宋教仁遇刺事件发生于1913年3月20日晚10点45分，奉袁世凯电召北上的宋教仁在上海北站检票口突遭枪击，22日凌晨不治身亡。接下来案件的破获，竟出乎意料的顺利。待真相大白于天下，幕后黑手竟然是袁世凯身边的亲信。
1912年2月12日，宣统退位，孙中山先生要求袁世凯到南京就职并且定都南京。同时，通过《中华民国临时约法》将总统制变为内阁制，限制总统权力。但袁世凯根本没有到南京就职，因此南京的议员们不得不同意政府迁往北京。8月25日，在宋教仁的努力奔波下，中国同盟会与其他几个团体改组成为中国国民党，准备参加第一届中国国会两院议员大选。1913年，袁世凯依照《临时约法》在全国实行选举。1月，国会两院选举结束，以同盟会为主干的国民党取得大胜。3月20日，宋教仁应袁世凯之邀从上海奔赴北京，在上海车站被刺杀，后送往医院不治身亡。
1913年1月10日，袁世凯下达正式国会召集令，命令所有当选的参众议员，于同年3月齐集北京。3月19日，袁世凯又通电全国，宣布于4月8日举行国会开会礼。3月20日晚，作为在大选中胜利的国民党代表，宋教仁应袁世凯之邀，从上海赴北京商议国家大事。3月20日10时，宋教仁及前来送别的国民党重要人物黄兴、于右任等到达车站；10时40分，当宋教仁在大家的簇拥下走向检票口时，一声沉闷的枪响过后，宋教仁捂住腹部，痛苦地说道：“我中枪了。”整个站台顿时大乱。这时，只见一人拼命逃离站台奔向出口，其间连着摔了两跤，之后沿着车站铁栏向东逃脱。混乱中，黄兴等人护送宋教仁到车站外，拦住一辆车，由于右任送宋教仁到沪宁铁路医院，其余的人留下来希望能抓获凶手。而此时，整个站台上竟没有一名巡警。击中宋教仁的子弹从他的右肋穿到腹下部，伤及小腹及大肠。医生割开伤口，从他的身体内取出子弹。子弹尖小，推测为新式勃朗宁手枪。由于宋教仁不停叫痛，医生给他注射止痛药，依然没有效果。由于不见好转，医生们不得不给宋教仁做二次手术。除了缝补大肠的穿孔外，发现他的肾脏也受到伤害，大小便失禁，流血不止。3月22日凌晨，宋教仁不治身亡。
1913年3月21日，袁世凯得知宋教仁遇刺的消息后，当即发来慰问电报，并且在发给江苏都督程德全、民政长应德闳、上海通商交涉使陈贻范、上海县知事吴馨、沪宁铁路总办钟文耀的电报中明确要求：“立悬重赏，限期破获，按法重惩。一面由该交涉使、县知事亲莅医院慰问宋君，切劝静心调治，以期速愈。”国民党籍的国务总理赵秉钧，也于当天致电北京《民立报》代转宋教仁：“闻公遇险，无任惊骇。默相吉人，幸加珍重。”宋教仁于3月22日凌晨去世后，袁世凯复电陈贻范说：“……责成江苏都督、民政长迅缉真凶，穷追主名，务得确情，按法严办，以维国纪而慰英魂。”
悬赏告示登出后不久，就有一名叫王阿法的倒卖古董的人前来报案。他声称，认识上海滩大名鼎鼎的黑帮人物应桂馨。有一天，他到应宅交易，中途应桂馨拿出一张相片，要他认仔细了，说与此人有仇，希望王阿法做掉他，作为酬金可以给一千元。王阿法说自己从没有做过犯法勾当，所以当时拒绝了应桂馨的要求。现在在报纸上看到宋教仁的相片，认出就是应桂馨给他看过的人物，因此报案。王阿法的言说虽然诸多漏洞，但是，巡警在逮捕应桂馨后，在他的家里却有意外发现。
首先抓获了一名不明身份的男子，这名男子叫武士英，被当时在刺杀现场的人认出就是凶手。其次在应宅发现大量秘密电报，竟是由当时担任袁世凯临时政府的总理赵秉钧及内务部秘书洪述祖发来。还有就是黄兴也与应桂馨有大量电报往来。洪述祖的电报内容，主要是以如何对付宋教仁为主，里面有“毁宋”的文字，提到在日本找到了宋、孙、黄等人的劣迹。而与黄兴的电文，则是帮黄兴打理钱财。由于武士英、应桂馨在租界被捕，所以两人被暂时关押在租界牢房。
