球队创立
1994年1月26日，容志行、曾雪麟等人组建深圳足球俱乐部，这是一家会员制职业足球俱乐部，以“国内领先、亚洲一流、世界知名”为俱乐部的目标。球队成立当年在俱乐部首任主教练胡之刚的带领下，即获得乙级联赛冠军。
1995年，球队升入中国足球甲B联赛并获得当年冠军。
1996年，球队升入当时的顶级联赛中国足球甲级A组联赛，创造了中国足坛一支球队从成立到进入顶级联赛的最快纪录，凭借“三连跳”的表现创下了足球圈内的深圳速度。但球队于同年因战绩不佳重新降入中国足球甲B联赛。
茁壮成长
1997年，中国平安保险（集团）股份有限公司全资收购深圳足球俱乐部，队名变更为深圳平安队。同年，球队获得甲B联赛亚军，重新获得中国足球甲级A组联赛晋级资格，升入中国足球顶级联赛。
1998年，俱乐部聘请了亚洲足坛名宿、韩国人车范根担任主教练，车范根是俱乐部首位外籍主教练。同年底，俱乐部收购火车头一线队22名队员中的14名队员，其中包括李玮锋及李毅、鲍文杰、杨光等人。
1999年，车范根再度率队保级成功，帮助深圳队在顶级联赛立足。11月29日，深圳足球俱乐部变更为深圳市足球俱乐部，办公地址从深圳体育场五区搬至平安大厦，法定代表人由曾国强变成李钢。
2000年1月25日，深足法定代表人由李钢变成孙建一。3月27日，《足球》报以头版头条形式爆出深圳平安的6名球员赛后，于当晚在球队下榻酒店召妓，被主教练塔瓦雷斯当场抓获。此事引发巨大社会反响并招致深圳足球俱乐部的强烈不满。深圳队当即宣布对6名球员的处罚决定，同时表示报道与事实严重不符，要求足球报道歉。此事最终在一年多后，以足球报在报纸上公开道歉结束。（详见主词条“平安六君子事件”）5月，在深圳平安四连败后，塔瓦雷斯不堪承受沉重压力，正式下课。领队朱广沪接替成为深圳足球队的主教练，当赛季球队获得甲A联赛第九名。
2001年，在主教练朱广沪的带领下，球队获得了联赛第五名。
创造辉煌
2002年，球队获得了甲A联赛亚军，这是球队在甲A时代的最佳成绩。当年12月，健力宝集团全资收购深圳市足球俱乐部。
2003年，俱乐部组建了U15队。同年，俱乐部更名为深圳健力宝足球俱乐部，最终获得联赛第四名。这段时间球队实力有了长足进步，拥有李玮锋、李毅、杨晨、郑智、郑斌等国脚，成为当时拥有现役国脚最多的甲A球队，再加上阵中多名外援国脚和本土实力派球员，球队开始被球迷称作“皇家健力宝”。
2004年，球队获得了首个联赛冠军，成为首支夺得顶级联赛冠军的广东省球队，并且获得了参加2005年亚洲冠军联赛的资格。由于2004年甲A联赛改制为中国足球超级联赛（简称“中超”），球队也成为了首届中超冠军。
2005年，深圳队在亚足联冠军联赛一举杀进最后四强，但半决赛两回合总比分0-6败给了阿尔艾因足球俱乐部而无缘决赛。由于俱乐部资金紧张，经营不善，球队财政状况糟糕，再加上在队中地位颇高的主教练朱广沪被中国足协选中，离开球队担当国家队主教练，引致队内一批国脚和实力选手出走，球队实力大受影响。随后，迟尚斌担任主帅，欲从严治军，却与球队中的一些“球霸”关系紧张，球队成绩差强人意，迟尚斌也被迫下课。在这一年内球队更换了三位主教练分别是迟尚斌、郭瑞龙和谢峰，结果在中超联赛26场比赛只有4场赢球，在14支球队中仅列第12名，成为中国足球职业化12年来成绩最差的卫冕冠军。