深圳市蛇口育才教育集团育才二小于1988年诞生在特区中的特区——深圳蛇口半岛，原为招商局蛇口工业区创办的子弟学校。办学之初，学校因独特的办学背景和高起点、高标准、高质量的办学成果，迅速成为一所特区名校。2000年7月学校移交给南山区政府，学校由企业办学转为政府办学。2003年中国第一个公办教育集团——育才教育集团成立，育才二小是集团首批成员学校之一。
育才二小占地面积13375平方米，建筑面积10012平方米，43个教学班，学生2020人，毕业生288人，其中深户学生90%以上。学校教学设备配套齐全，设施齐备，有专有乒乓球馆、体操馆，有广播、监控、电视、电话、有线网络、无线网络等相对独立又互为一体的六个校园系统和终端。还有足球队、篮球队、合唱团、舞蹈队、体操队、合唱团。先后建成了无线网、局域网、电视网、广播网"四网合一"的校园数字智慧校园平台。
学校教师结构合理，教职工125人，研究生学历、硕士学位16人，老师素质全面，会教书，善育人，能科研，敢创新，作风务实，优质的教师队伍、敬业爱生的师德和务实的教学风格深受家长的好评。
育才二小本着“用心灵塑造心灵，用智慧启迪智慧”的教育理念，实施素质教育，按照“以生为本、基础扎实、素质全面”的指导思想，扎扎实实地推进课程改革，努力建设一流的办学条件、一流的教师队伍、一流的育人环境，不断追求一流的办学质量，获得良好的办学效益。评督导估专家一致认为：“育才二小发展得很好，在深圳市是家喻户晓，校园环境优美，办学理念先进，育人措施正确，办学目标清晰，教师队伍优良。阳光德育、智慧课堂、优质网络、和谐家校、幸福校园，办学特色鲜明亮点纷呈。”
长期以来，学校坚持校园“三化”（文化、绿化和美化）、“四园”（文化、平安、节约、绿色校园）建设，传承包容、多元、求是、奉献的学校文化，着力打造具有浓厚现代人文气息的“文化二小”。
学校以转变学习方式为核心，推进智慧课堂建设，探索国家课程校本化，构建数字化学习社区，实施国家课程校本化改造，大力推进语文主题阅读，探索网络作文，开展生本教育实验，实施数学整体模块学习，开展英语“1 1”课程教材实验，引进国际原版绘本阅读教材，保证了稳定的优良教学质量，打造“质量二小”。
学校注重孩子个性发展，重点关注学生独立人格、独立思维、独立应对、特长爱好，自我负责、守护规则等个性心理和品质的养成。强调“男孩立志气、女孩养气质”，开设丰富多彩的学生社团，实施善雅教育，培养阳光少年，打造“个性二小”。
学校历届班子务实创新，勇于进取，团结广大教师取得了显著的办学成绩。学校首倡“手拉手”爱心行动，启动了“希望工程”，在全国产生了良好影响；于1995年被评为广东省一级学校。近年来，在深圳市、南山区教育局和育才教育集团的领导下，学生全面发展，有个性，有特长，教学质量在南山区名列前茅。学校先后被命名为“全国素质教育实验基地”、“全国小学数学教学改革实验学校”、“全国少先队教育科研实验基地”、“全国少先队小记者实践基地先进单位”、“全国十大藏书票实验基地学校”、“中央电视台少儿电视俱乐部会员学校”、“全国网络教育示范单位”、“广东省基础教育加强思想道德建设重点实验学校”、“全国未成年人思想道德建设先进学校”、“全国手拉手十佳学校”、“广东省现代信息技术示范学校”、“广东省心理健康教育示范学校”、“深圳市教育系统先进单位”、“深圳市首批现代信息技术示范学校”、“深圳市广播体操标兵学校”“深圳市办学效益奖”、“深圳市素质教育特色学校”等荣誉。
育才二小正以坚实的步伐沿着实验性、示范性的发展之路，向着现代化、国际化的方向迈进，努力办成为省市区较优质的学校之一。
育才二小自1988年成立至今，经历了企业办学、政府办学，后又成为育才集团旗下的一所小学。她随着改革开放的步伐不断前进，发展迅速，为蛇口社区的教育做出了重要贡献。在二小的成长历程中，先后有五任校长主持工作，每一任校长的工作既保持连贯性，又各具特色。因此，特以五任校长的任期为界，分五个阶段记述。
第一阶段：艰苦创业（1988.9－1993.8校长 李卓志）