1913年3月31日下午，公共租界会审公廨第一次开庭预审，由会审谳员关炯之、英国副领事翰垒德、上海地方审判厅厅长黄涵之共同主持。由于相关方面的准备不够充分，这次开庭没有进行实质性审信。
据杞忧子在《宋渔父》一书中提供的庭审记录，4月4日下午公审公堂第二次开庭预审时，先由代表公共租界巡捕房出庭的刑事检查员侃克律师介绍此前在法租界的会审公廨初步审讯武士英的情况：武士英已承认1913年2月来到上海，认识陈玉生后，于3月19日在陈玉生带领下来到应桂馨家里。3月20日，他与陈玉生再次来到应家看了宋教仁的照片，然后带着手枪前往火车站。刺杀成功后，他乘坐人力车逃到应家与陈玉生见面，并得到应桂馨夸奖。应桂馨的代理律师沃沛辩护道，行凶之人说是某人主使，而没有第三人可以证明，这样的证据是不能够成立的。沃沛虽然没有点出第三人的名字，他所说的第三人显然是指已经于3月27日被抓获归案的陈玉生。令人奇怪的是，已经被抓获归案的陈玉生，一次也没有出现在连续七次的法庭预审当中，而且从此再也没有音讯。
4月11日下午，公审公堂第六次开庭预审，应桂馨当庭说，3月1日或2日，王阿发带着吴乃文的推荐信到他家里求职。他送走王阿发后，当即吩咐手下人，以后王阿发再来就不要通报接见了。案发之后，王阿发留在应桂馨家里的吴乃文推荐信被搜查出来保存在巡捕房里。
在宋教仁案的涉案帮凶中，吴乃文是最为关键也最为神秘的一个人。吴乃文既是王阿发与应桂馨认识的介绍人，也是在现场指挥武士英刺杀宋教仁的犯罪嫌疑人之一。而在1911年11月9日上海《申报》刊登的《沪军都督府各部职员表》中，谍报科科长应桂馨手下的三名一等科员中，恰好也有吴乃文的名字。无独有偶，曾经委托王阿发到应桂馨家里登门卖画的拓鲁生，又恰好是为宋教仁送行的国民党要员。这一系列的事情，开始让人们怀疑，所有这一切与其说是偶然与巧合，不如说是前沪军都督陈其美及其参谋长黄郛等国民党人士里应外合的精心安排。
宋教仁案经过会审公廨连续七次的依法预审，遗留下来的最大疑点和盲点，就在于原、被告双方配合默契地避免了武士英与应桂馨的当庭对质。这样也使得一桩并不复杂的暗杀凶案，只要把已经抓捕归案的武士英、应桂馨、陈玉生，以及参与或见证暗杀活动的吴乃文、拓鲁生、王阿发等人拉到一起当庭对质，便可以真相大白。但是，国民党方面所需要的显然不是宋教仁案的事实真相，反而是通过真假难辨的舆论宣传，来针对袁世凯、赵秉钧及中央政府实施道德上的妖魔化，进而退出宪政民主的制度框架挑起发动号称“二次革命”的国内战争。
1913年4月26日，即宋案证据通电宣布的第二天，袁世凯以五厘高息，与英法德日俄五国银行团签订了2500万磅的巨额借款合同，作为其动兵及贿买各方的备用资金。
国民党主要领导人中，孙中山、李烈钧始终坚持兴兵讨袁，或反对、或游移的黄兴等人在袁世凯的步步紧逼下，观点不断改变，态度也在动摇，但意见最后仍未达成一致。直到袁世凯调兵遣将、军事部署完毕，撕破脸皮向国民党人发出通牒，并在6月份罢免李烈钧、胡汉民、柏文蔚三位都督之后，国民党内部才达成一致，于仓促间发动了“二次革命”。
因宋案引发的“二次革命”失败不到一月，1913年10月6日，国会选举临时大总统袁世凯为正式大总统。11月4日，袁世凯以参与“构乱”为由下令解散国民党。而在两年之前，他还视政党政治为救国良方，清廷请他出山镇压武昌起义，他提出六项措施作为条件，其中一项就是解除党禁，可他一旦当选民国大总统，就出尔反尔、倒行逆施了。此后，袁世凯更是偏离民主建设轨道，在专制复辟的道路上越走越远：1914年1月10日，强令解散国会；1914年5月，宣布废除《临时约法》；1915年12月12日，下令恢复帝制，改元洪宪，上演了一出称帝闹剧。
