瑞金医院于2015年10月启用国内最先进的医学模拟中心，规模达3200平米。中心依据国际最先进设计理念，设有高端模拟手术室、模拟重症监护室、模拟标准化病房、模拟诊室，配合标准化病人和智能化综合模拟人，不仅能真实再现临床医疗过程中的绝大多数场景，高仿真地开展情景式的医学模拟技能操作培训，也可以融入医患沟通、专业信息传递等人文技能培训，更可以通过实景演练、团队协作演练等进行诊疗流程、医疗体系的模拟评估与探索，最终实现“所有的首次操作都不在病人身上进行”的基本理念，以提升整体医疗服务质量，最大限度地保障病人安全。中心同时也是国家发改委支持建设的全科医师临床培养基地。依托医学模拟教学构建的全科医师临床培养基地，不仅能为全科医师培养提供完备的覆盖内外妇儿各大专业的单项临床技能操作培养，也能为全科医师提供更全面的涵盖门诊、病房、手术室、急诊抢救室等多种场景演练学习。经过全面的技能操作与场景模拟演练所培养的全科医师，临床知识更加全面、临床技能更加扎实、综合能力更加牢靠，将更好地服务于社区医疗的民生大计。
近5年来，医院获得国家自然科学基金项目、科技部973和863计划项目、国家重点研发计划和各级部市局级项目927项，其中2016年获各级各类科研项目总计182项，国家重点研发计划项目（课题）13项、国家自然科学基金项目93项，科研经费总计达1.45亿元。医院现有二级学科博士点23个、二级学科硕士点16个，博士生导师124名、硕士生导师174名，内、外、妇、儿学科均为博士后流动站。获国家自然科学基金国家杰出青年科学基金11人、国家自然科学基金优秀青年科学基金7人、教育部新世纪优秀人才基金9人、上海市学术带头人27人、上海市领军人才18人、上海市启明星（跟踪）计划51人、上海市曙光计划24人等。此外，SCI论文以及表现不俗论文数量在全国医疗机构中始终保持前列；研究成果获得一系列的国内国际奖项，如国家最高科学技术奖、国家科技进步二等奖、国家自然科学二等奖、中华人民共和国国际科学技术合作奖、美国灼伤协会伊文思奖、美国凯特林癌症奖、瑞士布鲁巴赫癌症研究奖、法国抗癌基金会卢瓦兹大奖、法国祺诺台尔杜加大奖等。
医院共设有45个临床学科和9个公共学科；现有国家教育部重点学科4个（血液病学、内分泌与代谢病学、心血管病学、神经病学）；国家临床重点专科项目22个和国家临床重点实验室1个（消化内科、麻醉科、重症医学科、临床护理、骨科、检验科、心血管内科、内分泌科、血液科、儿科消化专业、肾脏内科、皮肤科、神经内科、呼吸内科、急诊科、普外科、烧伤科、感染科、肿瘤中心、老年病科、放射影像、中医肿瘤、内分泌代谢病重点实验室）；目前也是国家中西医结合示范单位；上海市重点学科“重中之重”1个，上海市优势学科2个，上海市特色学科1个，上海市重点学科2个，上海市教委及卫生局重点学科6个。
全院职工3776人，其中医师996余人（正副教授及各类高级科技人员396人）。拥有中国科学院院士陈竺、陈国强，中国工程院院士王振义、陈赛娟、宁光等一大批在国内外享有较高知名度的医学专家，其中王振义院士荣膺2010年度国家最高科学技术奖。
医院在国内最早装备PET-MR、第六代头部伽玛刀、第二代达芬奇手术机器人系统、360脑磁图、术中放射治疗系统和小动物PET-CT等顶尖设备，还拥有PET-CT、、磁共振（MRI3.0T）、256层CT、第二代64层双源CT、SPECT、SPECT/CT、磁导航DSA、、三维调强直线加速器等一大批高精尖仪器，医疗设备达到国际先进水平。瑞金医院还承担了中国首套自主研发质子治疗设备的临床研发工作，建成后将成为国内首屈一指的具有完全自主知识产权的现代化质子治疗中心。
