1996年6月6日，长春亚泰足球俱乐部正式挂牌成立，由吉林亚泰（集团）股份有限公司注资1000万元创建。俱乐部的第一任主教练是李旭川，董事长为亚泰集团有限公司总裁宋尚龙，顾问为原中国足协主席年维泗。
1997年，长春亚泰参加全国足球乙级联赛。
1997-1999年连续三次冲击甲B失败后，2000年长春亚泰与八一超能合并，组成长春亚泰雄狮队征战2000年甲B联赛，并取得了甲B联赛的第五名。同年，长春亚泰决定出资1500万元永久买断八一超能的甲B参赛权，自此长春亚泰成为了一支真正的职业球队。
2001年，长春亚泰以1个净胜球的优势力压成都五牛获得甲B联赛第2名。但中国足协最终认定其参与了打假球，取消了其升级名额。
2002年，长春亚泰主教练殷铁生及球队10名主力受到中国足协处罚停赛，长春亚泰以8胜4平10负，积28分的成绩获得全国足球甲B联赛第八名。高健以7个进球成为该赛季长春亚泰队内最佳射手。
2003年，长春亚泰以15胜8平3负，进51球、失15球，积53分，以领先第二名河南建业5分的优势获得了末代甲B联赛冠军，成为中超联赛第一候补。但按中国足协的计划，该年是调整年，进入中超的12家俱乐部必须进行严格的考核，暂停升降级，长春亚泰冲超失败。杜震宇以11个进球成为本赛季长春亚泰队内最佳射手。
2004年，中甲联赛有两个升级名额，但这一年国奥队打预选赛抽调了多名长春亚泰主力球员，使长春亚泰实力受影响，积分也被拉开。他们后一阶段奋起直追，但已经无法超越武汉黄鹤楼队和珠海中邦队，再次冲超失败。
2005年7月，国奥教练组集体转会到长春亚泰，他们带着曹明、杜震宇等球员打着361的旗帜，最终提前完成了冲超的使命。
2006年，长春亚泰在第一个中国超级联赛赛季中，以13胜7平8负积46分取得了联赛第四名。曹添堡以9个进球成为该赛季长春亚泰队内最佳射手。
2007年11月14日，长春亚泰最后一轮击败深圳上清饮，以16胜7平5负积55分领先北京国安1分夺得中超联赛冠军，成为继大连实德、上海申花、山东鲁能和深圳健力宝后联赛开展职业化以来的第5个冠军。杜震宇、王栋、宗磊、张笑非、张宝峰五名队员入选了当时的国家队。
2008年5月22日，长春亚泰在亚洲冠军联赛小组赛最后一轮中，与阿德莱德联0-0打平，虽然3胜3平保持不败，但落后阿德莱德联队2分遗憾出局。
2009年1月，李树斌执教长春亚泰，在球队两大核心杜震宇和王栋长时间因伤缺阵的情况下，李树斌率队夺得当年中国足球超级联赛的亚军。并获得2010年亚冠联赛参赛资格。12月4日，中超联赛的颁奖典礼上来自长春亚泰队的卡巴雷罗获得了“中超最佳球员”。
2010年3月9日，在亚冠联赛F组比赛中，长春亚泰主场9-0印尼冠军佩西普拉，高健和金尼上演帽子戏法，9-0的比分也创造了中国俱乐部球队在亚冠赛场上的最大胜利。2009赛季中超联赛亚军长春亚泰在2010年的中超联赛中成绩大幅度下滑，直至联赛倒数第二轮才勉强保级，球队最终获得了中超联赛第9名。
2011年9月17日，长春亚泰主场2-1力克广州恒大，成为第一支打破广州恒大中甲、中超43轮不败金身的球队。赛季结束，长春亚泰最终获得联赛第七名。赛季结束后，俱乐部宣布沈祥福不再担任球队主教练，接替他的是拥有塞尔维亚和塞浦路斯双重国籍的萨布利奇。
2012年2月28日，长春亚泰足球俱乐部正式签约效力于塞尔维亚超级沃尔夫蒂娜俱乐部的中场核心马克·柳宾科维奇。2012年赛季中，长春亚泰客场取得12胜8平10负获得了中超联赛的第六名。