育才第二小学成立于1988年9月1日，占地1.24万平方米，是蛇口工业区投资建设的第四所学校，也是最后一所学校。育才二小成立时是育才学校的第二小学部，李卓志作为育才学校副校长主持二小工作。1989年9月，育才三所学校从管理体制上彻底分离，育才第二小学才成为独立事业法人，命名为招商局蛇口工业区育才第二小学，李卓志任校长。
1988年9月建校时，育才二小接收了育才一小部分学生，又招了4个班新生，6个年级仅有16个班，600多名学生。以后逐年扩展，至1993年，教学班已扩展到24个，在校生达1000余名。因为是企业办学，所以当时的学生绝大多数是蛇口工业区职工子女，相比较深圳其他学校的生源，他们的基本素质普遍较高，这是育才二小在高起点上发展的一个重要因素。
二小成立的当年有教师40人，除育才一小有部分中青年骨干教师自愿到二小任教外，多数教师是从内地招聘而来。年轻教师比例高，学历水平高，大专以上学历达51.9%。为将优秀教师招揽到二小，李校长不辞辛苦，奔走于全国各地。他三赴上海，“三顾茅庐”聘请到一位教学经验丰富的退休教师 ，传为一段佳话；远赴东北，用真诚扣开了当地教委、人事局的大门，将特级教师调入还破格调入一位有专长的电脑教师，一时间二小汇聚了一批优秀教师，并组建了一支优秀的领导班子。这是二小得以在高起点上发展的又一重要因素。
仅一年时间，二小的办学已初见成效。首届毕业生统考，二小获得蛇口片区的第一名；参加深圳市航模比赛获第一名；学生的科普论文发表在报刊上。
1990年，育才二小获全国“手拉手”十佳学校荣誉称号。并向全国的少先队员倡议，“每人拿出一元压岁钱，为贫困地区建一所学校”。1991年2月17日，《中国少年报》在头版头条全文刊登了杜旻书代表同学们起草的“捐献压岁钱，盖希望小学”的倡议书，中央人民广播电台也播发了这个消息。于是，一个影响了蛇口、深圳乃至全国的德育工作思路“手拉手”活动，在二小率先轰轰烈烈的开展起来，二小也因此成为“希望工程”的发起者之一。
1990年，沈文建被评为深圳市十大杰出青年。
1991年，二小主办了“明天会更好”全国夏令营活动。
1992年12月，二小顺利通过市级学校评估，成为较早的市一级学校。
1993年8月，李卓志校长调往联合医院任职。
第二阶段：蓬勃发展显峥嵘（1993、9－1996、4校长 成培华）
1993年9月，成培华接任育才二小校长。此时，学校规模进一步扩大，已有教学班24个（其中有学前班2个），学生数达千人以上。教师人数增加到78人，大专学历以上者达72.1%，中级职称人数达76.3%.加之以前已成为深圳市级学校，育才二小已初显峥嵘。
为了进一步改善办学条件适应深圳人口的发展，二小向工业区申请建一座综合楼，得到批准。1993年工业区投资140万元兴建，1994年竣工投入使用。此综合楼主要用作功能室，其中有图书室、教师阅览室、学生阅览室、自然实验室、计算机教室、校史室、音乐舞蹈教室等，办学条件得到第一次改善，为后来顺利通过省级学校的评估打下了良好的基础。
育才二小在90年代初加入了由著名教育家吕型伟教授主持的国家教育部“八五”重点课题《21世纪中小学幼儿园现代化教育模式的研究》课题组，并承担了子课题《教育社会化》的研究任务。许多老师自觉的学习和探索教育教学理论，都积累了心得体会。1994年9月，学校将老师们的论文结集出版，书名为《教育教学论文集》（内刊），时任南山区教育局局长的刘迅副教授为此书做序。
1995年，学校将老师们的优秀教案选结集出版（哈尔滨出版社），原育才学校校长陈难先为此书做序。
学校先后与蛇口集装箱码头、蛇口大铲岛边防检查站、香港国际学校等单位签定协议书，建立教育教学基地和联谊学校，定期组织学生参加社会实践活动。
1994年的“六·一”，育才二小的黄浩梅同学与连平的“手拉手”伙伴应邀同赴北京中南海，受到江泽民等党和国家领导人的亲切接见，共同享受殊荣。
