医院是全国肝胆病防治技术示范基地、全国妊娠乙肝防治示范基地，被批准为国家药物临床试验机构、国家中医药管理局中医药防治传染病重点研究室、江苏省博士后创新实践基地。医院同时是江苏省传染科医疗质量控制中心、省中西医结合肝病研究中心、省病毒性肝炎诊疗中心、省重症疟疾诊疗中心、南京市消化病临床医学中心。感染性疾病科为国家级临床重点专科，感染性疾病学为江苏省医学重点学科。传染科、肿瘤科、妇产科、普通外科、结核科为江苏省省级临床重点专科，中西医结合科为江苏省示范中医科，肝病科、肠道及其他传染病科、检验科、医学影像科、重症医学科为南京市临床重点专科，中心实验室为南京市医学重点实验室。
近五年获科研成果38项，其中部级奖2项，省科技进步奖5项，省卫生厅新技术引进奖14项，南京市政府科技进步奖5项。已完成省部级科研项目6项。承担国家自然科学基金13项，国际合作项目1项，国家重点专项3项，省部级项目28项。编写专著40部，获专利证书24项。发表SCI论文173篇（最高影响因子59.558），中华系列期刊论文83余篇。
设有中西医结合科、肝病免疫科、肝病内分泌科、儿童青少年肝病科、疑难和重症肝病科、肝硬化治疗中心、肝脏肿瘤治疗中心、消化科、肾内科（血透中心）、心血管内科、血液科、神经内科、老年医学科、肝胆胰外科、胃肠外科、甲乳外科、整形外科、胸外科、泌尿外科、神经外科、骨科、麻醉科、放疗科、头颈胸部肿瘤科、腹部肿瘤科、产科、妇科、重症医学科、急诊科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、体检中心、检验检测中心（检验科、分子与基因诊断实验室、输血科）、临床科研中心（中心实验室、生物样本库）、病理科、功能检查科（超声影像科、心电图、肺功能、脑电图、肌电图）、医学影像科、介入室、药学部、临床药物研究室、腔镜中心等临床医技科室。门诊设有相应的专科及专家特色门诊。
现有在职职工1350人，其中卫技人员1181人，高级职称人员231人，博士25人，硕士研究生290人。有江苏省医学领军人才3人，省医学重点人才2人，省“333”工程人才12人，江苏省有突出贡献中青年专家和拔尖人才1人，江苏省“六大人才高峰7人；南京市有突出贡献中青年专家和拔尖人才5人。有南京中医药大学、东南大学、南京大学等高等院校博导、硕导共48人。