尽管有种种困难，球队仍获得中超杯亚军及亚洲冠军联赛季军。同年11月，广东健力宝集团转让深足90%的股权给汇中天桓财团，并继续拥有深足的10%股权。此后，深足的股东多次发生变动，最终由与澳门赌场有关联的“港商”杨塞新成为大股东。11月30日，深足进入“杨塞新时代”，俱乐部名称由深圳市健力宝足球俱乐部变更为深圳足球俱乐部，法定代表人由杨猛变更为周军，杨塞新的深圳市新泰顺投资管理有限公司掌握了深足90%的股权。
2006年，球队获一家深圳本地知名啤酒企业出资冠名为金威啤酒队。该赛季，俱乐部聘请了在广东足坛颇有渊源的王宝山担任主教练，但无奈于实力派球员纷纷被套现出走，最终仅排名中超联赛第十一名。
2007年，球队获一家广州企业赞助，俱乐部更名为深圳香雪上清饮足球俱乐部，并根据赞助商的要求将其中五场中超赛事移师到广州进行，但实际上只将两场中超搬到广州的广东省人民体育场进行，主教练张军率年轻球员以薄弱的阵容获得联赛第十四名，成功保级。但赛季结束后，对球队成绩和表现极度不满的投资人杨塞新宣布出让球队。
2008年，在赛季开始前，球队几乎面临解散的危局，最终通过深圳足协托管而保留下来。在首轮比赛后，深圳队客战上海申花失利，随后俱乐部宣布麦超因广州足协召回而下课，创下了中超联赛以来主教练下课最早纪录。随后，原领队及梯队教练张增群接任主教练一职，前主教练王宝山担任技术顾问。得益于武汉光谷退赛，并凭借当赛季并列联赛金靴安哥拉外援约翰森和老将宋黎辉后半程的爆发，艰难地在中超再度保级成功。该赛季结束后，自球队建队后便一直使用的笔架山基地，由于要改造成2011年世界大学生运动会的训练场馆，被拆除重建，球队不得不搬离原来的基地，开始了没有固定训练基地的流浪时期。2009年，俱乐部前队员范育红、李远平分别出任俱乐部总经理兼主教练、助理教练，前主教练路建人出任领队、守门员教练及新闻发言人，甲A时期的人气教练塔瓦雷斯回归出任技术顾问兼执行教练。前国家队主教练曾雪麟重返深足并担任球队的总顾问。广东健力宝集团持有的深足10%股权成功转让，“健力宝”完全退出俱乐部。
守护梦想
2009年，俱乐部更名为深圳市亚旅足球俱乐部。该年，球队在第二回合"广东德比"中1-6大败使得主教练范育红失去了帅位，前球员和教练谢峰回归上任。9月23日，由俱乐部股东发起成立的红钻公司冠名球队为深圳红钻足球队，并且成为第一支尝试实现自创品牌、自主经营、自我冠名的中国职业足球俱乐部。当赛季因"撞衫门"而被中国足协倒扣联赛积分3分（详情可查看主词条“撞衫门”），球队在联赛最后10轮取得6胜4平的不败战绩，完成保级。球队外援埃尔南·巴尔克斯以17个进球荣获2009赛季中超金靴奖。
2010年，俱乐部更名为深圳市红钻足球俱乐部。该年，前贝尔格莱德红星队主教练西尼萨·高歌奇与俱乐部签约出任球队主教练。5月15日，茅台集团正式成为主冠名商，球队冠名为深圳茅台红钻队。球队最终排名第12位保级成功。外援基伦14场进8球帮助深足完成保级，成为队内最佳射手，日夫科维奇则以10个助攻荣获中超助攻王。
