天智朝八年(669年),中臣镰足死,天智天皇以其参与大化改革之功,赐姓藤原朝臣,是本姓之始。其后文武天皇诏,只准其子不比等姓藤原。壬申之乱后,不比等参加撰修律令,营造平城京,创下政治基础。其女光明子立为皇后,开藤原氏一族立后之端。不比等有四子:武智麻吕(南家)、房前(北家)、宇合(式家)、麻吕(京家),是律令制下政治势力强大的四家。其后三家在争权中失势,只北家独荣不衰。到藤原良房时,以外戚出任摄关职,以摄政或关白之名义长期左右朝政,称为摄关政治,是北家的全盛时期,并确立摄政关白由北家嫡流出任的传统。及至道长当政以后,藤原氏专权达于极盛期。此期间藤原氏以外戚干政,为所欲为,二后并立,四女三妃。东宫立妃,幼小天皇常住其家。摄政、关白、太政大臣、左右大臣之职为藤原氏一族独霸,形成摄关政治特殊体制。北家嫡流(被称为摄关家)在平安时代末期分为近卫、松殿、九条三家。
宽治元年(1087年),院政开始,实权转入院政,藤原氏势力稍衰,形式上摄关职仍由藤原氏一家出任。平氏兴起,武士开始执政,藤原氏的摄关政治体制名存实亡。在镰仓时代由近卫家分出鹰司家,由九条家分出二条家和一条家,近卫、鹰司、九条、二条、一条被称为五摄家,交替出任摄关职,直至江户末期,但摄关职已与政权无关系。
明治维新后,五摄家列为华族之首获公爵称号。藤原氏一族在政坛上活跃近一千年。不过在明治时代,因为天皇下令所有人民都要有一个姓氏,有部份地区人改姓藤原,但这些人物与历史上真正的藤原氏无关,在藤原氏颇为普遍。