下辖机构
南京市博物总馆隶属于南京市文广新局，汇聚南京市博物馆（朝天宫）、太平天国历史博物馆（瞻园）、中国共产党代表团梅园新村纪念馆、南京市民俗博物馆（甘熙宅第）、渡江胜利纪念馆、江宁织造博物馆、六朝博物馆、南京市考古研究所和南京市文化遗产保护研究所等九家市属文博馆所。
一、南京市博物馆
南京市博物馆为南京市博物总馆分支机构，是一座综合性历史艺术类博物馆，是江苏省、南京市爱国主义教育基地。馆址朝天宫，为国家AAAA级景区，位于南京水西门内运渎之北，背山面水，气势雄伟，为江南地区现存规模最大、保存最为完整的明清官式古建筑群落，素有“金陵第一胜迹”之美誉，也是全国重点文物保护单位之一。
南京市博物馆馆藏文物十万余件，上溯远古，下迄民国，藏品内涵丰富，具有很高的历史、艺术和科学价值。其中尤以南京人头骨化石、青瓷釉下彩神鸟瑞兽盘口壶、王谢家族墓志、青花萧何月下追韩信图梅瓶、镶金托云龙纹玉带、渔翁戏荷琥珀杯、七宝鎏金阿育王塔等一批文物蜚声中外，是各个历史时期的文物精粹的典型代表。
常设展览包括《龙蟠虎踞-南京城市史》、《玉堂佳器-馆藏精品展》、《云裳簪影-宋明服饰展》、《圣塔佛光-阿育王塔特别展》等。其中《龙蟠虎踞-南京城市史》获得第十一届“全国十大陈列精品奖”最佳制作奖。
博物馆与古建筑朝天宫珠联璧合，又深滋于十朝都会悠久的历史文化底蕴，加之四大古都得天独厚的自然地理优势，是人们解读南京城市历史发展进程，领略南京古都文化精髓，欣赏南京历史文明宝藏的最佳去处。
二、太平天国历史博物馆
太平天国历史博物馆为南京市博物总馆分支机构，是国家设立的唯一太平天国史专题博物馆。是我国收藏太平天国文物最多、史料最丰富的专业研究机构。
馆址瞻园，是南京现存历史最久的一座园林，是江南四大名园之一，素有“金陵第一园”的美誉，全国重点文物保护单位。全园面积24500平米，其中建筑面积9600平米，园林绿化面积15500平米。它初为明中山王徐达府邸之“西圃”，入清改做江宁布政使衙署。乾隆二次南巡时曾驻跸斯园，并御题“瞻园”匾额。太平天国时期是东王府和幼西王府。民国时期为江苏省省长公署、国民政府内政部等机构所在地。
太平天国历史博物馆常设《太平天国历史陈列》、《明中山王徐达文物史料展》及《清江宁布政使衙署文物史料展》，馆藏太平天国文物2800余件；各类文物及遗址、遗迹照片10000余张；清方原始档案、函札资料2000余卷宗。其中包括团龙马褂、太平天国印制的《钦定士阶条例》、《钦定军次实录》、《钦定英杰归真》原刻本等一批稀世珍品，真切、详尽而全面地反映了这场轰轰烈烈的农民运动的始末。
三、中共代表团梅园新村纪念馆
中共代表团梅园新村纪念馆为南京市博物总馆分支机构，位于南京市玄武区梅园新村历史文化街区汉府街18号-1，是纪念以周恩来为首的中共代表团，于1946年5月—1947年3月在南京与国民党政府进行国共和平谈判的革命历史性纪念馆。是全国爱国主义教育示范基地、全国红色旅游经典景区、国家AAAA级旅游景区。常设展览为《梅园风范—国共南京谈判史料陈列》基本陈列。
中共代表团梅园新村纪念馆由中共代表团办事处旧址、国共南京谈判史料陈列馆、周恩来铜像、周恩来图书馆、八路军驻京办事处等组成。中共代表团办事处旧址，是全国重点文物保护单位，包括梅园新村17号、30号、35号。梅园新村30号是周恩来、邓颖超办公和居住的地方。梅园新村35号是董必武、李维汉、廖承志、钱瑛等办公和居住的地方。梅园新村17号是中共代表团办事机构所在地。
中共代表团梅园新村纪念馆常设《梅园风范—国共南京谈判史料陈列》基本陈列，馆藏文物、藏品及珍贵历史资料近万件，真实反映了中共代表团艰苦的谈判历程。
四、南京市民俗博物馆
南京市民俗博物馆（南京市非物质文化遗产馆）为南京市博物馆总馆分支机构，是研究、展示、保护南京民俗文化以及南京非物质文化遗产的专业性博物馆。同时为了全方位的展示南京的非物质文化遗产，保护和传承南京的非物质文化资源，在南京市民俗博物馆的基础之上又成立了南京市非物质文化遗产馆，使南京市非物质文化遗产馆成为全国首家民俗、非遗“双博馆”。
