2005年12月16日，上海东亚（集团）有限公司、上海根宝足球基地有限公司共同出资成立上海东亚足球俱乐部。12月25日，上海东亚足球俱乐部正式揭牌成立，徐根宝任俱乐部董事长及主席；上海东亚（集团）有限公司副总经理胡神奇任公司监事及俱乐部副主席；克劳德·鲁伊兹任俱乐部主教练。
2006赛季，上海东亚足球俱乐部首次参加职业联赛，获得中国足球协会乙级联赛（南区）第7名。2006年末，克劳德·鲁伊兹因合同到期离队，徐根宝任俱乐部总教练，蒋炳尧、刘军、章冠兴任助理教练。
2007年6月5日，上海市体育局与上海东亚足球俱乐部关于联合组建中华人民共和国第十一届运动会男子足球代表队举行签约仪式，徐根宝任总教练一职。2007年12月4日，上海市体育局局长于晨宣读上海市足球协会对上海东亚足球俱乐部的表彰决定，上海市足球协会、上海东亚（集团）有限公司各给予俱乐部30万元的嘉奖。
2008年初，上海东亚足球俱乐部将金山足球场设为主场，蒋炳尧任主教练。2月23日，“超日杯”中国足球冠军赛，上海东亚足球俱乐部（中国足球协会乙级联赛冠军）6比4击败长春亚泰足球俱乐部（中国足球协会超级联赛冠军），获得冠军。该赛季，上海东亚足球俱乐部获得中国足球协会甲级联赛第6名。
2009年初，上海东亚足球俱乐部移师上海体育场。8月1日，中华人民共和国第十一届运动会男子足球（甲组）决赛，上海（以上海东亚足球俱乐部为班底组建）3比0击败广东，获得冠军。该赛季，上海东亚足球俱乐部获得中国足球协会甲级联赛第4名。
2010年初，上海东亚足球俱乐部首次引进外援，并由范志毅接任俱乐部主教练。该赛季，上海东亚足球俱乐部获得中国足球协会甲级联赛第4名。11月，上海东亚足球俱乐部首次代表上海参加沪港球会杯并击败香港公民足球俱乐部，获得冠军。赛季结束后，范志毅向俱乐部提出辞呈，蒋炳尧回归，并出售3名主力球员以筹措资金，其中王佳玉、姜至鹏转会至南昌衡源足球俱乐部（现上海申鑫足球俱乐部），张琳芃转会至广州恒大足球俱乐部（现广州足球俱乐部）。此外，俱乐部于2010年3月11日获得中华人民共和国第十二届运动会上海男子足球队（甲组）的组队权，徐根宝任总教练。12月，在上海市体育局的协调下，上海东亚足球俱乐部、上海中邦足球俱乐部进行战略合作：由上海中邦承担全运会备战工作，聘请成耀东任主教练，以浦东中邦足球俱乐部名义参加中国足球协会乙级联赛。
2011年初，曹赟定转会至上海申花足球俱乐部，顾超转会至杭州绿城足球俱乐部（现浙江职业足球俱乐部）。该赛季，上海东亚足球俱乐部获得中国足球协会甲级联赛第9名，武磊以12球获得联赛本土最佳射手。11月，上海东亚足球俱乐部击败和富大埔足球俱乐部，蝉联沪港球会杯冠军。12月31日，上海东亚足球俱乐部将冠名权出售至中邦置业集团有限公司，球队更名为上海东亚足球俱乐部上海特莱士队。
2012年7月，柏佳骏租借加盟上海申花足球俱乐部。9月29日，上海东亚足球俱乐部客场3比0轻取哈尔滨毅腾足球俱乐部，提前3轮冲超成功。10月20日，上海东亚足球俱乐部主场1比0击败北京理工足球俱乐部，提前1轮获得冠军。该赛季，上海东亚足球俱乐部首次获得中国足球协会甲级联赛冠军，并升入中国足球协会超级联赛，武磊以17个进球卫冕联赛本土最佳射手。11月，上海东亚足球俱乐部击败杰志足球俱乐部，获得沪港球会杯三连冠。12月27日，俱乐部为充分整合上海足球资源，收回全运队；与此同时，中邦集团决定无条件终止和东亚的三年合作协议，让代表中邦参加中乙联赛的东亚梯队回归东亚。12月21日，奚志康进入东亚教练组，协助总教练徐根宝工作。12月28日，在相关政府部门的“协调”下，上海东亚足球俱乐部得到了上港集团的冠名赞助。
