柯尔克孜马主要分布于中国帕米尔高原地区，中心产区位于新疆维吾尔自治区克孜勒苏柯尔克孜自治州乌恰县乌鲁克恰提乡，克孜勒苏柯尔克孜自治州三县一市的广大牧区以及周边地区均有分布。柯尔克孜马的形成与柯尔克孜族的历史、文化和生产、生活习惯有着密切的关系，与天山、帕米尔高原恶劣的自然生态环境有着密切的关系。
柯尔克孜马体质干燥结实，有悍威。头中等大、清秀，下颌宽，眼大有神，耳大小中等、直立而灵敏，嘴唇薄软，鼻孔大，鼻翼薄。颈长适中，髻甲中等高。胸廓较深，多为平胸，脸宽适中。腹紧凑、不下垂，背腰平直。多为斜尻，尻部长短、宽窄适中。四肢骨骼粗壮，关节、肌腱、韧带轮廓明显。前肢为正肢势，系部长度约为管长的1/3，倾斜度为450~50;后肢略呈刀状肢势。蹄中等大，蹄质致密、坚实。鬃、鬣、尾毛浓密发达。毛色主要以骝毛、栗毛为主,黑毛、青毛次之，有个别沙骝毛个体。据2007年对乌恰县150匹马的毛色统计，骝毛占32.7%、栗毛占30%、黑毛占18%、青毛占11.3%，其他毛色占8%。个别马头部和四肢有白章。
柯尔克孜马是经过柯尔克孜人民长期辛勤培育形成，现在的柯尔克孜马广泛分布于新疆西南部的天山、昆仑山和帕米尔高原，柯尔克孜人西迁天山山区和帕米尔高原以后，游牧于崇山峻岭之中,逐水草而居，没有棚圈，不贮冬草，无医疗设备，几乎处于一个半封闭的状态，正是这种特殊的自然环境和生产条件,使得柯尔克孜马--直没有与外来品种马混血，保留着我国古代马的原始特征。同时也造就了柯尔克孜马适应性好，能抵抗各种恶劣自然条件，善于在山路奔驰的独特性能。
2009年11月，柯尔克孜马被列入农业部《国家畜禽遗传资源目录》。
上马仪式是柯尔克孜人的生活习俗之一，在孩子5岁时，要教其单独骑马，第一次骑马要举行上马仪式。仪式庄严隆重，还要表演各种节目，唱《玛纳斯》史诗等。柯尔克孜民族流传着大量有关马的诗歌、民间故事、民间谚语，还有掉罗勃左节（每年的3月7~9日）等与马有关的传统节日，以及如赛马、叼羊、马背角力、飞马拾物等有关马的民间体育活动。以上民族文化活动促进了柯尔克孜马的形成与发展。
