加藤清正是日本战国末期数的勇将，其“虎之退治”和一系列以轶事使其成为战国时期高人气的武将之一。在万历朝鲜战争时期，由于清正的努力奋战，日军在万历朝鲜战争的初期相当顺利，在明朝的史书中更是这样记载着：“倭人清正，强悍、严厉，实乃酋中名将也。”在这之后，加藤清正的名字传遍整个日本。
加藤清正除了勇猛果敢的形象之外，在筑城方面的颇有成就。清正的筑城才能，是在筑造大坂城时被丰臣秀吉所发现的，当时只有二十四、五岁的清正，确立了如今大坂城的确切位置并担任了筑城下准备工事的奉行，为日后建成雄伟的大坂城立下大功。
在发现了清正筑城的潜力后，秀吉命令清正与寺泽广高等人筑造了日军侵略朝鲜的大本营肥前名护屋城，其五层七重的天守阁以及本丸、二之丸、三之丸兼具美观和实用。
1588年（天正十六年），肥后一国分为南北两国，由清正和小西行长两人分别领取。清正拜领二十五万石，以隈本为居城。小西行长则得到二十四万石，以宇土城为居城（肥后是五十四万石的大国，另外的五万石则勘定为公领。另外在《川角太阁记》中还有清正二十六万石，小西十二万石的说法）。清正对此感到强烈的不满，认为小西行长凭借花言巧语得到了秀吉的信任，竟与身经百战的自己得到同样的领地。从
1600年（庆长五年），在关原合战中，清正作为东军的骨干为东军最后取得胜利立下大功。1601年（庆长六年），加藤清正受封为肥后五十四万石的大大名，熊本城作为名筑城家清正的居城、九州重镇，也在此不久被建造。
熊本城的前身，是室町末期鹿子木亲元所筑的隈本城，在战国时期一直是兵家必争之地，菊池、大友、赤星等大名为争夺此城打了无数仗，作为名将的清正看出了隈本城的战略地位，但又觉得隈本城的规模太小，所以起了自筑熊本城的意愿。
熊本城建设地位于隈本东南的茶臼山丘陵地带，横跨坪井川，而肥后的白川和井芹川则成为了天然要害，是日本筑城史上并不多见的占据天险的平山城。
清正的家臣中，饭田觉兵卫、森本仪太父、三宅角左卫门、丰田玄藩、下川又左卫门都是有很深筑城造诣的武将，加上清正每日两次的现场监督指导，终于建成了日后为被称为日本三名城之一的熊本城。
熊本城城郭构造为梯郭式平山城，总面积约98万平方米，周长5.3公里。建有门、塀、石垣、堀、天守阁、橹（城楼）、井、石墙等诸多建筑，西南的古隈本城及东北的千叶城被包括在内，称为出丸。
石垣
清正擅于建造石垣。熊本城的石垣大多修建成“武者返”的形状，起初坡度较平缓，到上部则近乎垂直。城池采用蔚山倭城时的技术。防守集中在南方，以应付假想敌萨摩藩的入侵。在熊本市役所外的石垣，更为日本最长的。
天守
天守是连结式望楼型，大天守是3重6层及一层地库，称为“第一天守”。小天守是3重4层及一层地库，称为“第二天守”或“御上”，是城主夫人的居所。另外，城东北的清正建立的丰国庙迹（立田山中腹）和城西南妙解寺迹（花冈山麓）的细川家灵庙，这两者与天守在一条直线上。
橹
建筑物方面，以黑色作为外观，天守以外的橹、门的屋顶少见弯曲，大多数为直线。多重橹全为望楼型。当中以宇土橹最高，建成于1607年（庆长十二年），逃过了西南战争中的熊本城大火，被指定为国家重要文化财产，甚至被称为“第三座天守”。
交通
公交车
1、乘坐JR“熊本”站或是“上熊本”站转搭熊本市电第2号线，在“熊本城前”或是“市役所前”下车徒步约5分钟即可抵达。
2、乘坐JR“熊本”站转搭公车在“交通中心”（交通センター）下车徒步约10分钟即可抵达。
3、乘坐JR由“熊本”站徒步约2分钟，在“熊本驿前电停”转搭往“熊本市电健军町”约12分钟，在“熊本城前电停”下车，徒步10个分钟即可抵达。
自驾
在九州道“熊本交流道”下高速公路，约30分钟即可抵达。停车资讯附设收费停车场。第2个小时200日元。