2011年，法国名帅特鲁西埃成为球队的主教练。该年，球队签下了日本球员卷诚一郎和乐山孝志两名日本球员，中超联赛史上首次出现日本外援。球队在联赛一开始就五连败，因要让路大运会，球队要将大部分主场比赛迁到惠州和博罗体育中心进行,球队经常要在惠州和深圳两个城市往返。在大运会结束后，深圳队选择宝安体育场为球队的新主场。最终球队由于战绩不佳降级。
2012年，深圳红钻自1996年以来第一次征战中国第二级别职业足球联赛。在赛季开始前，球队阵容结构出现较大幅度变动，因球队阵容变动较大，在2012年中甲联赛中，仅取得第七名的成绩，未能实现俱乐部赛季开始前制定的重返冲超目标。
2013年，深圳红钻队主场取得11胜2平2负的骄人战绩，外援巴巴卡·古耶表现出色，连续两年荣获最佳射手（23球，其中包括3粒点球），球队最终排名第五。11月8日，小牛投资冠名深圳红钻，2014赛季球队以深圳小牛资本红钻队征战中甲联赛，前国足队员李毅接替合约期满的特鲁西埃成为球队代理主教练。
2014年7月15日，深圳红钻在主场深圳宝安体育场进行的中国足协杯第三轮赛事以0-5惨败山东鲁能。队员们赛前就因被欠薪而计划放弃本场比赛，经各方一番紧急沟通后，深足队员同意参赛，但球员仍以特殊方式表达对欠薪的不满。原因是2014赛季后，深足球员只领到了一个月的薪水。在裁判吹响开赛哨后，深足队员们面向本方的球门默站了足足30秒，以示对俱乐部长期拖欠薪酬的抗议，事后迅速在全国引起热议。7月18日，中国足协针对深圳红钻欠薪事件成立的工作组前往俱乐部调研，球员教练组和俱乐部管理层都分别被约谈，不过对于事情的解决，依然没有肯定的答复。
2015年1月16日，中国足协公布了《关于深圳市红钻足球俱乐部有限公司主要股权转让并更名为深圳市足球俱乐部有限公司的公示》，俱乐部更名为深圳市足球俱乐部。该年，深圳少年足球队夺得U-15全国锦标赛冠军。12月13日，深圳市足球俱乐部在深圳体育场新闻发布厅召开新闻发布会，宣布本土名帅唐尧东担任深足2016赛季的主教练。
2016赛季，佳兆业集团冠名球队，队名更改为深圳佳兆业队。3月12日，2016年中国足球甲级联赛开幕式暨揭幕战在深圳举行，最终球队2-0拿下天山雪豹队。7月7日，深圳市足球俱乐部官方宣布克拉伦斯·西多夫出任球队新主教练，原主教练唐尧东不再担任主教练一职。12月5日，俱乐部官方宣布斯文·戈兰·埃里克森出任球队主帅，西多夫离任。俱乐部与埃里克森签订了1 2的合同，如果2017赛季冲超成功，双方将自动续约，而如果冲超失败，则合同结束。12月12日，深圳市足球俱乐部官方宣布新的人事任命，前国脚张恩华担任深圳佳兆业队领队兼中方教练。
2017年1月17日，中国足球协会官方公布，深圳市足球俱乐部股东将股权转让至可域酒店管理（深圳）有限公司。转让后，可域酒店管理（深圳）有限公司占深圳市足球俱乐部有限公司62.5%股权。深圳市足球俱乐部有限公司的法人代表为李小刚。1月23日，深圳市足球俱乐部官方宣布，崔民、张远、王大龙以及张佳琪四名内援加盟深圳佳兆业队，其中张佳琪是以租借形式加盟。2月4日，深圳市足球俱乐部官宣一名新外援加盟，前德甲沙尔克04前锋奇内杜·奥戈布克·奥巴西（CHINEDU OGBUKE OBASI）加盟深圳佳兆业队。2月7日，俱乐部宣布与球员哈罗德·法比安·普雷西亚多（Harold Fabián Preciado）签订转会加盟协议。普雷西亚多、奥巴西这两名新外援再加上边锋阿布，组成深足前场“三叉戟”。2月8日，石家庄永昌官方宣布，队中门将关震转会深圳佳兆业队。2月28日，深圳市足球俱乐部官方宣布李晓明、张晨、祖鹏超加盟球队，其中中超最佳新人李晓明从上海申花租借加盟，张晨从山东鲁能租借加盟，祖鹏超从上海申花转会加盟。6月14日，在与埃里克森解约之后，深圳市足球俱乐部官方宣布王宝山出任深圳佳兆业队主帅。
