缙云黄芩是唇形科、黄芩属多年生草本植物。多年生草本；根茎匍匐，在节上生纤维状根。茎直立，高30-60厘米，四棱形，在棱上微具翅，沿棱上被向上的短柔毛余部近无毛。
叶自茎基部向上增大，茎下部者细小，圆形至卵圆形。花对生，组成顶生一侧向长8-10厘米的总状花序；总梗长2-3厘米；花梗长3毫米。
花盘肥厚，前方膨大；子房柄长0.5毫米。花柱细长。子房光滑，4裂，后对裂片较大。
成熟小坚果黑色，卵状椭圆形或圆肾形，长约3毫米，具瘤，腹面中央具一果脐。花期4-5月。
中国重庆市缙云山。
多年生草本；根茎匍匐，在节上生纤维状根。茎直立，高30-60厘米，四棱形，在棱上微具翅，沿棱上被向上的短柔毛余部近无毛，常呈暗紫色，不分枝或少分枝。
叶自茎基部向上增大，茎下部者细小，圆形至卵圆形，长常不及1厘米，先端急尖，基部浅心形，茎中部以上者卵圆状披针形至披针形，最上部者最大，长4-8厘米，宽1.5-3.5厘米，先端尾尖至尾状渐尖，基部圆形至浅心形，均边缘具远离波状具胼胝体的小牙齿，坚纸质，上面绿色，下面较淡或微带紫色，两面除沿中脉及侧脉上被极细的短柔毛外余均无毛，侧脉3对，与中脉在上面多少明显下面突出；叶柄近无或极短，长0-4毫米，腹凹背凸，被短柔毛。
花对生，组成顶生一侧向长8-10厘米的总状花序；总梗长2-3厘米；花梗长3毫米，下部1/3有一线形长不及1毫米的小苞片，与序轴密被短柔毛及具腺有节的微柔毛；苞片狭披针形，长1-1.5毫米，无柄，无毛，早落。花萼长2.5毫米，外密被短柔毛及具腺有节的微柔毛，盾片平展，高1.75毫米。
花冠白色，但檐部淡红至紫色，长1.7-1.9厘米，外疏被具节微柔毛；冠筒前方基部曲膝状，中部宽2.5毫米，向上渐宽，至喉部宽达5毫米，内面于曲膝处疏被小疏柔毛；冠檐2唇形，上唇盔状，先端微凹，下唇中裂片三角状卵圆形，基部宽4毫米，先端微凹，两侧裂片卵圆形，宽2毫米。雄蕊4，二强；花丝扁平，中部以下具纤毛。花盘肥厚，前方膨大；子房柄长0.5毫米。花柱细长。子房光滑，4裂，后对裂片较大。
成熟小坚果黑色，卵状椭圆形或圆肾形，长约3毫米，具瘤，腹面中央具一果脐。花期4-5月。
缙云黄芩是中国重庆市缙云山特有的分布种。
主要生长于海拔280-820米的林下或林间空隙，尤喜水沟边或路旁林沿等阴湿但又有一定光照的环境。
外植体的消毒：将缙云黄芩枝条去除叶片，保留腋芽和顶芽，用自来水加适量洗衣粉清洗，再用自来水洗净，后流水冲洗1小时，75%乙醇浸泡30秒，后用无菌水冲洗，再用0.1%升汞消毒6分钟，最后用无菌水冲洗。
无菌苗的获得：将处理好的枝条剪成1.0-1.5厘米的带顶芽或腋芽的茎段，接入pH5.8的MS培养基（其中添加蔗糖30克/升，琼脂6.2克/升）。植入2-3个外植体，在光照度5000勒克斯，光照时间14小时/天，温度25℃光照培养箱中培养18天，获得无菌苗，用于不定芽的诱导。
培养40天后，缙云黄芩无菌苗能够在MS培养基上较好地生长，茎较粗壮、直立，顶部少量褐化，新叶呈健康绿色，叶片伸展，少数无菌苗长出须根。
不定芽的诱导：将无菌苗茎段和叶片在无菌操作台上切成0.5-1.0厘米长度茎段，接种于6-BA2.0毫克/ IAA0.2毫克/升的植物生长调节剂配方的MS培养基中，在光照度5000勒克斯，光照时间14小时/天，温度25℃培养箱中培养，60天后出芽率达到75.0%。