馆址为全国重点文物保护单位——甘熙宅第。甘熙宅第又名“甘熙故居”，民间俗称“九十九间半”、“甘家大院”，地处南京市白下区南捕厅15、17、19号和大板巷42、46号。甘熙宅第为多进穿堂式古民居，是清代著名文人、方志学家甘熙的故居，始建于清嘉庆年间，距今已有约二百年历史，占地面积近万平米，是目前我国大中城市中规模较大、保存较完整的清代民居建筑群。
常设展览包括《金陵甘氏家族历史陈列》、《南京育儿、婚嫁习俗陈列》、《南京非物质文化遗产代表性传承人展演》、《南京非物质文化遗产》展览等。
五、渡江胜利纪念馆
渡江胜利纪念馆为南京市博物总馆分支机构，位于南京市鼓楼区渡江路1号，由主馆区、渡江胜利广场、渡江胜利纪念碑等部分组成。总占地面积20000平方米，建筑面积约9000平方米，展厅面积4000余平方米。1987年邓小平为馆题写馆名。
主馆区使用仿木结构的外立面，并做成“木船”形状，寓意“驶向胜利之船”。渡江胜利广场上矗立着大型“千帆竞渡”群雕。群雕共分为六组，呈红色直线柱体形式，截面为红色五角星。其中最高的一根红色立柱长49.423米，象征着1949年4月23日南京解放。渡江胜利纪念碑为省级文物保护单位, 双帆船形,碑座为紫绛色船体,碑身为白色双帆。
渡江胜利纪念馆常设展览为《天翻地覆慨而慷—渡江战役胜利纪念展》基本陈列。
六、江宁织造博物馆
江宁织造博物馆为南京市博物总馆分支机构，位于大行宫地区，是在清朝江宁织造遗址上建造的一座现代博物馆，由著名建筑学家、两院院士吴良镛先生担纲设计。
江宁织造博物馆建筑整体风格取中国山水画中深远、高远、平远之意境，将北高南低的建筑群尽可能用园林手法加以覆盖。建筑内复建了织造署中原有的西池、楝亭、萱瑞堂、西堂等建筑，从南望北叠叠高起，如同一幅江南山水画，是现代建筑的语言和传统园林建筑结合的经典之作。
江宁织造博物馆常设展览包括《江宁织造》、《云锦天衣》、《红楼梦曲》、《中国旗袍》、《云锦精品》等，此外还设有《红楼影院》、《时尚发布中心》、《织署戏台》、《红楼书场》、《红楼梦图书馆》等展演和服务设施，是展示江宁织造、南京云锦及红楼梦历史和文化的新型博物馆。
七、六朝博物馆
六朝博物馆为南京市博物总馆分支机构，位于南京市玄武区长江路302号，馆址系原六朝建康城遗址的一部分。建筑面积为2.3万多平方米，由美国贝氏建筑事务所设计，体系化地将贝氏建筑模数、贝式建筑几何、贝氏建筑光影运用于此。
六朝博物馆是南京最大的专题展示六朝文物、展示六朝历史文化的专题断代史博物馆。
六朝博物馆展陈的核心主题是展示“东方大都会”的风采，常设《六朝帝都》、《回望六朝》、《六朝风采》和《六朝人杰》四个展览，2015年被评为第十二届“全国十大陈列精品”。
八、南京市考古研究所
南京市考古研究所为南京市博物总馆分支机构，位于南京秦淮区莫愁路188号，坐落于江南最大明清古建筑群、国家4A景区、全国重点文物保护单位朝天宫景区内。前身为1949年成立的南京市文物事业管理委员会下设的文物组。1978年南京市博物馆成立后，设考古部承担着南京地区的考古调查、勘探、发掘和研究工作。2014年4月，南京市博物馆考古部升级成立南京市考古研究所，作为南京市博物总馆下设的正处级单位之一。
南京市考古研究所及其前身，依托南京的历史文化资源，配合南京的城市建设，开展各类考古工作，在汤山古人类化石，六朝墓葬、城址，以及明代功臣墓葬、城垣、造船厂的发掘和研究方面取得了较为重要的成果，有三项考古工作先后获评年度“全国十大考古新发现”，在全国具有重要的影响。
九、南京市文化遗产保护研究所
南京市文化遗产保护研究所为南京市博物总馆的分支机构，成立于2014年，是唯一一个对全市可移动文物和不可移动文物进行综合研究和保护修复的单位。
文保所的主要职能是：开展全市文化遗产调查、评估、汇总等工作；做好全市文化遗产规划和方案编制工作；承担市级以上重点文物保护单位及其他具有文物价值的古建筑、古遗址、石刻及近现代建筑物、馆藏文物的保护和科学研究工作等。
成立一年来，文保所完成了可移动文物的修复资质申报工作；推进了徐达、李文忠墓园环境整治工作；参与编写了《南京历史名人》、《图说南京》、《南京市博物馆纵览》等图书以及《南唐博物馆基本陈列》大纲；编制了《南京中国近代史遗址博物馆十方碑刻保护修复方案》、《南京市博物馆珍贵文物保存环境质量监控与囊匣配置解决方案》等多个文物保护修复方案，较好地完成了既定工作目标及总馆下达的各项任务。