2018年3月5日上午，深圳佳兆业队2018赛季出征仪式在深足俱乐部全取三分会议厅举行。出征仪式上，9名新援奥汗德扎、葛振、甘超、向柏旭、叶楚贵、徐洋、陈国庆、李晋庆、王统齐齐亮相。
2018年4月11日，深圳佳兆业队官方宣布卡罗担任主教练，卡罗于2017年带领大连一方队取得中甲联赛冠军、成功冲超，并获评联赛最佳教练。
2018年11月3日下午，2018中国足球协会甲级联赛第30轮在深圳体育场打响。深足凭借普雷西亚多梅开二度，徐洋、奥汗德扎、李晋庆各进一球，5比0击败浙江毅腾。球队在积分榜上反超浙江绿城上升至第二位，在最后时刻收获冲超名额，时隔7年重返中超联赛舞台。
2018年11月5日，深圳市人民政府为深圳佳兆业队发去贺信，对球队成功冲超表示祝贺和慰问。
2019年3月2日，2019赛季中超联赛揭幕战在深圳大运中心开战，升班马深圳佳兆业凭借外援塞尔纳斯的梅开二度和普雷西亚多的进球，主场3：1战胜河北华夏幸福，取得重返中超之后的首胜。2019年5月1日，深圳佳兆业在足协杯第四轮比赛中0比1不敌上海申花，因深足违反中国足协U23球员政策，最终被判0-3负，成为U23政策执行以来，第一支一线队违规的中超球队。5月2日，深圳佳兆业就此事发布致歉声明。7月30日，球队官方宣布主教练卡罗下课，多纳多尼继任执掌球队教鞭。2019年11月27日，深圳佳兆业在2019赛季中超联赛倒数第二轮8场比赛中3:3战平河南建业队，落后天津天海4分，提前一轮降级。
2020年2月24日，深圳佳兆业宣布球员郜林、哲马伊利、王永珀、裴帅、郑达伦5人正式转会加盟深圳佳兆业队。5月23日，中国足协官方发布了关于公布2020赛季中国足球协会三级职业联赛俱乐部参赛名单的通知，因天津天海足球俱乐部退出职业联赛，深圳市足球俱乐部成功递补2020赛季中超联赛。
2020年7月16日，深圳佳兆业宣布球员球员姜至鹏、孙可、比福马（Thievy Bifouma）、糜昊伦、宋株薰（Song Ju-Hun）、张鹭、张源、刘越、徐浩峰、陈国良、廖垒、戴伟浚、黄锐烽、徐越正式加盟深圳佳兆业队。
2020年8月11日，深圳佳兆业队主帅多纳多尼正式下课，由张效瑞担任代理主教练；队长郜林兼任代理助理教练、守门员关震兼任代理守门员教练，共同协助张效瑞指导工作。
2021年6月3日，深足官方发布公告，宣布何塞·卡洛斯·格拉内罗出任球队主教练。
2021年8月15日，2021年中超联赛第一阶段比赛全部结束，深圳队进入到第二阶段争冠组。
1994-1995 深圳队
1996 深圳飞亚达队
1997-1999 深圳平安队
2000-2002 深圳平安队
2003-2005 深圳健力宝队
2006 深圳金威啤酒队
2007-2008 深圳上清饮队
2009 深圳红钻队
2010 深圳茅台红钻队
2011-2013 深圳红钻队
2014 深圳小牛资本红钻队
