新疆维吾尔自治区维吾尔医医院始建于1954年，最初是一个集体所有制的门诊部。1976年6月在“乌鲁木齐市天山区维吾尔医联合门诊部”的基础上成立了乌鲁木齐市民族医院。1989年经自治区人民政府批准，更名为“新疆维吾尔自治区维吾尔医医院”。该院隶属于自治区卫生厅管理。经过50多年的发展，现已成为一所集医、教学、科研为一体的综合性三级甲等维吾尔医医院。
该院是国家中医药管理局认定的三级甲等民族医院、重点民族医医院、中医药文化建设试点单位、中医药标准化研究推广基地、维吾尔医皮肤科、维吾尔医骨伤科、维吾尔医妇科、维吾尔医肺病科、维吾尔医脾胃病科、维吾尔医密杂吉科等六个国家民族医重点专科建设项目建设单位。新疆维吾尔自治区维吾尔医白癜风诊疗中心。
医院设有内科、皮肤科、骨伤科、干保科、理疗科等临床科室，以及维西医结合的外科、妇产科、急诊科、感染科、口腔、手麻科等临床科室;医技功能检查科包括放射科、检验科、功能检查科（心电图室、B超室）。
目前，该院有国家中医药管理局师带徒指导老师2名，继承人5名。院级师带徒指导老师3名，继承人5名。每年标准化培训1200人次。培养住院医师400名，接受实习生150人，进修生100人。该院是与中国中医科学院对口支援合作单位，建有中国中医科学院新疆维吾尔医药研究基地，中医/维吾尔医信息应用联合研究室，开办了中国中医科学院维吾尔医药方向研究生课程，已结业学员85名。
