牡丹江医学院附属红旗医院占地面积51763平方米，建筑面积95210平方米。全院职工1672人，其中，正高级职称117人，副高级职称264人，中级职称327人，博士27名，硕士300名，硕士生导师131人。开放床位1200张，下设北山住院部、门诊部；一分院；康复中心；临床科室51个，医技科室17个；两个社区卫生服务中心。省级重点学科2个(内科学、影像医学与核医学)，省级重点培育学科1个(外科学)，省级重点专科3个（中西医结合科、精神心理科、泌尿外科），省级重点实验室2个（肿瘤疾病防治、缺血性脑卒中防治）。省级教学名师2人，省级二级教授5人，省级领军人才1人，市级领军人才12人，市级重点学科4个，市重点专科4个，医学知名专家21名，学科重点人才30名。
牡丹江医学院附属红旗医院拥有飞利浦3.0T、东软1.5T核磁共振，东芝64排、东软64排、东芝16排螺旋CT、双排飞利浦CT， 德国海德堡OCT、德国西门子数字减影血管造影机、美国贝克曼全自动生化分析仪、流式细胞仪、德国莱卡手术显微镜、直线加速器、具有四维彩超功能的东芝、日立超声、奥林巴斯胃镜和超声内镜等万元以上设备1532台件，设备总值达2.72亿元。
医院开展了腹腔镜、胸腔镜、关节镜、宫腔镜、介入治疗等微创技术，开展了心脏射频消融术、双腔起搏器植入术、脑动脉瘤夹闭术、静脉r-TPA溶栓，桥接取栓治疗、颅内血管内支架取栓治疗、颈动脉，颅内血管内支架植入术、肿瘤灌注栓塞治疗、胸腔镜下肺癌根治术、腹腔镜下结肠、直肠癌根治术、腹腔镜下巨脾摘除术、支架置入治疗各种腔道的良恶性狭窄、冷循环微波刀治疗肿瘤技术、内镜粘膜下剥离术（ESD）、ERCP、支镜下经皮微创气管切开术、经皮肾镜气压弹道碎石术、经皮椎间孔镜髓核摘除术、经皮椎体成形术、介入下三叉神经射频热凝术、妇产科腔镜诊疗技术等；开展了高位胆管癌根治术、人工全膝关节、全髋关节置换技术，颅底肿瘤、颅内巨大脑膜瘤切除术、难治性白血病诊疗、视网膜疾病手术治疗、华法林及氯吡格雷基因多肽靶向治疗药物检测、人类EGFR基因突变检测等技术，技术水平领先。
牡丹江医学院附属红旗医院承担着第一临床医学院、护理学院、医学影像学院、口腔医学院的本科及研究生教学。医院近5年发表论文2102篇，其中，SCI收录137篇，EI2篇，论著478部。医院获厅局级科研立项203项，新技术应用奖37项，获厅局级奖17项。医院独立承担国家自然基金项目3项，合作项目1项，独立承担省自然基金项目5项，累积经费200余万元。医院是中国基层糖尿病教育拓展计划培训基地，科技部高血压大数据联合实验室牡丹江实验室。
1946年，在原日本关东军第八医院的基础上成立了解放军牡丹江绥宁军区医院（现红旗医院位置），王维尚为院长，当时医院医护人员有200多人，由日本关东军医院的人员组成。
1949年2月至1952年10月1日，牡丹江市立医院，为医院前身。
1952年10月1日至1953年8月4日，松江省牡丹江医院。
1953年8月4日至1954年4月，东北军区后勤部卫生部第23后方医院。
1954年4月至1956年6月，康复医院。
1956年6月至1956年12月，牡丹江市第二人民医院。
1956年12月26日至1959年11月，牡丹江专区人民医院。
1959年11月19日，由牡丹江专区人民医院改为牡丹江医学院附属医院。
1962年11月1日，牡丹江医学院附属医院恢复牡丹江专区人民医院建制，隶属牡丹江行署领导。
1966年1月到1966年7月，牡丹江市第三医院。
1966年7月至1974年6月，牡丹江红旗医院。
1974年6月至1979年3月1日，牡丹江地区人民医院。
1979年3月1日，牡丹江医专附属医院。
1986年3月，牡丹江医学专科学校恢复为牡丹江医学院，医院更名为医学院附属医院（1988年末，医院一门诊成立）。
1996年11月29日，与医学院附属儿童医院合并，更名为牡丹江医学院红旗医院，原牡丹江医学院附属儿童医院更名为红旗医院第二门诊部、第二住院处。
1996年12月30日，医院被省卫生厅批准三级甲等医院。
2004年10月18日，医院第一门诊部、第一住院处更名为牡丹江医学院红旗医院第一分院:医院第二诊部、第二住院处更名为牡丹江医学院红旗医院妇儿分院。
2004年成为全国首批百姓放心示范医院。
2010年9月18日，通过三级甲等医院评审。
2013年1月原二分院科室搬回总院；二分院址改造成为康复中心，并于12月正式投入使用。
2013年12月8日，成立院部门诊部。
2013年临床医学一级学科获硕士学术学位授予权。
2014年获临床医学和护理学硕士专业学位授予权。
2017年2月22日，更名为牡丹江医学院附属红旗医院。
（以上数据来源官网，数据截止至2020年3月）
