在南斯拉夫解体之后，斯洛文尼亚独立参加了多次男篮世锦赛，在2006年的男篮世锦赛中，斯洛文尼亚和中国男篮同分在一个小组，就在出现争夺战中，斯洛文尼亚成为了悲剧的主角，在终场前5.8秒他们还领先2分，此时中国队发底线球，王仕鹏带球狂奔到前场后直接完成了一记大号三分绝杀，从而凭借净胜分的优势排名小组第四挤掉波多黎各闯入16强，而斯洛文尼亚队名列小组第三进入16强，在1/8决赛中84-90惜败给土耳其。最终在那届男篮世锦赛中，斯洛文尼亚获得了第12名的成绩。
斯洛文尼亚也是欧锦赛的常客，在2009年的欧锦赛中，斯洛文尼亚甚至最终获得了第四名的好成绩，从实力上讲，这支球队不可低估。
斯洛文尼亚仍然囤积着大批在美国和欧洲打球的球星，而在本次世锦赛上，有诸多大腕纷纷参战，菲尼克斯太阳的替补控卫德拉季奇和国王控卫尤德里都入选了国家队，除了此二人外，雄鹿的中锋布雷泽克以及曾经在NBA中混迹的前锋纳克巴也在球队阵容中获得了一席之地，拥有这样一支由NBA军团组成的队伍…
2019年9月19日国际篮联公布了参加东京奥运会男篮落选赛的24支球队名单，其中斯洛文尼亚国家男子篮球队位列其中。2020年6月23日至28日，将争夺东京奥运会剩余4张入场券。
2021年7月5日，入选东京奥运会男篮参赛球队。8月7日，在东京奥运会男篮铜牌赛上，斯洛文尼亚队以93-107不敌澳大利亚队，获得第四名。
斯洛文尼亚从93年至今从未缺席欧锦赛，在2003年之前的排名都是在十名开外，但自2005年开始，他们已经连续四届进入八强。尤其是2009年，当时斯洛文尼亚在小组赛中战胜塞尔维亚跟英国，小负西班牙。第二阶段循环赛上，更是接连战胜土耳其、波兰跟立陶宛等强队；八强赛又战胜克罗地亚，最终在半决赛以4分之差不敌塞尔维亚，季军争夺战中，纳克巴绝杀未果，1分负于希腊。尽管如此，第四名已经是他们参加欧锦赛的最佳纪录。2013年，主场作战的斯洛文尼亚最终取得第五名。
2017男篮欧锦赛终极决战，斯洛文尼亚93-85击败塞尔维亚夺冠，斯洛文尼亚实现了历史性突破，他们以9战9胜的完美战绩历史首次登上欧洲篮球之巅，成为欧洲篮坛新王。斯洛文尼亚成为自2003年的立陶宛之后，首支以全胜战绩问鼎欧洲杯冠军的球队。
2006年，斯洛文尼亚首次获得世锦赛参赛资格，在小组赛的最后一场遭遇中国，王仕鹏压哨三分绝杀让这支来自前南的新兵因小分优势排名小组第三出线。2010年的土耳其，斯洛文尼亚携欧锦赛四强之势参赛，最终在小组赛仅仅负于美国，力压巴西、克罗地亚等强队小组第二出线。八分之一决赛又战胜澳大利亚，挺进八强。但在进军四强的比赛中，以27分的劣势惨败东道主土耳其。排位赛又相继不敌西班牙跟俄罗斯，最终排名第八。
2010年土耳其世锦赛，斯洛文尼亚在B组中分别战胜巴西、克罗地亚、伊朗、突尼斯，仅负于美国队，最终小组第二出线，在十六强淘汰赛中大胜澳大利亚晋级八强，八强赛不敌东道主土耳其队。
2014年西班牙世界杯，斯洛文尼亚在D组中分别战胜澳大利亚、墨西哥、安哥拉、韩国，小负于立陶宛队，4胜1负小组第二出线，十六强淘汰赛中战胜多米尼加，八强赛不敌最终冠军美国队。
