吴印禅于1916年毕业于沭阳县立高等小学，以优异成绩考入江苏省立第八师范学校，1920年毕业，因学业优异，留校工作。次年回沭阳县第一小学教书。他一边教书一边自学，特别酷爱生物学。1925年就读于武昌高等师范学校生物系，颇受导师青睐。1928年毕业，同年9月被聘为中山大学生物系助教。1934年五月赴德国柏林大学学习，在路德维希.狄尔斯指导下，从事植物区系研究，并在柏林植物博物馆从事研究工作。1940年回国，任中山大学生物系教授。1941年至1945年任同济大学教授，兼任生物系主任，代理学院院长。1946年回中山大学任教，先后担任中山大学植物研究所所长，中国科学院华南植物研究所副所长，中山大学副教务长。他编写过《植物分类学》讲义，并著有《广西大瑶山水龙骨科植物》等书。
吴印禅知识渊博，尤其是在植物区系学方面造诣很深，他精通德文、英文和拉丁文。他编写的《植物分类学》是一部既具有高度科学系统性，又密切结合我国植物实际的讲义，由高等教育出版社于1962年出版，文笔活泼，用词通俗，成为第一部由国人编著的综合性大学生物系的植物学教科书，多年来为国内许多高等学校所采用。他早期从事蕨类植物研究，所著《广西大瑶山水龙骨科植物》一书，全面系统地论述了大瑶山类植物区系的组成及地理分布概况，并附有精确插图，是当时我国一部很完善的植物区系图表。在中山大学任教期间，他撰写了多篇高水平高质量的论文，刊登在德国植物学年报上。1958年，他还承担了《广东植物志》的主编任务，在短短时间内，拿出了几百万字的初稿。由此足见吴印禅科学知识之丰富，并能运用自如。
吴印禅教授既是有成就的学者，更是一位立场坚定的爱国主义者和积极的社会活动家。发展祖国的植物科学，提高我国的植物学水平，这是吴印禅教授一生为之奋斗的事业。早在柏林学习时期，他就发现中国植物系研究的许多资料落在外国人那里。他痛感国家积弱，受人欺凌。于是，他日以继夜，真可说达到“废寝忘食”的地步，以惊人的毅力把柏林博物馆所藏中国植物区系的标本，全部加以记录整理，描摹标本，共得万余帙，为祖国植物区学研究保存了一批珍贵资料。吴印禅曾以学者身份访问苏联，结识同行学者，考察寒带植物，同时也接受了社会主义的影响。解放前，他就同情爱国学生的民主进步活动，掩护了校内的地下工作者，并积极参与营救被捕师生。50年代初，他看到当时的中国植物学发展缓慢，困难重重，他满怀爱国之情，决心振兴中国的植物学。1954年，他在华南植物所亲自筹建植物学研究室，将原来单纯分类学研究机构发展为综合性研究所。与此同时，他又在中山大学生物系开展植物区系学、群落学、生态学和植物地理学等新学科的教学和研究工作。
吴印禅对党的教育事业忠心耿耿，兢兢业业地为祖国培养人才，党和人民也对他予以高度的信任。他于1957年加入中国共产党，先后当选为广州市人民代表，广东省政协委员，广东省科联、科普、科协常委及植物学会理事长。他还是民盟广东省负责人之一，又负责筹建九三学社广东的组织，并担任主任委员。正当他决心为我国的科学发展和社会主义事业奋斗终生之际，却不幸身患重病，医治无效，于1959年10月10日在广州逝世，终年58岁。他的拼搏精神和实事求是的科学态度，是人们学习的榜样。
在吴印禅实事求是的严格的科学学风、严于律己和刻苦工作的精神熏陶下，生物系植物专业师生每年都进行大量的野外调查，如在进行广东省植物资源、植被、海岸植物群落和《广东植物志》手册等科研工作中，广大师生发现了不少文献上尚未记录的种类和新类群。在吴印禅教授的言传身教、悉心培养下，师生们都深感受益不浅。他们既得到了先生的科学知识，写出不少高质量的新分类文章，又学到了吴先生的高贵品德。
