黑斑小丑鱼身体表面拥有特殊的体表粘液，可保护它不受海葵的影响而安全自在地生活于其间。因为海葵的保护，使小丑鱼免受其它大鱼的攻击，同时海葵吃剩的食物也可供给小丑鱼，而小丑鱼亦可利用海葵的触手丛安心地筑巢、产卵。对海葵而言，可借着小丑鱼的自由进出，吸引其它的鱼类靠近，增加捕食的机会；小丑鱼亦可除去海葵的坏死组织及寄生虫，同时因为小丑鱼的游动可减少残屑沉淀至海葵丛中。小丑鱼也可以借着身体在海葵触手间的摩擦，除去身体上的寄生虫或霉菌等。
黑斑小丑鱼产卵在海葵触手中，孵化后，幼鱼在水层中生活一段时间，才开始选择适合它们生长的海葵群，经过适应后，才能共同生活。值得注意的是，小丑鱼并不能生活在每一种的海葵中，只可在特定的对象中生活；而小丑鱼在没有海葵的环境下依然可以生存，只不过缺少保护罢了。
黑斑小丑鱼是极具领域观念的，通常一对雌雄鱼会占据一个海葵，阻止其他同类进入。如果是一个大型海葵，它们也会允许其他一些幼鱼加入进来。在这样一个大家庭里，体格最强壮是雌鱼，她和她的配偶雄鱼占主导地位，其他的成员都是雄鱼和尚未显现特征的幼鱼。雌鱼会追逐、压迫其他的成员，让它们只能在海葵周边不重要的角落里活动。如果当家的雌鱼不见了，原来那一对儿夫妻中的雄鱼会在几星期内转变为雌鱼，完全具有雌性的生理机能，然后再花更长的时间来改变外部特征，如体形和颜色，最后完全转变为雌鱼，而其他的雄鱼中又会产生一尾最强壮的成为她的配偶。