2013年初，上海东亚足球俱乐部应邀参加亚洲超级球会挑战杯。2月13日，亚洲超级球会挑战杯决赛，上海东亚足球俱乐部0比1惜败于釜山偶像足球俱乐部，屈居亚军。2月27日，高洪波出任俱乐部主教练一职。6月，上海东亚足球俱乐部应邀参加第十二届上海国际足球邀请赛，获得亚军。9月10日，中华人民共和国第十二届运动会男子足球（甲组）决赛，上海（以上海东亚足球俱乐部预备队为班底组建）1比0击败辽宁，成为首支蝉联全运会男子足球项目冠军的球队。该赛季，上海东亚足球俱乐部获得中国足球协会超级联赛第9名，武磊首次获得联赛本土最佳射手。11月8日，沪港球会杯决赛，上海东亚足球俱乐部2比2（点球大战7比6）击败南华足球俱乐部，实现4连冠。12月初，原俱乐部助理教练奚志康被任命为主教练。
2014年初，上海东亚足球俱乐部通过孙凯、吴毅臻、张文涛交换获得上海申鑫足球俱乐部球员王佳玉，并从IFK哥德堡足球俱乐部引进前锋托比亚斯·海森，原俱乐部后卫李运秋加盟北京国安足球俱乐部。3月30日，中国足球协会超级联赛第4轮，上海东亚足球俱乐部主场3比0力克北京国安足球俱乐部，首度登顶积分榜。6月20日，卡里里加盟上海东亚足球俱乐部。9月21日，中国足球协会超级联赛第25轮，上海东亚足球俱乐部1比2不敌广州富力足球俱乐部（现广州城足球俱乐部），落入积分榜第五名，失去争夺亚洲冠军联赛资格的主动权。该赛季，上海东亚足球俱乐部因净胜球的劣势屈居中国足球协会超级联赛第5名，托比亚斯·海森以19球获得联赛铜靴，武磊以12球蝉联联赛本土最佳射手。11月18日，上港集团足球俱乐部成立仪式暨新闻发布会在上海港国际客运中心举行，正式宣告上海国际港务（集团）股份有限公司完成对上海东亚足球俱乐部的整体收购，埃里克森任俱乐部主教练，奚志康任领队兼助理教练。12月7日，上港集团足球俱乐部正式入驻东方绿舟体育训练基地。
2015年初，孙祥、达维、金周荣、孔卡、于海、石柯、杨博宇、埃弗拉等8名球员前后加盟上港集团足球俱乐部。3月23日，上港集团足球俱乐部取得联赛3连胜，创造队史顶级联赛最佳开局。5月9日，中国足球协会超级联赛第9轮，上港集团足球俱乐部主场5比0轻取上海绿地申花足球俱乐部（现上海申花足球俱乐部），首次在正式比赛中击败对手。中国足球协会超级联赛第14轮至第19轮，上港集团足球俱乐部取得6连胜，平队史联赛连胜纪录。7月，吉安·阿萨莫阿将加盟上港集团足球俱乐部，埃弗拉下调至预备队。8月26日，第一届全国青年运动会男子足球U18组决赛，上海市静安区（以上港集团U-18为班底组建）4比1击败南京市，获得冠军。9月12日，中国足球协会超级联赛第25轮，上港集团足球俱乐部主场0比3不敌广州恒大淘宝足球俱乐部（现广州足球俱乐部），退居积分榜第2名。该赛季，上港集团足球俱乐部获得中国足球协会超级联赛第2名，首次获得亚洲冠军联赛资格，武磊以14球第三次蝉联联赛本土最佳射手。2015年11月14日，上港集团足球俱乐部启动“未来大无穷”全国青少年足球培训基地项目。12月28日，上港集团足球俱乐部与上海汽车集团股份有限公司正式确立战略合作关系。