费用
单程130日元。另外也有可以无限次数搭乘的1日票，每张300日元。
单程费用不限距离，小孩单程70日元，1日票150日元。
营业时间
08:30~18:00 （3月~11月）
08:30~17:00（ 12月~2月 ）
营业结束时间30分钟前截止入场
门票
大人：500日元
高中生：500日元
小学生、初中生：200日元
景区特产
熊本的饮食风格以自然取向为主，多半的店家都是标榜使用熊本当地原产的食材为原料而创作出的各种风味料理。对于初次到此的游客，吸人注目的则是写着“熊本乡土料理——马肉料理”的牌子，而且到处都可以看到卖马肉的店铺。
马肉在熊本也被称为“樱肉”（由于切成片的马肉一接触到空气，肉色就会马上变成樱花色而得名），是节日宴席上不可缺少的菜肴。熊本的马肉料理种类很多，有生马肉、串烧、马肉烧肉、马肉涮涮锅、马肉樱花味噌锅、马内脏锅、马肉角煮、马肉天妇罗、马肉饭团等，烹调方式超过40种。
马肉易消化，多吃不腻，而且马本身体温很高，抗菌性很强，所以才可以作为食用刺身。马肉含矿物质比牛肉和猪肉都高，高蛋白低胆固醇尤其适合爱美的女性。另外，马肉含有降低胆固醇的脂肪酸，对老年人也有益。加上马肉本身无异味、微甜、肉质柔软，在游客中很受欢迎。
明治时代前
文明年间（1469年-1487年），肥后守护菊池氏的同族—出田秀信开始在熊本地区建造千叶城。
16世纪早期出田氏势力衰退。在大永、享禄年间为菊池氏领地，由鹿子木亲员建造隈本城，并将藤崎八幡宫迁宫。
1550年（天文十九年）与义鉴敌对的菊池义武（义鉴之弟，以养子身份继承菊池家）控制了隈本城。
1554年（天文二十三年）年大友氏攻占隈本城，此后约30年左右由大友氏控制。
1587年（天正十五年）丰臣秀吉完成九州征伐后，当时城主城久基移封筑后国。由秀吉家臣佐佐成政入主，成政不理秀吉指示进行检地，导致了肥后国人一揆。
1588年（天正十六年）加藤清正成为城主。
1591年（天正十九年）加藤清正在茶臼山丘陵一带开始建造城堡。约1600年（庆长五年）天守建造完成。关原之战后加藤清正成为肥后国52万石大名。
1606年（庆长十一年）筑城完毕，翌年将城堡由隈本城改名为熊本城。然而，在1625年（宽永二年），熊本城遭遇强烈地震，并且导致城内的火药库诱爆引发大火，熊本城遭到巨大破坏。
1632年（宽永九年）细川忠利取代加藤氏管治熊本藩。忠利接管熊本城后，立刻下令尽速修复熊本城城池。该修理工程花了超过10年以上才算大功告成。 直到废藩置县为止，熊本城一直是细川氏宗家的居城。
明治时代及之后
1871年（明治四年）废藩置县，熊本县县厅被设置在城内二丸，同年县厅改在花畑邸镇西镇台。驻守熊本镇台后，将老朽化的橹及多重橹逐个拆卸。特别是西出丸石垣。在西南战争前，只俘留本丸主要部份的天守及本丸御殿。
西南战争时期，熊本城是政府军的重要根据地，用于对抗守旧势力西乡隆盛所带领的西乡军。
西南战争后，陆军将没被战火烧毁的之丸五阶橹及饭田丸三阶橹拆除。
1884年（明治十七年）城内设置午炮台，使用空炮进行报时（1941年停止）。
1888年（明治二十一年）日本陆军第6师团司令部被设置在熊本城天守台。
1933年（昭和八年）总共有13栋建筑物被列入国宝（现今的重要文物），熊本城迹列为国家史迹。
1955年熊本城遗迹被列为日本的国家特定史迹。
1960年庆祝熊本城350周年，熊本市筹得1亿8000万日元重建包括大小天守、平橹等建筑，城内公园亦开始收费，而大天守内部被设置为博物馆。
2007年建城400周年纪念，部份建筑再被重建。
2016年4月14日开始，熊本城多处城墙石垣及屋瓦崩落。