2013年11月3日，中超联赛最后一轮长春亚泰1-0战胜辽宁宏运，而青岛中能0-1不敌北京国安，长春亚泰队力压青岛中能，成功保级。2013年中超联赛，长春亚泰取得了8胜、8平、14负，进29球、失41球，最终积32分，排名第14位的成绩。
2014年4月23日，长春亚泰在开局仅1胜3平4负战绩中，宣布主教练萨布利奇下课。2014年4月28日，长春亚泰宣布在德拉甘出任球队主教练，并带领球队在下半赛季获得了8胜8平14负的战绩，最终获得中超联赛第13名，成功保级。8月3日，中超第18轮，长春亚泰主场2-1击败广州恒大，完成对卫冕冠军的双杀。
2015赛季，长春亚泰用满了5名内援名额，分别引进了杜震宇、韩德铭、邵帅、马晓磊和祝一帆。在内援上，最大的消息是杜震宇的归队。外援方面，亚泰在留用胡斯蒂和伊斯梅洛夫的情况下，引进了3名外援，分别是匈牙利中场国脚埃莱克、尼日尔前锋马祖、玻利维亚前锋马塞洛·莫雷诺。在人员转出方面，亚泰将刘卫东租借到重庆力帆，王万鹏转会至大连阿尔滨，李晓挺回归老东家哈尔滨毅腾。主帅由原来的助理教练高敬刚替代了洋帅德拉甘。4月9日，长春亚泰召开球迷媒体见面会，俱乐部董事长刘玉明表示2015赛季球队的目标是联赛前八。6月11日，长春亚泰足球俱乐部球队教练组发生变动，高敬刚辞去主教练职务，担任俱乐部总经理一职，马里奥·托特出任球队第18任主帅，这位克罗地亚主帅也是长春亚泰历史上第4位外籍主帅。9月27日，长春亚泰1-0战胜杭州绿城，提前三轮保级成功。长春亚泰2015赛季共获得7张红牌，位列2015年中超联赛球队红牌数排行榜榜首。
2016年2月26日，2016赛季中超冬季转会大门关闭，长春亚泰正式完成新赛季引援工作，新赛季共引进了3名外援：塞尔维亚前锋奥泽戈维奇、法国中场戈里乌斯、前北京国安后腰马季奇，3名内援：前杭州绿城边卫范晓冬、中国香港球后卫积施利、中国台湾后卫殷亚吉，以及胡斯蒂、埃莱克、马祖三外援离队。2016年，长春亚泰足球俱乐部迎来成立20周年，俱乐部将象征亚泰足球20年的“20号”战袍交给了杜震宇，而杜震宇之前一直身披的“8号”战袍则被空出。1月13日，长春亚泰足球俱乐部董事长刘玉明正式宣布斯托扬诺维奇出任球队主帅，斯托扬诺维奇以球队历史上第19任主帅的身份率队征战中超联赛。5月4日，长春亚泰主帅斯托扬诺维奇下课，成为了2016赛季首位下课的中超主帅。5月7日，李章洙成为长春亚泰新一任主帅。2016赛季中超联赛前8轮，长春亚泰队2平6负积2分，未尝一胜、积分排名垫底。第9轮，李章洙亚泰首秀0-0逼平山东鲁能，止住三连败颓势。第10轮，凭借莫雷罗的世界波，长春亚泰客场1-0击败广州富力，拿到赛季首胜。第11轮，坐镇主场的长春亚泰队凭借外援格里乌斯的制胜球，以1-0击退来访的石家庄永昌队，取得中超联赛两连胜，2016赛季主场首胜。7月，中超二次转会期，亚泰接连引进了奥尔西奇、布鲁诺两位外援，奥格泽维奇与格里乌斯离队。10月30日，中超联赛第30轮，长春亚泰主场1-0战胜上海申花，凭借最后一波4连胜，奇迹保级。马塞洛·莫雷诺以13个进球成为该赛季长春亚泰队内最佳射手。
