历史沿革伍连德博士（1879—1960）是中国近现代医学先驱、著名公共卫生学家、医学教育家、社会活动家、卫生保健事业的开拓者、杰出的爱国主义者和人道主义者。伍连德是英国剑桥大学第一位获得医学博士的中国人，1907年受聘回国任职，1910年东北鼠疫大流行时被清政府任命为全权防疫总医官，他不畏艰险，采取多种科学的防治办法，仅用4个月时间就扑灭了这场震惊中外的鼠疫大流行，使人类又一次免遭疫病浩劫，被世人誉为“鼠疫斗士”。1911年4月在奉天万国鼠研究会上，与会中外专家达成共识，建议中国政府在东在省设立永久性防疫机构，以防瘟疫卷土重来。1911年7、8月间，伍连德获清政府同意，于哈尔滨红军街（原海关大楼）筹建东三省防疫处。1912年夏滨江医院建成（即现在的道外区保障街140号），东三省防疫处遂迁入医院，形成医院与行政“二位一体“的防疫机构，其功能是医院平时应诊，疫时防疫，监测东三省各地疫情守护民众健康，伍连德任防疫处总办兼总医官，同时兼任滨江医院院长。1926年9月在哈尔滨滨江医院院址创办了滨江医学专门学校（即哈尔滨医科大学前身），开东北地区中国人自办医学教育之先河。同年，伍连德博士的长女伍玉玲在这里出生。“九·一八”事变后，防疫处被迫解散。此后，原址建筑变迁尚未得到查证。新中国成立后，东三省防疫处旧址建筑曾先后做过民居、学校、幼儿园、仓库，直至1996年，伍玉玲来上海参加“纪念中华医学会成立80周年暨伍连德博士国际学术研讨会”，其后她来到哈尔滨看一看她的出生地，省政协副主席、哈医大一院心血管教授傅世英教授代表省政府接待伍玉玲，伍玉玲将自己编著的《回忆伍连德博士——鼠疫斗士》大型画册送给傅世英教授，这使没有见过伍连德，对其了解甚少的傅老师被伍连德的杰出贡献和伟大精神所感动，并在耄耋之年走上发起和筹建伍连德纪念馆之路。
1998年春，以鼠疫专家、医史专家及哈渝京三地其他方面专家共32人联名向哈尔滨市政府提出建立伍连德纪念馆的建议，该建议还获得1998年哈尔滨市特别奖和奖金。从1998年3月15日至1999年11月20日傅世英教授与北京的张本教授(中华医学杂志学术委员会原主任委员)为伍连德纪念馆筹建事宜往来书信数十封。在哈尔滨市政府的重视下，1998年12月哈尔滨市政府以文件形式批准滨江医院旧址为市级文物保护建筑，1999年被评为黑龙江省省级文物保护单位。2001年11月哈医大派遣傅世英教授亲赴新加坡会见伍玉玲女士，征询建立伍连德纪念馆意见，并决定由哈医大主办，哈尔滨医科大学附属第一医院承建，成立理事会，哈医大校长杨宝峰亲任理事，哈医大附属第一医院院长周晋任副理事，傅世英教授任名誉理事长，并办理了纪念馆建立许可，注册资金1000万元。2002年至2006年间，纪念馆筹建办在哈尔滨市各级部门的支持下，进行现场调查、办理房产归属、安置居民和单位动迁、编制预算、工程招标等一系列筹备工作。2006年9月8日，哈尔滨医科大学80周年校庆时举行了纪念馆奠基典礼。2007年初第一期工程完工，启动向社会和伍连德博士的后人征集文物、复原布展程序。2008年9月8日，哈尔滨医科大学82周年校庆之际举行了隆重的伍连德纪念馆开馆仪式。使世人有了一个纪念伍连德、学习伍连德、颂扬伍连德的好去处。2008年10月伍连德纪念馆被哈尔滨市委宣传部授予“哈尔滨市首届十佳人民建议成果先进单位；2009年分别被评为市民携手逛新城旅游景点和市民喜爱的文博展馆，同年，哈尔滨市授予园林绿化先进单位。2010年被评为省级爱国主义教育基地。
基本陈列纪念馆共有五个展厅，二个场景复原。五个展厅的陈列采用专题形式，分为四大部分，即：“出生南洋献身医学”、“扑灭鼠疫功绩卓著”、“建树颇多遗产丰厚”和“世人景仰伟业永存”。四大专题突出体现了伍连德博士在中国度过的他人生中最辉煌的30年历程。两个复原场景：一个是伍连德士办公室，一个是伍连德博士实验室。此外，纪念馆又采用新的展示方法，如：多媒体展示、灯箱地图、室外图片展览等。所有展厅的图片、照片和文字说明均为开放式展示。纪念馆展出藏品为104件，其中珍贵展品25件，主要是：①伍连德所获得的勋章、纪念章5枚，②伍连德经典著作《鼠疫概论》1册，③寿幛8幅。
临时展览2010年12月在哈尔滨市百年老街中央大街举办“纪念伍连德来哈抗击100周年”大型图片展，为期10天。
