南京市妇幼保健院创建于1936年，前身为国立中央高级助产职业学校附属产院，现为南京医科大学附属妇产医院、国家级爱婴医院、省内首家三级甲等妇幼保健院，集保健、医疗、教学、科研为一体，始终坚持“以保健为中心、以保障生殖健康为目的，保健与临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主”的妇幼卫生工作方针，常年为南京及周边地区妇女儿童提供多层次、全方位健康保健和疾病预防诊疗服务，是中国医院协会妇产医院管理分会会员单位、中国妇幼保健协会常务理事单位、江苏省医院协会妇幼保健院分会主委单位。
倡导以人为本的服务理念，建立人性化服务体系。开创产科门诊"一医一护一诊室"、产科病区母婴床旁护理新模式，省内首开二胎咨询门诊，增设产科专病、特色门诊，成立高级专家会诊中心，开设胎儿大学、好宝宝俱乐部；加强病员服务中心建设，拓宽预约挂号渠道，优化分时段就诊，打造微信支付平台，升级微导诊服务，加大建设复诊患者绿色通道；成立国内第二家、华东地区首家纯公益性质的母乳库，推进住院早产儿或疾病患儿母乳喂养，提高母乳喂养率；运用南京妇幼掌上医院APP，大力推行预约诊疗、候诊提醒、报告单查询、诊间付费、移动支付等功能；上线移动护理系统、产房系统、儿童体检流程信息系统；顺利完成新老医保系统结算切换工作，上线银医通线上结算系统、窗口扫码付系统，缓解门诊“三长一短”现象；完成市级医疗服务监管、慢病管理、妇幼管理、分级诊疗、“金保二期”等系统对接。
作为具有部分公共卫生性质的妇幼保健院，医院在政府职能履行方面承担了南京地区全部包括省部属和军队各级接产医院在内的新生儿疾病筛查、新生儿窒息复苏培训、助产人员技术培训及孕产妇保健系统管理、儿童保健系统管理、孕产妇死亡、围产儿死亡、7岁以下儿童死亡、出生缺陷和妇女病普查情况的统计、分析、上报工作；担负着全市近200家妇幼保健三级网络机构的业务指导和管理工作；辅助各级政府妇幼保健政策的决策与制定。在妇幼卫生服务方面，医院在出生缺陷预防干预、产前诊断、产科和妇科疾病诊疗、乳腺病诊治、妇科腔镜技术、妇女儿童健康促进等方面独具特色，优势突出，医疗保健服务辐射全省乃至外省市。
秉承“厚德、爱生、精进、释悦”之院训，以推动妇幼健康事业发展、护佑妇女儿童健康为己任，努力创建“国内一流、省内龙头”的妇幼保健院。
南京市妇幼保健院先后建成南京医科大学儿科学博士研究生培养点、南京医科大学妇产科学博士研究生培养点、南京医科大学外科学（普外）博士研究生培养点、南京医科大学重点学科——妇产科学、生殖医学国家重点实验室队列研究基地、卫生部四级妇科内镜手术培训基地、全国综合(专科)医院中医药工作示范单位、中华医学会麻醉学分会产科麻醉培训基地、中华医学会围产医学分会围产期优质护理实训基地、国家药物临床试验机构、中国妊娠期糖尿病规范化诊疗合作中心医院、国家级儿童早期发展示范基地、中国出生缺陷干预救助示范基地、国家卫计委第二周期“早产（儿）干预研究”项目实施单位、中国疾病预防控制中心母婴保健质量与安全管理项目试点单位、中国妇幼保健协会中医中西医结合培训基地、中国妇幼保健协会妇科内分泌与妇科常见病培训基地、国家孕产期保健特色专科医院、全国第一批新生儿围产期医学专科医师规范化培训基地、国家第一批分娩镇痛试点医院、 中国妇幼保健协会母婴友好医院、国家级母婴安全优质服务单位、江苏省优生学质控中心、江苏省产前诊断超声影像中心、江苏省住院医师规范化培训基地、江苏省母婴专科护理培训基地、江苏省第二批全科医生培养省级示范临床基地、江苏省新生儿疾病筛查质量控制中心、江苏省妇幼保健科研示范基地、江苏省母乳喂养技术培训基地、江苏省省级孕产妇危急重症救治中心、江苏省省级新生儿危急重症救治中心、江苏省出生缺陷精准防控研究中心、江苏省整形美容协会乳房整形技术规范培训基地、江苏省省级儿童早期发展基地、南京市遗传临床医学中心、南京市新生儿窒息复苏培训中心、南京市医学重点实验室、南京市孕产妇危急重症救治中心、南京市新生儿危急重症救治中心。
南京市妇幼保健院坚持科技兴院，重视科研发展。2018年新增各类课题84项，其中国家自然科学基金20项、省自然科学基金8项；已发表论文432篇，其中SCI论文102篇；获各类奖项12项，其中江苏医学科技奖三等奖2项、江苏省卫计委新技术引进奖二等奖5项、南京市卫生与健康新技术奖一等奖3项、二等奖1项、江苏省妇幼健康引进新技术一等奖1项。申报发明专利、实用新型、著作权等共60项。
南京医科大学附属妇产医院学科体系完善，其中腔镜科为卫生部四级妇科内镜手术培训基地，中医科为全国综合医院中医药工作示范单位，产科、产前诊断研究室、新生儿科、妇科、麻醉科、中医科为省级临床重点专科，儿童保健科、妇女保健科、乳腺科、检验科、超声诊断科为市级临床重点专科，妇女保健科、儿童保健科、生殖医学、计划生育、乳腺病学为第二周期省妇幼保健重点学科。南京市妇女保健所、儿童保健所、新生儿疾病筛查中心、南京市妇幼保健计划生育服务中心均设于院内。
南京市妇幼保健院坐落于市中心，占地面积2.02万平方米，总建筑面积10.57万平方米，建筑面积7.5万平方米的妇幼保健中心大楼已于2011年1月投入使用。医院编制床位1000张，现有职工总数1672人，其中高级职称337人，博士73人，硕士421人，博导8人，硕导71人。