1995年7月，育才二小首次顺利通过广东省省级学校的评估。省一级学校的评估标准涉及办学硬件和软件共100多项指标，获得省一级学校称号，标志着育才二小在各方面已处于广东省，特别是深圳市的领先地位。
1996年4月，成培华校长调往育才二中任职。
第三阶段：稳步前进规模巨（1996﹒4－2000﹒12校长 苏耀秋）
1996年4月，经过竞聘，苏耀秋走上育才二小校长岗位。
此时，教师增加到82人，大专以上学历达74.5%，中级职称占87.1%。教学班已达32个，学生数超过了1300人。到了1998－1999年度，教学班发展到35个，学生数达1536人。以苏耀秋校长为核心的新一届领导班子，以踏实、务实、勤奋、公正的作风，使育才二小的教育教学工作稳步前进。
1997年9月，学校举办青年教师基本功比武系列活动。同年，束欣、侯争华两位老师在南市区教师基本功竞赛中获得一等奖。
1997年，学校承办了南山区“教育强区课堂教学现场会”，活动圆满成功，二小老师的课受到广泛好评。
1997年，学校将足球场的草皮重新铺设，在一定程度上改善了校园环境。
1999年4月，深圳市新教法研究会数学课现场研讨会在二小举行，二小的课堂教学再次得到好评。
1999年10月，全国小语会主办的青年教师阅读大奖赛在昆明举行，育才二小组织一批老师前往观摩。
1999年4月，育才二小的部分师生去连平进行社会实践，《河源报》以“手拉手，我们都是好朋友”为题进行了报道；2000年4月，育才二小的部分师生再去连平进行社会实践，这项活动整整进行了十年。《连平报》在第三版用2/3的版面，以“情满大山”为题，图文刊登活动纪实。
1997年，学校组织学生参加深、港联合举办的“千里长卷迎回归”活动，画卷被深圳市政府收藏。
1998年，学校舞蹈队应邀赴香港参加招商局成立125周年庆祝活动，深受欢迎。
1998年，育才二小学生藏书票作品在深圳市荔枝公园展出，中国藏书票协会副会长梁栋先生等书画界名人到场并剪彩。
1999年，育才二小学生赴北京参加邮票设计大赛并获奖。
1999年11月，由苏耀秋校长牵头、王彦主任具体负责，组织老师编辑学生作文，结集出版育才二小首部学生作文集《童年花絮》（内刊）。
1999年12月的最后一个夜晚，为了迎接新世纪的曙光，育才二小在校园的操场上举行了盛大的篝火晚会。
1999年3月和5月，深圳市及广东省教育督导室分两批对育才二小近几年的发展做进一步复查复评。评估组对二小的评价是：德育工作有特色，教学工作由特长，个性培养有成效，对于育才二小近年的办学水平给予了充分的肯定。
2000年3月，深圳市南山区人民政府和招商局蛇口工业区有限公司签署协议，蛇口工业区育才二小移交给政府管理。学校性质由企业办学转变为政府办学，育才二小成为一所公办小学。
2000年12月，苏耀秋辞去育才二小校长职务。
第四阶段：再度创业蓝图宏（2001、2－2012、9，校长 王升平）
2001年2月，王升平校长受南山区教育局的委派，成为育才二小的第四任校长。学校紧紧围绕“用心灵塑造心灵，用智慧启迪智慧” 这一育人理念，在优化领导班子建设、创新学校管理制度、强化师德师风建设、提高教育教学质效、提升校园文化品味、创建温馨和谐校园、以信息化推进现代化建设等方面取得了突出的成绩，获得了社会和家长的广泛赞誉。 老师在全国第十届多媒体设计大赛中获得了一等奖，接受了陈小娅副部长的颁奖。信息化促进教育科研化、社会化和素质化已形成了鲜明的办学特色。王升平任职之后，在短短的时间里，就以其深厚的教育功底，超前的办学思路，使学校由企业管理模式平稳过渡到政府管理模式，同时为了学校更大的发展，开展改造工程，取得了一系列显著成效。
相对于其他政府创办的学校而言，育才二小建校较早，在交给政府的时候，一些硬件方面已处于落后状况。要把一所老学校办出新特色，一方面要创建，另一方面要改造。在南山区教育局的支持下，王校长开始了创建与改造工程。