2016年初，广州恒大淘宝足球俱乐部（现广州足球俱乐部）前锋埃尔克森（现艾克森）加盟上港集团足球俱乐部。2月9日，亚洲冠军联赛资格赛第3轮，上港集团足球俱乐部主场3比0力克蒙通联足球俱乐部，首次进入亚洲冠军联赛小组赛阶段。3月2日，亚洲冠军联赛小组赛第2轮，上港集团足球俱乐部主场2比1险胜水原三星足球俱乐部，获得队史亚洲冠军联赛首胜。此后，上港集团足球俱乐部先后击败大阪钢巴足球俱乐部、墨尔本胜利足球俱乐部，获得4连胜，提前1轮锁定小组头名晋级淘汰赛阶段，成为2009赛季亚洲冠军联赛改制后首支小组赛阶段取得4连胜的中国俱乐部。5月8日，中国足球协会超级联赛第8轮，上港集团足球俱乐部主场2比1击败石家庄永昌足球俱乐部（现沧州雄狮足球俱乐部），武磊攻入为俱乐部效力的第100粒正式比赛进球。5月24日，亚洲冠军联赛1/8决赛次回合，上港集团足球俱乐部主场1比0（总比分2比2）击败FC东京足球俱乐部，凭借客场进球优势晋级8强。7月1日，圣彼得堡泽尼特足球俱乐部前锋胡尔克加盟上港集团足球俱乐部。8月6日，上港集团足球俱乐部与汉堡足球俱乐部签署合作协议。9月13日，亚洲冠军联赛1/4决赛次回合，上港集团足球俱乐部客场0比5（总比分0比5）全北现代足球俱乐部，止步4强。该赛季，上港集团足球俱乐部获得中国足球协会超级联赛第3名，武磊连续4年加冕联赛本土最佳射手。11月4日，维拉斯·博阿斯出任俱乐部主教练一职。12月23日，切尔西足球俱乐部中场奥斯卡加盟上港集团足球俱乐部。
2017年初，上港集团足球俱乐部将训练基地迁至世纪公园球场。5月31日，亚洲冠军联赛1/8决赛次回合，上港集团足球俱乐部2比1（总比分5比3）力克江苏苏宁足球俱乐部（现江苏足球俱乐部），连续2个赛季晋级亚洲冠军联赛8强。9月7日，中华人民共和国第十三届运动会男子足球（甲组）决赛，上海（以上港集团足球俱乐部预备队为班底组建）5比3击败浙江，连续3届获得全运会男子足球项目冠军。9月12日，亚洲冠军联赛1/4决赛次回合，上港集团足球俱乐部通过点球大战以总比分10比9击败广州恒大淘宝足球俱乐部（现广州足球俱乐部），队史首次晋级亚洲冠军联赛4强。10月18日，亚洲冠军联赛半决赛次回合，上港集团足球俱乐部0比1（总比分1比2）不敌浦和红钻足球俱乐部，无缘决赛。该赛季，上港集团足球俱乐部获得中国足球协会超级联赛第2名，颜骏凌获得中国足球协会超级联赛最佳门将，武磊连续第5年获联赛本土最佳射手。11月26日，中国足球协会杯决赛，上港集团足球俱乐部主场3比2（总比分3比3）力克上海绿地申花足球俱乐部（现上海申花足球俱乐部），但因客场进球劣势无缘冠军。12月12日，维托尔·佩雷拉出任俱乐部主教练一职。
