陆生脊椎动物有425种，其中兽类82种，鸟类278种，两栖类30种,爬行类35种。有国家一级保护动物7种（如大熊猫、牛羚、林麝等）二级保护动物36种（如小熊猫、黑熊、猕猴等）。
植物有1900种，属国家珍稀濒危保护种子植物44种。有国家一级保护植物7种（如红豆杉、珙桐、银杏等）、二级保护植物30（如水青树、厚朴、梓叶槭等）。
四川瓦屋山自然保护区地处动物地理分布的古北界与东洋界过渡地带的邛崃山支脉峨眉山西北面，四川盆地西缘大相岭东南麓，地理坐标介于东经102°49′—103°00′，北纬29°25′—29°34′之间，西接荥经县和雅安市，南临汉源县和金口河区，东、北与洪雅县瓦屋山镇的长河坝村、燕子岩村、雷坪村、石溪村、孔雀村、复兴村、罐坪村，高庙镇的黑山村集体林界相连，行政隶属眉山市洪雅县，总面积36490.1公顷，其中核心区26498.3公顷、缓冲区5826.3公顷、实验区4165.5公顷。
根据《四川森林土壤》地理分区，瓦屋山保护区属于盆地西缘山地土壤区。土壤的分布情况在生物气候条件的影响下，垂直带状分异现象十分明显，由低海拔到高海拔分布着山地黄壤——山地黄棕壤——山地恢化土。
该区域气候位居中亚热带湿润气候区，属山地气候类型，加之受太平洋季风、高原季风、北方冷气团以及海拔的影响，气候湿润温和，雨量充沛，提供了该区域多生物物种的生长繁育。
保护区内溪沟、河流主要为周公河（炳灵河）水系。年均流量为35.3立方米/秒，最高流量可达2130立方米/秒，平均径流量为11.05亿立方米。集双洞溪、代国槽、凉风岗、燕子岩等三十多条支沟之水，注入青衣江。
保护区系峨眉山向西南与东北延伸构成，峨眉山—瓦屋山断裂地带，整个地形由西向东北逐渐倾斜。地质结构主要为中生代的砂岩、紫色砂岩、石灰岩，形成多种金属矿。最高海拔3269米（六二九山），最低海拔1138米（金花桥）。
四川瓦屋山自然保护区前身是洪雅县林场。
1998年起停止天然林采伐。
1993年，四川瓦屋山自然保护区（以下简称保护区）由四川省人民政府以川办发1993（67）号文批准成立，是以保护大熊猫及其珍稀野生动物为主的森林和野生动物类型的自然保护区。
2001年8月，四川省林业勘察设计研究院及四川省野生动物资源调查保护管理站受省林业厅保护处委托编制了《四川瓦屋山自然保护区总体规划》（2002年）。
2004年，瓦屋山国家森林公园被四川省人民政府批准成立“四川瓦屋山自然保护区”，并设立了管理局。