王校长特别重视计算机网络建设，并为此投入了大量的精力和物力。这是他的远见，与2002年南山区教育局提出的“抢占信息技术制高点”的主张不谋而合。2001年暑假，校园网建设全面动工。 区政府投资150多万元为二小建成了校园网，共设有368个终端信息点，网络采用星型拓朴结构，“千兆为主干，百兆到桌面”。交换机、服务器采用较新产品和较好配置，容量达570G。两个电脑室共有电脑121台，两个教学班的学生可以同时上课，人手一机。电教室由集成化电脑控制，图文声像多媒体一体化，具有良好的交互性，使用极为简单方便。为了普及现代化信息技术，提高教育教学质量和效率，学校的39个教室装备了电视机、实物投影仪、录音机，为每位教师配备了一部笔记本电脑，实现了新式的“四机”合一。已有的计算机网络教室也得到改善。2001年8月，网络教室安装奔腾Ⅲ电脑55台套；开辟了新的教师课件制作室；原电教室改为中控系统，更新了液晶显示仪；计算机室的所有电脑换代升级；与招商天宇网络公司合作，将校园网与internet、社区及学生家庭联网。2001年9月－2002年8月，校园网服务器升级，建立了小型实用的软件库、资料库和数据库，满足学校终端和学生家庭终端的需要；建成校园信息显示屏幕及电子信息窗，进一步完善校园网与internet、社区及学生家庭联网的功能，建立“校园网－internet－学生家庭终端”信息高速公路，初步实现“办公、教学、管理网络化”，学校、家庭资源共享。二小的校园网已形成“三网合一”（校园网、电视网、广播网）的校园信息化框架，办公室、功能室、教室全部宽带接入互联网，部分信息技术实验班已装备了电脑、电视、投影仪、视频仪、影幕等一流教学平台，教师们正在不断探索网络教学新模式，建网、建库、建站、建制的工作有条不紊地进行并初见成效，为老师利用信息技术手段授课提供了可靠的保证。
2002年7月，南山区教育局为二小投资100多万元人民币，改造运动场。
2002年11月，学校耗资200多万元人民币，重新装修旧教学楼。装饰一新的教学楼，与新建的塑胶运动场、篮球场，焕发出生机与活力，使育才二小旧貌换新颜，外部育人环境得到优化。
2001年学校从原来蛇口工业区实行的“五四制”改为与政府接轨的“六三制”。
2001年12月，在王校长的努力下，二小得到1300平方米的地皮，2003年9月建成联楼，为学校的进一步发展奠定了坚实的基础。。
2002年7月，由王校长挂帅，，二小又承担了课题“面向未来的基础学校”（吕型伟做顾问，顾泠沅、吕达牵头的教育部“十五”规划重点课题）的子课题《中华文化环境中，小学生社会意识的培养与个性人格的形成》，由南山区教育局刘晓明任课题组组长，王升平校长任副组长。
2002年10月，二小成为由北京师范大学何克抗教授主持的“跨越式发展”（国家级重点课题）的实验校，并承担其子课题《网络环境下基础教育跨越式发展创新实验》的研究工作。
2002年5月，二小《“群、环、场”育人模式提高德育效能研究》被评为广东省教育科学“十五”规划课题。
2001年9月，二小在南山区广播操评比中，获得总分第一名，教育局确定为游泳基地学校。
2002年区教育局确定二小为体操基地学校，区体育局投资15万，为二小建设体操训练馆。
2002年5月1日深圳书城弘文艺术有限公司举办育才二小藏书票作品展。
2002年3月4日，深圳市教育局及南山区教育局领导对我校进行办学效益评估，育才二小的教育教学工作受到好评，获得深圳市办学效益奖，奖金50万元。这一奖项的获得，标志着育才二小的整体办学水平达到一个新的层次。
2003年4月，育才教育集团成立，我校改名为深圳市育才教育集团育才二小。
2003年9月，学校组建一个网络教学实验班。
2003年9月张慧生荣膺“治安勇士”称号。
2003年10月15日英中协会英国英中教育协会代表余昌君女士及英国三一学校校长克瑞斯先生来访
2003年10月29日广东省中小学心理健康教育示范学校”挂牌仪式在我校隆重举行。
2004年2月9日，我校启动阳光少年成功计划。
2004年2月至今，学校DV小组自拍DV短片100余部并在中央电视台少儿节目栏目播出。我校已成为中央电视台少儿体验栏目的记者站。