2017年1月22日，长春亚泰足球俱乐部官方宣布，球队已经正式签下巴西外援马里尼奥和曾在美国职业大联盟效力的第一位中国球员谭龙。2月3日，长春亚泰官方宣布签下英超沃特福德队前锋奥迪昂·伊哈洛，转会费达到了2000万英镑。2月6日，长春亚泰足球俱乐部官方公布，匈牙利外援绍博尔茨·胡斯蒂已经与球队签约，胡斯蒂曾于2014年夏天加盟过长春亚泰。随着胡斯蒂的加盟，长春亚泰完成了新赛季外援引进调整工作，四名外援分别是尼日利亚国脚伊格哈洛、巴西人马里尼奥、匈牙利国脚胡斯蒂和乌兹别克斯坦国脚伊斯梅洛夫。2017赛季中超联赛前三轮，李章洙带领的长春亚泰遭遇三连败，直到第四轮的东北德比中，长春亚泰才战平了辽宁宏运拿到了新赛季的第一分。第五轮，长春亚泰主场2-3不敌上海申花，球队2017中超联赛开赛五轮以来未尝胜绩。输球之后，长春亚泰韩国籍主教练李章洙被俱乐部剥夺指挥权，此前球队的技术顾问陈金刚转任代理主帅职务。5月2日，2017年中国足协杯第3轮，中甲球队呼和浩特小草主场2-1淘汰长春亚泰。5月4日，长春亚泰官方宣布，李章洙不再担任长春亚泰队主教练职务，俱乐部技术总监陈金刚接任主教练职位。7月1日，为亚泰在中超联赛共出场136次的裴帅正式加盟天津权健队。9月24日，2017中超第26轮，长春亚泰坐镇主场以0-0战平河北华夏幸福。此役战罢，亚泰主场8轮不败且提前4轮保级上岸。
2018年2月10日，长春亚泰俱乐部官方宣布签约丹麦外援拉塞·维贝。4月15日，中超联赛第6轮，长春亚泰主场3-0河南建业，终于收获了联赛首胜。4月24日，2018年中国足协杯第4轮，长春亚泰经过点球大战总比分4-5不敌四川九牛遭淘汰。7月5日，在引进波兰前国脚梅泽耶夫斯基取代马里尼奥后，长春亚泰再次调整外援，效力球队八个赛季的乌兹别克斯坦中卫伊斯梅洛夫离队。11月11日，中超联赛第30轮大连一方2-0击败长春亚泰，八轮不胜的长春亚泰降入中甲联赛。
2019年12月2日，长春亚泰官方宣布前乌兹别克斯坦主教练巴巴扬担任球队主帅一职。
2020年10月5日，据长春亚泰官方消息，决定聘请陈洋为长春亚泰队主教练，并组建新教练团队，征战2020赛季中甲联赛。11月8日，在2020中国足球协会甲级联赛（成都赛区）第二阶段第五轮比赛中，长春亚泰以3：0战胜成都兴城人居，夺得本赛季中甲联赛冠军，也因此获得了重返中超的席位。
2021年2月25日，长春亚泰俱乐部官方宣布内援张瑀、毛开宇、蒋哲、王鹏，外援埃里克·利马、儒尼奥尔·内格朗加盟球队。8月15日，中超联赛第一阶段比赛全部结束，长春亚泰进入到第二阶段争冠组。
长春亚泰 1997-1999
长春亚泰雄狮 2000
长春亚泰 2001-2002
长春今来亚泰 2003
长春巷报亚泰 2004
长春城市晚报亚泰 2005
长春晚报亚泰 2006
长春亚泰 2007-
长春体育场前身是南岭体育场，南岭体育场始建于1933年，解放后，1973年、1979年进行过两次改造；新长春体育场于1992年4月破土动工，1994年7月全部建成并交付使用；占地面积60000平方米，建筑面积为42912平方米，场地面积为12000平方米(含草坪面积8000平方米)，场内观众坐席42000个。2018年，长春亚泰主场重新回归长春体育场。
队徽logo主体红色代表火热、激情。踢足球的小龙人勾画出了亚泰足球奋发向上，勇往直前的拼搏精神。绿色变化交叉的羽毛意寓希望、展翅飞翔和雄心壮志。"1996"是亚泰足球俱乐部成立的年份。
长春亚泰足球俱乐部的队歌是由长春本土歌手卓煜演唱的《干杯亚泰》，歌中的球迷效果来自长春本土橙风球迷会。
长春亚泰足球俱乐部吉祥物的中文名为”小龙龙“。长春亚泰用一个“小龙人”的卡通人物作为吉祥物，这个吉祥物象征力量、吉祥、奋发向上、勇往直前和无畏的精神，体现了亚泰积极进取的风貌。
2005年 中国足球协会甲级联赛 亚军
2007年 中国足球超级联赛 冠军
2009年 中国足球超级联赛 亚军
2018年 中国足球超级联赛 最具社会责任俱乐部奖、青训优秀俱乐部奖
2020年 中国足球协会甲级联赛 冠军