2015 深圳宇恒队
2016- 深圳佳兆业队
深圳市体育场坐落于深圳市福田区笔架山下，东邻上步北路，北接泥岗西路，南靠笋岗路，大门面对东面。一九九三年六月落成，总投资1.41亿元，市财政投资建筑面积41169平方米，场地面积24892平方米，容纳观众32500位，是一座全飘棚式的专业足球场馆。看台观众席采用玻璃钢座椅，设12个看台区，贵宾厅设电梯一部，看台观众疏散通道，东西面有两座疏散观众天桥分别连接上步北路，泥岗西路，一层有疏散道通道口5个，可供消防车辆出入及观众撤离，东西面另有3个工作人员及观众疏散口，场内备有供300人会议室、运动员休息室，比赛配套用房，设备机房及办公区域。二层西面有二间贵宾厅，一间新闻发布室，从贵宾厅朝二层看台有两个（不包括三个主通道）消防疏散出口，三层为空调机房，四层为音响、灯光、屏幕显示机房、公安值班室、电视传播室及七间贵宾房。
2016赛季，深圳市足球俱乐部为了进一步体现深圳本土特色，将队徽主色调进行了调整。队徽将俱乐部红色色调，城市标志建筑，城市精神和市花融为一体，旨在寓意新深足秉承“深圳精神”开拓深圳足球美好未来的决心。队徽延续了象征热烈，奔放，激情，斗志的俱乐部红色色调，融合了深圳最具代表性建筑，深圳市民中心，深圳市市花勒杜鹃以及代表深圳精神的“拓荒牛”等本土元素进行设计。市民中心剪影与化为勒杜鹃花瓣形状的市民广场融合成队徽主体盾牌结构。盾牌作为骑士精神的代表，是勇气，意志，使命和守护的象征。象征深圳精神与深足的拓荒牛位于市民中心前的市民广场，寓意在深圳市政府，深圳市民的关注与支持下，深足以崭新的姿态守护深圳足球梦想，满怀坚定的意志和勇气，雄心勃勃开拓深圳足球新的辉煌。
2016年12月8日，深圳市足球俱乐部官方宣布，球队的队徽从原来的簕杜鹃红色变成中国红，改成中国红是要表达一种热情、拼搏、胜利的理念。
主场队服
2016赛季球衣主色调变化取材簕杜鹃，由卡尔美设计并制作。全新的主场球衣由洋红色、海军蓝色和浅金色组成，搭配海军蓝色的短裤，袜子则呈现出洋红色、海军蓝色和白色三种颜色。洋红色代表深圳市的市花簕杜鹃，海军蓝色象征着深圳这座海滨城市以及战斗精神，浅金色则象征俱乐部在过去取得过的荣誉。新球衣正面象征胜利的巨幅V字型纹与球队上一款球衣一脉相承，同时V字型纹也是俱乐部新的品牌形象中一个重要组成部分。进行了颜色调整和细节优化的新队徽绣在新球衣的胸口，深圳市民中心建筑、拓荒牛、簕杜鹃花瓣等都是最能代表深圳这座城市的符号。球衣背部衣领下方亮出响亮的口号“为深圳而战！”，表达球队为整座城市而战的决心。球衣背面下方的“One Goal One Love”小织标代表了KELME在2016年的一项公益活动，签约KELME的中甲球队在新赛季的正式比赛中每打进一球，KELME便向当地足球特色学校捐赠五百元足球装备。
客场队服
深圳市足球俱乐部的客场队服色调为白色，搭配白色的短裤和球袜，球袜上有洋红色的装饰斜纹。与主场球衣一样，客场球衣也更加修身，面料上提花工艺使球衣整体更具透气性，同时增加腋下冲孔工艺，进一步提升运动员在炎热天气比赛中的运动表现。
甲级联赛 亚军 2018年
中超联赛 冠军 2004年
甲B联赛 冠军 1995年
甲B联赛 亚军 1997年
乙级联赛 冠军 1994年