2018年1月，上港集团足球俱乐部U-19获得中国足协U-19贺岁杯冠军。3月3日，中国足球协会超级联赛第1轮，上港集团足球俱乐部主场8比0轻取大连一方足球俱乐部（现大连人职业足球俱乐部），创队史最大比分胜利纪录，平中国顶级职业联赛最大分差记录（8球）。此后，上港集团足球俱乐部获得开局6连胜，平大连万达足球俱乐部（已解散）创造的最佳开局记录；开局12场正赛不败，刷新队史最佳开局记录。10月25日，上港集团足球俱乐部U-19提前3轮获得第二届全国青少年男子足球超级联赛（U-19组）冠军。10月28日，上港集团足球俱乐部主场4比2击败山东鲁能足球俱乐部，获得主场9连胜，创队史记录。11月7日，中国足球协会超级联赛第29轮，上港集团足球俱乐部主场2比1击败北京人和足球俱乐部（现北京橙丰足球俱乐部），提前1轮获得中国足球协会超级联赛冠军，武磊荣膺联赛最佳射手奖、最有价值球员奖，颜骏凌获最佳守门员奖。
2019年1月28日，俱乐部前锋武磊加盟西班牙人足球俱乐部。2月23日，中国足协超级杯决赛，上港集团足球俱乐部（联赛冠军）2比0击败北京国安足球俱乐部（杯赛冠军），获得队史首座超级杯冠军。7月8日，马尔科·阿瑙托维奇加盟上港集团足球俱乐部。7月9日，俱乐部前锋埃尔克森转会至广州恒大淘宝足球俱乐部（现广州足球俱乐部）。该赛季，上港集团足球俱乐部获得中国足球协会超级联赛第3名。
2020年，上港集团足球俱乐部在中国足球协会超级联赛（赛会制）第一阶段以苏州赛区第1名的成绩（10胜2平2负）进入第二阶段争冠组比赛。第二阶段第1轮，上港集团足球俱乐部总比分6比5击败上海绿地申花足球俱乐部（现上海申花足球俱乐部），晋级4强。第2轮，上港集团足球俱乐部2比3惜败于江苏苏宁足球俱乐部（现江苏足球俱乐部），止步半决赛。第3轮，上港集团足球俱乐部2比3不敌北京国安足球俱乐部，获得中国足球协会超级联赛第4名。12月4日，上港集团足球俱乐部以H组第2名的身份出线，但淘汰赛首轮即被神户胜利船足球俱乐部淘汰。12月31日，维托尔·佩雷拉下课，伊万·莱科任俱乐部主教练一职。
2021年1月13日，上海海港足球俱乐部有限公司完成工商登记。3月14日，李昂、杜佳、阿布拉汗·哈力克正式加盟上海海港足球俱乐部。4月1日，上海海港足球俱乐部进入2021赛季中国足球协会超级联赛B组（苏州赛区）。6月23日，以年轻球员以及部分一线队替补球员组成的海港队，在亚冠附加赛0-1不敌菲律宾球队卡雅FC，未能晋级亚冠正赛。8月15日，中超联赛第一阶段比赛全部结束，上海海港进入到第二阶段争冠组。
上海浦东足球场，上海海港足球俱乐部主场，位于上海市浦东新区金桥镇，球场固定坐席数为33765个，其中首层看台总坐席数（含包厢室外看台坐席）19229个，二层看台总坐席数13388个，贵宾座席1148个。
2008 金山足球场 上海市金山区
2009-2019 上海体育场 上海市徐汇区
2020 源深体育中心体育场 上海市陆家嘴金融贸易区
上海海港足球俱乐部队徽由中英文名称、盾牌、皇冠、鹰和橄榄枝构成，简洁明快，色彩协调。
上海海港足球俱乐部队歌为《势不可挡》，于2015年2月6日发布。
上海海港足球俱乐部吉祥物为“海鹰”，于2015年3月7日正式对外公布。吉祥物与俱乐部队徽中的鹰一致，以大脚开球姿势寓意踢出大好未来。
上海海港足球俱乐部在上海体育场26号看台入口处设置“球迷荣誉墙”，于2016年1月31日首次揭幕。“球迷荣誉墙”按序排列3360名在2016年1月1日前完成实名制认证的球迷姓名。
