的氛围中得到了放松。
白宁说：“如果负一层的‘六朝帝都’展览是博物馆的根，那展出的一千多件六朝文物就是魂。可以想象一下，观众在我们仿建的六朝房子里，坐在和六朝时期一样的坐塌上，听着六朝古音，欣赏千年文物，不仅可以有美的艺术享受，而且能感受厚重的历史文化。”
