南京医科大学眼科医院系南京医科大学附属眼科医院，江苏省红十字眼科医院，国家三级甲等眼科医院，国家临床重点专科单位，国家药物临床试验机构（GCP），核定床位120张，已开放床位120张，可开放床位164张以上，面积12000多平方米，职工200多人，是一所具有一定影响力的现代眼科专科医院。医院隶属于南京医科大学第四临床医学院，是在原中日友好南京眼科医院的基础上创建的。
医院是南京医科大学硕士生培养基地、博士生培养点，国家级住院医师规范化培训协同基地、江苏省基层特色科室眼科孵化中心项目单位、南京市眼科专科护士培训基地、江苏省和南京市近视防控专家组单位、江苏省儿童青少年近视防控研究中心、江苏省大数据临床应用示范中心近视防控大数据应用建设单位、江苏省验光配镜从业人员实训考核基地，江苏省中小学生眼保健教育示范基地，中国中西医结合学会眼科专业委员会眼视光协作组组长单位，拥有中央与地方共建高校特色优势学科实验室——南京医科大学医学视光学教学实验室、南京医科大学眼视光学和视觉科学重点实验室，南京市眼科医学重点专科，南京医科大学眼科学（眼视光学）校级重点学科，是一所集医疗、教学、科研于一体，具有一定影响力的非营利性眼科专科医院。
医院被南京市医保评为“AAA级诚信单位”，被南京市卫生局授予“全市医院管理年活动单位”，被江苏省人力资源和社会保障厅授予“江苏省省级公费医疗定点医院单位”，被江苏省物价局授予“江苏省价格诚信单位”，被江苏省卫生厅评为“江苏省平安医院”医院，党组织被鼓楼区委授予“基层党组织”。
医院眼科系国家临床重点专科、南京市医学重点专科，目前，医院设立有眼底病、眼外伤、白内障、青光眼、角膜病等十一个专业科室。开设了专家专病门诊，由著名专家担任学科专科带头人。医院在江苏省内制订了各类疾病的规范诊疗流程，如斜视弱视诊疗流程、青光眼诊疗流程、眼底病诊疗流程、白内障诊疗流、医学验光诊疗流程等，做到充分利用循证医学，使诊疗行为规范化，从而对一些容易忽视、误诊的眼科疾病做到早期发现、诊断和治疗。
医院拥有副教授（副主任医师）以上28人，其中教授（主任医师）14人，副教授（副主任医师）14人，博士9人，博士生导师2人，硕士生导师7人，建立了一支勇于探索，一心为民的眼科人才队伍。
医院拥有近百套眼科诊疗设备，包括蔡司VisuMax全飞秒激光、U视飞秒激光手术平台、达芬奇飞秒激光、EX500准分子激光近视治疗仪、爱尔康LenSx白内障飞秒激光超声乳化系统、YAG激光机、532眼底激光机、超声乳化仪（冷超乳）、玻璃体切割机、ZEISS手术显微镜等全套进口治疗设备以及OCT（光学相干断层扫描）、全套视觉电生理检查仪、视野检查仪、眼底照相及眼底荧光血管造影和脉络膜血管造影仪、附20Hz的新眼科专科A/B超、角膜地形图、IOL-master、全景200广角激光眼底照相机、博士伦MILLENNIUMTM玻切/超声乳化仪、SOVEREIGN COMPACT超声乳化仪、Zeiss手术显微镜、角膜共焦显微镜、角膜内皮检查仪、干眼仪、视网膜厚度分析仪等一系列进口检查设备。
