医院占地面积100亩，总建筑面积约8.4万平方米，规模床位1000张，实际开放床位604张，重症监护床位数配置占总数的1/5。目前，年门急诊总量约140万人次，出院病人约2.2万人次，手术病人约1.3万人次，门急诊、日间手术0.7万人次。2010年，儿中心成为国内首家通过JCI国际医院认证的儿童专科医院。2013年顺利通过JCI复评审，成为首个通过JCI教学医院的儿童专科医院。2012年，医院获得国家药物临床试验机构资格认定证书，共8个专业获得药物临床试验专业资格。此外，医院拥有多个在国内外具有重要影响力的优势特色学科。心脏手术量每年逾3700例，手术最小年龄为生后6小时，最轻体重800g；心导管术1400余例。在国内率先开展大血管调转术、先心病合并气道狭窄根治术、双调转手术、儿童永久起搏器植入术以及胎儿心血管超声、核磁共振检查等多项新技术并在全国推广。儿童血液肿瘤中心每年收治新发白血病及肿瘤病例450余例，累计完成各类疑难重症的造血干细胞移植近500例。儿童保健（发育行为儿科）专业是我国该学科领域的发源地之一，近年来学科在注意缺陷多动症、孤独症等发育行为儿科疾病率先进行了医教结合干预模式，同时团队在铅中毒、新生儿听力筛查和儿童睡眠健康项目中有效实现了科学研究向公共卫生政策的转化，获得了三项国家科技进步二等奖，同时得到了国际同行的高度认可。
15年来，先后获得国家科技进步二等奖5项 （合作2项）， 多次获得上海市科技进步一等奖、中华医学会科技进步奖、教育部科技进步奖、宋庆龄儿科医学奖等重大科研奖励。
医院设有血液肿瘤科、发育行为儿科、儿内科、儿外科、骨科、麻醉科、放射科、检验科、药剂科、病理科、耳鼻咽喉科、眼科、口腔科、皮肤科、中医科、感染科、营养中心、特诊部、护理部等科室。