2004年2月，学校信息处为在校学生摄制校园成长记录片(视频档案)，此举受到广东省、深圳省各大媒体关注，2月17日的《南方日报》、《深圳商报》；2月20日的《晶报》、《羊城晚报》；2月23日的，《蛇口消息报》均对此事进行了报道。
2004年4月22日，全国少儿版画研讨会在我校召开，王升平校长就学校特色及集团办学思路向大会作了介绍。
2004年6月20日，我校被评为深圳市首批信息技术示范学校
2004年11月19日，育才二小迎来了美国代表团——三藩市联合校区（高中）的十名客人。大家还一同观看了中央电视台《大风车》“我看见”播出的育才二小学生自拍DV专辑录像。
2004年我校获全国中小学生思想道德建设优秀成果集体一等奖并被授予“2004年度全国中小学生思想道德建设活动先进单位”。
2005年11月我校教师罗小丹代表广东省参加全国音乐教师基本功比赛获个人全能一等奖。
2006年3月31日我校进行了广东省《网络环境下课堂教学有效性研究》课题的现场结题。
2006年11月，我校徐家栋、赵海英老师获全国多媒体软件大赛一等奖。
第五阶段：（2012﹒9——现在校长 汪洪）
2012年9月南山区教育局党委任命汪洪同志担任育才二小校长，成为学校第五任校长。汪洪校长注重继承与发展，传承与创新，提出了质量二小、个性二小、人文二小的发展方向，二小步入新的发展阶段。
2013年，学校启动生本教育实验，开展以生为本的课程建设。通过几年的扎实探索，我校生本教育已成为全国实验学校的一面旗帜，并产生了广泛的影响。学校探索国家课程校本化，构建数字化学习社区，实施国家课程校本化改造，大力推进语文主题阅读，探索网络作文，开展生本教育实验，实施数学整体模块学习，编辑《育才二小学本数学》，开展英语“1 1”课程教材实验，引进国际原版绘本阅读教材和外籍教师授课，体育实行分项课教学，形成了以生为本的个性化的课程体系。
学校在原来阳光少年评比的基础上，形成了个性化的阳光少年评价体系。1-3年级采取综合素养评价，4-6年级采取多元素养评价。此成果成为深圳市德育示范性成果，学校被南山区委授予未成年人思想道德建设示范学校。2013年参加南山区质量抽测总体水平名列前茅，语文学科位列全区第一名。
1014年，学校总结以学为本的智慧课堂体系，形成智慧课堂的基本课型结构，通过打捆式教学研究，整理智慧课堂的实务手册，实行教学质量监控的单元联评联测，关注学生学习能力和学科素养的提升，学生学科知识扎实、求知欲明显增强，学生学业成绩继续保持优秀水平。
学校开展全面的社团活动，形成丰富多彩的社团超市。为了促进学生兴趣特长发展，学校设立了30多个精品社团。课余时间，运动场上生龙活虎，音乐室里歌声飞扬，体操、游泳、健美操、足球、篮球、三棋比赛屡屡获得殊荣，校园吉尼斯精彩纷呈。2014年、2015年学校健美操队连续获得由国家体操管理中心举办的全国健美操比赛小学组冠军。2014年学校被深圳市教育局确定为素质教育特色学校。2015年 学校被确定为深圳市和南山区游泳、体操、健美操、手球传统项目基地学校。
为了应对大量老教师即将陆续退休的现实，2014年学校启动“老育才、新优师”教师专业发展行动，以八大举措落实专业发展，成立协作小组，强化基本功训练，一大批年轻教师快速成长。李苑、宋玉菡、梁丹曼、余道兵、宫春晓、刘美红、倪玉芳、李晓燕、谭瑜萍、张雅琛、郑媛玲等一大批年轻老师在南山区教学比赛和基本功比赛中获得一等奖。2014年王晓辉老师通过区市省层层选拔，继获得广东省一等奖后，代表广东省参加全国小语会举办的小学语文教师教学大赛获得一等奖。
2015育才二小参加育才集团教学质量监测总体成绩十分突出，是年，育才二小以优良的教育质量荣获“南山区人民政府质量奖”（以全票通过）。为了扩大优质学位，满足社区的需要，2015年南山区政府对学校进行改扩建立项，并启动施工前期工作，不久将来一所风格特别的现代化校舍将屹立在大南山脚下的蛇口自贸区的中心区域。在2016年夏天，推土机把二小陈旧的教学楼夷为平地，百废待兴。
2018年冬育才二小经过了一年半的改建变成了一所现代化、国际化的小学。
