南京市第一医院（南京医科大学附属南京医院、中国药科大学南京市第一医院），是卫生部首批三级甲等综合性医院。南京医科大学第三临床医学院、南京市心血管病医院、国家高级卒中中心、国家药物临床试验机构、国家首批心脏移植准入医院、国家首批工伤康复试点机构、国家良性前列腺增生健康管理基地、卫生部冠脉介入培训基地、中国心脏冠脉搭桥外科医师培训基地、卫生部内镜诊疗技术培训基地、国家卫计委临床药师培训基地、国家卫计委外周血管介入培训基地、国家卫计委住院医师规范化培训基地、江苏省卫计委住院医师规范化培训基地、江苏省卫计委全科医生培训基地、江苏省卫计委全科医生培养省级示范临床基地、江苏省卫计委专科护士培训基地、中华医学会麻醉分会气道管理培训基地、江苏省心血管药物临床试验服务中心、江苏省冠心病诊疗中心、江苏省核和辐射突发事件定点洗消医院、江苏省紧急医学救援基地、南京市糖尿病防治中心、南京临床核医学中心、南京红十字眼库等均设在该院。
南京市第一医院2005年起联合南京市、苏北及安徽地区17家二级医院成立“南京市第一医院集团”；在江苏、安徽、湖北等省各大中型医院建立心脏病、糖尿病、骨科、普外科、康复科、眼科、介入和妇产科等诊疗分中心136个，输出优势医疗技术。2013年，医院在全省范围内首家通过英国保柏集团的“管理质量服务(MQS)”银级认可；2018年，获得英国BSI公司从香港签发的ISO9001质量管理体系认证证书。2014年复旦大学医院管理研究所发布《2013年度中国最佳医院综合排行榜》，医院首次入选“中国医院百强榜”，在最佳专科排行榜上，呼吸科、心血管病、老年医学科均获得最佳专科提名；在香港艾力彼医院管理研究中心发布的“2013中国省会市属·竞争力100强”排行榜中，位列第3位，在“2015中国医院竞争力·顶级医院100强”排行榜中，位列第95名；在中国医学科学院医学信息研究所发布的“2014中国医院科技影响力排行”的百强榜中，医院名列第98名。2017年，医院荣获“全国文明单位”称号。2018年，医院顺利通过2017年版《江苏省三级综合医院评审标准实施细则》现场评审，获得新一轮三甲医院资格。
南京市第一医院科室设置完善，现有国家重点学科1个，国家临床重点专科1个，江苏省医学重点学科4个，江苏省专科（病）诊疗中心1个，南京医科大学重点学科4个，江苏省省级临床重点专科20个，南京市医学重点学科2个，南京市医学重点专科8个，博士培养点14个，硕士培养点30个，国家级博士后科研工作站1个，院士工作站6个。
南京医科大学附属南京医院创建于1936年2月，现有1个主院区和2个分院区（南院和河西院区），在职职工2949人，编制床位2000张，建筑面积20.68万㎡。2018年，诊疗总人次1965029人次，同比增长7.3%；出院人次77316人次，同比增长7.5%；平均住院日8.4天，同比缩短0.3天；药占比36.25%，同比下降1.39个百分点。
中国药科大学南京市第一医院医疗设备先进，拥有百万元以上设备106套，包括：正电子发射计算机断层显像（PET/MR)、112环数字光导PET-CT、同位素单光子发射计算机断层扫描仪(ECT)、心血管造影系统(DSA)、先进的双源CT、多层面螺旋CT、1.5T和3.0T磁共振断层扫描仪、直线加速器系统、数字化X线成像系统(DR)、高能超声聚焦治疗机、光学干涉断层成像系统和数字化手术室系统等。
1936年2月南京市立医院
1938年3月同仁会南京医院（本部）
1941年12月戒烟医院、同仁会鼓楼医院
1945年9月南京市立医院
1949年5月南京市立第一医院
1967年9月南京市工农兵医院
1968年4月南京市第一医院
1981年6月南京市第一医院、南京铁道医学院教学医院
1989年5月南京市第一医院、南京市红十字第一医院、东南大学（生物工程系）教学医院1996年1月南京市第一医院、南京医科大学附属南京第一医院
2000年12月南京市第一医院、南京医科大学第三临床医学院
2004年12月南京市第一医院、南京市第一医院南院
2005年5月南京市第一医院、南京市心血管病医院
2011年12月南京市第一医院、南京市心血管病医院、南京医科大学附属南京医院、南京医科大学第三临床医学院
2015年3月中国药科大学附属南京市第一医院