插穗的采集和处理：阴天早上8:00-10:00采集插穗，采穗前用喷壶给叶面洒水，防止穗条失水。用修枝剪把穗条截成长10厘米左右，每根插条保留最顶端两叶和一芽，除去基部叶片，切口为直角，平滑无破裂。
扦插方法：将缙云黄芩切口部位在植物生长调节剂IAA50-80毫克/升的溶液中浸泡2小时后进行扦插。扦插基质为腐殖土∶蛭石∶珍珠岩=3∶1∶1，扦插深度3厘米，插穗间距10厘米。
在25℃、光照度3000勒克斯、光照时间14小时/天的温室中培养，每天浇水，30天成活率为为75.0%。将缙云黄芩扦插苗移栽至发现地（原生境）。通过移栽后的7、30天，一季度等时间段的观察，认为扦插苗已经适应了野外环境，扦插苗野外回归存活率100.0%。
缙云黄芩根茎可入药。其提取物和单体化合物具有抗肿瘤、保肝、抗氧化、抗炎、抗惊厥、抗菌、抗病毒等作用。
列入《中国生物多样性红色名录-高等植物卷》（2013年9月2日）——无危（LC）。 缙云黄芩是重庆市首批重点保护野生植物之一，并被确定为重庆市8种极小种群野生植物拯救保护对象之一。
尽管2013年缙云黄芩被收录到《中国物种红色名录》，但其濒危等级仅定为无危（LC），调查发现与其真实生存状况不符，缙云黄芩亦未得到足够的重视和保护。依据国际上普遍采用的《IUCN红色名录等级和标准》及地区指南，缙云黄芩已处于极危（CR）状态；依据中国极小种群野生植物濒危程度评价指标体系，缙云黄芩进行濒危等级预评估，得到缙云黄芩的综合评价指数C为0.39，表明缙云黄芩已处于Ⅳ级濒危状态。
截止2017年，缙云黄芩仅分布于重庆缙云山海拔280-820米的零散区域，现仅存9个居群，繁殖方式以根茎无性繁殖为主，种群由许多无性系分株构成。在自然环境中，缙云黄芩居群呈“岛屿”状分布，分布区面积仅为1.5平方千米。各居群之间相互隔离，距离相对较远，存在生殖隔离，且每一居群占有面积狭小，分布范围在进一步缩小。
居群面积小且呈相互隔离的屿状分布，现存个体数量较少。缙云黄芩种群数量及个体数量呈减少趋势，分布范围和个体数量不断减少，已经处于濒危状态。缙云黄芩主要面临的是在一定的生境中与其伴生物种对资源利用的相似性程度较高、生境及种群遭人为破坏严重的问题，这也是导致其濒危的重要因素。由于缙云黄芩小坚果萌发率低，其有性生殖能力亦较低。因此，对缙云黄芩的保护迫在眉睫，应尽快采用人工栽培帮助其复壮和扩大居群。
针对缙云黄芩严峻的生存现状，建议中国重庆市缙云山自然保护区管理局在缙云黄芩分布区设立“缙云黄芩极小种群保护小区”，并实施以下措施：
加强宣传，提高管理人员和民众的保护意识。建议在保护小区内设立宣传栏、植物挂牌（道旁易受人为活动影响的种群）等形式对缙云黄芩进行宣传，提高人们的认知水平，使人们对其有“我认识，我知道，我保护”的意识，以达到进行有效保护的目的。
就地保护和迁地保护有机结合。加大对缙云黄芩种群生境的保护力度，使现有种群不再退化，避免潜在的生存风险；同时实施有效的迁地保护，建立缙云黄芩保护中心，进行集中有效的保护。
加强研究，为缙云黄芩的保护提供更多的科学依据。对缙云黄芩已经开展了形态分化、群落特征、种群生态位、等位酶和遗传多样性等方面的研究，然而对其繁殖特性的研究极其欠缺，尤其是生殖方式的研究。建议应该加强繁殖特性的研究，为该物种的保护提供科学的理论和实践依据。
建设人工繁殖试验基地，进行种苗繁殖试验，建立缙云黄芩快速繁殖体系，并适时开展野外回归。
建立缙云黄芩的种质资源库。将缙云黄芩的种子、器官、组织、花粉等种质资源贮藏于资源库中，以备研究需要。
